Classification of GPCRs using family specific motifs
G-Protein ile eslesmis reseptor (GPER) ailelerine ozgun motiflerle siniflandirilmasi
- Tez No: 309394
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YÜCEL SAYGIN, DOÇ. DR. UĞUR SEZERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Bilgisayar teknolojisi, Computer technology
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
G-protein ile eşleşmiş reseptörlerin (GPER) sınıflandırılması, fonksiyonubelirlenememiş ancak amino asit dizilimi belirlenmiş çok sayıdaki reseptörünfonksiyonunu tahmin edebilmeyi mümkün kılması açısından çok önemlidir.GPER proteinleri arasında A sınıfı reseptörlerin çok sayıda ilaç tarafındanhedef alınıyor olması sebebiyle, A sınıfı reseptörlerin aktivasyon mekanizmalarınınderinlikli şekilde anlaşılabilmesi ise ayrıca önem teşkil etmektedir.Bu tezde, reseptörlerdeki amino asit dizilimi verisinden üretilmiş motiflerkullanılarak A sınıfındaki reseptör ailelerinin sınıandırılmasını sağlayan, ürettiğimotifler yoluyla da A sınıfı reseptörlerinin aktivasyon mekanizmalarınaışık tutan bir yöntem sunulmaktadır. Alt-sınıfları en iyi şekilde tanımlayanmotifleri seçebilmek için Ayrıştırı Güç Değerlendirmesi tekniğini sunuyoruz.Yapılan deneyler, geliştirdiğimiz yöntemin halıhazırda bulunan GPER proteinleriA sınıfı reseptörlerinin sınıflandırması tekniklerine kıyasla daha yüksekbaşarı oranları yakaladığını göstermiştir. Bu tezin bir diğer katkısı da ilaçtasarımında faydalı olabilecek, reseptör aktivasyonunda rol oynayan anahtarbölgelerin bulunmasıdır.
Özet (Çeviri)
The classication of G-Protein Coupled Receptor (GPCR) sequences isan important problem that arises from the need to close the gap between thelarge number of orphan receptors and the relatively small number of annotatedreceptors. Equally important is the characterization of GPCR ClassA subfamilies and gaining insight into the ligand interaction since GPCRClass A encompasses a very large number of drug-targeted receptors. In thisthesis, a method for Class A subfamily classication using sequence-derivedmotifs which characterizes the subfamilies by discovering receptor-ligand interaction sites is proposed. The motifs that best characterize a subfamilyare selected by the proposed Distinguishing Power Evaluation (DPE) technique.The experiments performed on GPCR sequence databases show thatthe proposed method outperforms state-of-the-art classication techniquesfor GPCR Class A subfamily prediction. An important contribution of thisthesis is to discover key receptor-ligand interaction sites which is very importantfor drug design.
Benzer Tezler
- 1950-1975 dönemi sosyal yapı değişiminin konut tasarımına etkisi Ankara-Kavaklıdere örneği
1950-1975 period effects of changes in social structure on planning of residences -Ankara, Kavaklıdere eraple
ADNAN AKSU
- Landsat uydusu aracılığı ile elde edilen görüntülerin sınıflandırılmaları ve bunlara ilişkin bilgisayar programlarının hazırlanması
Başlık çevirisi yok
G. FERZAN KÜÇÜKA
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİS PÜSKÜLCÜ
- Meniere hastalığında endolenfatik kese cerrahisi
Endolymphatic sac surgery in meniere's disease
NEBİL GÖKSU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kulak Burun ve BoğazGazi ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NECMETTİN AKYILDIZ
- Toprak ve tarım reformu uygulamasında öncelikli köylerin tesbitine ilişkin bir yöntem uygulaması
Başlık çevirisi yok
SABİR ATASEVER