Geri Dön

Structural and energetic investigation of effects of anti-cancer molecule topotecan on the mechanism of human topoisomerase I by means of molecular dynamics simulations

Anti-kanser molekül topotekanın human topoizomeraz I in mekanizmasına olan etkisinin yapısal ve enerjetık yönden moleküler dinamik simülasyonları ile incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 306767
  2. Yazar: FİLİZ CAMCI
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. LEVENT SARI
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Fatih Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Bölümü
  12. Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Topoizomerler, topolojik bir değişmez olan `içiçe geçme sayısı`nı.ayarlayarak DNA topolojisini düzenleyen enzimlerdir.DNA topolojisi geometrik deformasyondan bağımsızdır, bu yüzden topolojik durumunu değistirmek için bir ya da iki iplikçiğinin kesilmesi gerekir.Topoizomerler bu kritik işi başaran enzimlerdir. Bu çalışmada, biz DNA ?topoizomer-topotekan `dan oluşan üçlü yapıdaki topoizomer enziminin dudak bölgesinin farklı kısımlarına sabit kuvvetler uyguladık. Bu kuvvetleri uygulayarak enzimin ağız kısmında olabilecek açılmaları araştırdık. Teorik AFM (Atomic Force Microscopy) de diyebilecegimiz, Moleküler Dinamik simulasyonlarımız DNA-protein kompleksine ilaç molekülü varken ve yokken uygulandı ve ilaç molekülünün proteinin ağız kısmında açılmaya etkisi olup-olmadığı analiz edildi. Bu çalışmadan elde ettiğimiz en önemli sonuç, TPT li sistemlerde proteinin ağız kısmının açılmaması, fakat TPT nin olmadığı sistemlerde ise proteinin ağız kısmının açılmasıdır. Bunun sebebini araştırdığımızda, TPT ile Asp533 amino asit arasındaki etkileşinin çok önemli olduğunu gözlemledik. Bu direkt hidrojen bağ, proteinin açılmasını engellemektedir. Bu bağın kopması durumunda, proteinin açıldığını gözlemledik.

Özet (Çeviri)

Topoisomerases (Topos) are enzymes that regulate topology of DNA, by adjusting the so called topological invariant `linking number?. DNA Topology is independent of geometrical deformations, and therefore one or two strands need to be nicked to change the topological states. Topos are the enzymes that accomplish these crucial topological functions. In this study, we have applied constant forces on different regions of the lips of the enzyme in the ternary complex (Human Topoisomerase-DNA-Topotecan). By applying forces in the lips region of the protein, we have searched for possible mouth openings of the enzyme. The theoretical approach here is a kind of theoretical AFM (Atomic Force Microscopy) experiment where forces are applied on atomic resolution. Molecular dynamic simulations are done on DNA-protein complex with and without the anti-cancer drug molecule, and structural and energetic differences have been analyzed, as well as the effect of existence of TPT on the possible mouth openings. The most important result of this study is the finding that the mouth of the enzyme does not open up in the presence of anti-cancer drug molecule TPT, while it opens up in the wild type mechanism.When we analyzed the TPT-protein interactions, we observed that the direct hydrogen bond between Asp533 and E-ring hydroxyl of TPT is the most crucial interaction, and when this interaction breaks, the lips of the enzyme starts to open up.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    435854

    Investigation of bio-MOFs for energetic and biomedical applications: From an atomic point of view

    Biyo-MOFların enerji ve biyomedikal uygulamalarının atomik bakış açısıyla araştırılması

    İLKNUR ERUÇAR FINDIKÇI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Kimya MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEDA KESKİN AVCI

  2. Tez No

    883442

    Urtica dioica L. türü ekstresinin antioksidan özelliklerinin belirlenmesi ve anti-obezite etkilerinin in siliko incelenmesi

    Determination of antioxidant properties of Urtica dioica L. species extract and in silico investigation of anti-obesity effects

    KÜBRA SAĞLAM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Eczacılık ve FarmakolojiMarmara Üniversitesi

    Biyokimya (ecz) Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ TURGUT ŞEKERLER

  3. Tez No

    300215

    Çok bileşenli Cu ve Zr bazlı bulk metalik camsı alaşımlarının fiziksel özelliklerinin moleküler dinamik (MD) simülasyon metodu ile incelenmesi

    Investigation of physical properties of multicomponent Cu and Zr-based bulk metallic glassy alloys by molecular dynamics (MD) method

    MURAT ÇELTEK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Fizik ve Fizik MühendisliğiTrakya Üniversitesi

    Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERAP ŞENTÜRK DALGIÇ

  4. Tez No

    56598

    Phase stability and ordring processes in Fe-Al intermetallics

    Fe-Al metallerarası bileşiklerinde faz kararlılığı ve düzenleme süreçleri

    İLHAMİ AKTÜRK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1996

    Metalurji MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. AMDULLA O. MEKHRABOV

  5. Tez No

    170811

    Functionalization of carbon nanotubes

    Karbon nanotüplerinin fonksiyonelleştirilmesi

    SEFA DAĞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2005

    Fizik ve Fizik Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Fizik Bölümü

    PROF. SALİM ÇIRACI

Geri Dön