Geri Dön

Development of SSR markers in poppy (Papaver somniferum L.)

Haşhaş (Papaver somniferum L.)'da SSR markörlerinin geliştirilmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 299168
  2. Yazar: İBRAHİM ÇELİK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. SAMİ DOĞANLAR, PROF. DR. ANNE FRARY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Genetik varyasyon, Haşhaş, Papaver somniferum, Polimorfizm-genetik, Genetic variation, Poppy, Papaver somniferum, Polymorphism-genetic
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Haşhaş içeriğinde bulunan 80'den fazla alkaloidden dolayı önemli bir sanayi bitkisidir. Buna ek olarak haşhaş yağı ve tohumu besin olarak kullanılır. Haşhaşta geliştirilmiş sınırlı sayıda markör vardır. Haşhaşta genetik çeşitlilik çalışmaları AFLP, RAPD, EST-SSR and ISSR markörleriyle yapılmıştır. Bundan dolayı haşhaşta kapsamlı genom analizleri için markörler geliştirmek gereklidir. Haşhaş genomik DNA fragmentleri ikinci nesil Roche 454 FLX dizileme platformunda dizilenmiştir. Genomik diziler MIRA montajlama programı kullanılarak daha büyük diziler (contigs) haline getirilmiştir. Montaj edilen (biraraya getirilen) diziler kullanılarak SSR primerleri dizayn edilmiştir. Genomik diziler BatchPrimer3 programı kullanılarak SSR'lar bakımından taranmıştır. Bu program herbir diziden SSR primerlerinin dizaynını da sağlamıştır. Contiglerden 3284 SSR tekrarı belirlenmiştir. Bu tekrarlar arasında dinükleotid, trinükleotid, tetranükleotid, pentanükleotid ve heksanükleotid gibi değişik motifler yer almıştır. Toplam 100 SSR markör altı Türk haşhaş hattında test edilmiştir. Bu haşhaş hatlarında polimorfizm gözlenmemiştir. Ayrıca 100 SSR markör yedi farklı Papaver türünde test edilmiş ve üç polimorfik markör (spSSR-6, spSSR-8 and spSSR-23) bulunmuştur. Bu çalışmada geliştirilen markörler haşhaş genomik DNA'sından geliştirilen ilk markörlerdir ve haşhaşta genetik çeşitlilik ve haritalama çalışmalarında kullanılabilir.

Özet (Çeviri)

The opium poppy (Papaver somniferum L.) belongs to the family Papaveraceae. Opium poppy is an important agronomic plant due to its production of more than 80 different alkaloids. In addition, poppy oil and seeds are used in food. The number of molecular markers for opium poppy is limited. To date, molecular characterization of opium poppy has been done using general marker systems such as AFLP, RAPD, EST-SSR and ISSR. However, development of other molecular markers systems is essential for more comprehensive analysis of the opium poppy genome. A genomic library was constructed from opium poppy DNA. Genomic DNA was sequenced by Roche 454 Sequencing? platform. Genomics reads were clustered by MIRA software. Di-, tri-, tetra-, penta- and hexanucleotide SSR repeats were identified and flanking primers were designed by Batchprimer3 software. A total of 1399 contigs containing 3284 SSRs were identified. A total of 1820 primer pairs which fulfilled the criteria for primer design were designed from flanking sequence of SSRs. A total of 100 SSR primers were tested in six Papaver somniferum accessions. No polymorphism was found among the Papaver somniferum accessions. Transferability of the markers was tested in seven Papaver species. SpSSR-6, spSSR-8 and spSSR-23 detected polymorphic alleles in these species. These markers are the first set of opium poppy-specific SSR markers derived from genomic sequence of this crop. These markers can be used for assessment of genetic diversity, mapping and marker assisted selection in opium poppy

Benzer Tezler

  1. Tez No

    463864

    Development of SSR markers by next generation sequencing in pistacia, genetic linkage mapping and QTL analysis using an inter-specific F1 population

    Yeni nesil sekanslama teknolojisi kullanılarak pistacia türlerinde SSR markörlerin geliştirilmesi ve türlerarası F1 populasyonu kullanılarak genetik haritalama ve QTL analizleri

    ELMIRA ZIYA MOTALEBIPOUR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyoteknolojiÇukurova Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SALİH KAFKAS

  2. Tez No

    266613

    Determination of genetic diversity in national olive collection (Olea europaea L.) using SSR and SRAP markers and development of SNP marker for traceability of memecik olive cultivar

    Ulusal zeytin koleksiyonundaki (Olea europaea L.) genetik çeşitliliğin SSR ve SRAP markörleri kullanılarak belirlenmesi ve memecik zeytin çeşidinin izlenebilirliği için SNP markörlerinin geliştirilmesi

    NESLİHAN IŞIK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    Biyokimyaİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ANNE FRARY

  3. Tez No

    774233

    Ekmeklik buğdayda (Triticum aestivum L.) genetik stabilite testlemesi için SSR markörlerinin geliştirilmesi

    Development of SSR markers for genetic stability testing in bread wheat (Triticum aestivum L.)

    MUHAMMED GÖKALP

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    BiyoteknolojiNecmettin Erbakan Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ TEVFİK UNCU

  4. Tez No

    838467

    Lupınus albus L. subsp. albus taksonunda genomik ssr markörlerinin geliştirilmesi

    Development of genomic ssr markers in Lupinus albus L. subsp. albus

    YAREN BAYRAM

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    BiyoteknolojiSelçuk Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. DENİZ ULUKUŞ

    DOÇ. DR. İBRAHİM ÇELİK

  5. Tez No

    1017367

    Fasulyede ağır metal stresiyle ilgili ssr markörlerinin geliştirilmesi

    Development of ssr markers related to heavy metal stress in beans

    CEMİLE GÜNEŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    BiyolojiErzurum Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EMRE İLHAN

Geri Dön