Peptide based drug design and pathway analysis for Caspase-1
Kaspaz-1 için peptit bazlı ilaç tasarımı ve metabolik yol analizi
- Tez No: 286924
- Danışmanlar: PROF. DR. BURAK ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Literatürde çok çalışılan proteinlerden biri olan kaspaz-1 (ICE), inflamatuar tepkilerdeki önemli rolleri yüzünden birçok bilim adamının ilgisini çekmektedir. Ayrıca, 40'dan fazla substratı olduğu için apoptotik yoldaki fonksiyonları gibi başka rolleri vardır. Pro-IL-1beta gibi substratlarının fazla salınımı bazı inflamatuar rahatsızlıklara yol açar. Bu yüzden, kaspaz-1 ile ilgili olan inhibisyon ve metabolik yol çalışmaları önem kazanmıştır.Kaspaz-1 için peptit bazlı ilaç tasarımı çalışıldı ve potent inhibitörler hesaplamalarla belirlendi. Asp ve D-enantiomerik aminoasitlerle bisiklik (kaynaşmış olan iki tane halkalı yapıyı barındıran molekül) ve keton yapıların, önceki deneysel çalışmalarla uyumlu bir şekilde iyi inhibitörler olduğu görüldü. Bununla beraber, kaspaz-1 metabolik yolunda çok hedef belirlenmesi yapılmıştır. Bir peptidin konformasyonunu minimize durumundan bağlanmış durumuna geçerken değiştirip değiştiremeyeceğini gösteren Viterbi Algoritması ile de tripeptitlerdeki konformasyonel faktörüler dikkate alınmıştır.Kaspaz-1 metabolik yolunda Ağ Yapı Modeli ile yapılan nakavt analizi; NLRP3, ASC, kaspaz-1, NF-kappaB, pro-IL-33, TLR4, TLR2, TRIF ve MyD88 nakavtlarının etkili olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
As one of the mostly studied protein in the literature, caspase-1 (ICE) attracts the attention of many scientists due to its crucial roles in inflammatory responses. It has other roles in the apoptotic path, for example, because of having more than 40 substrates. Increased expression of its substrates such as pro-IL-1beta results in inflammatory disorders. Consequently, inhibition and pathway studies related to caspase-1 have gained importance.Peptide based drug design for caspase-1 is performed and potent inhibitors are determined computationally. Bicylic (a molecule that contains two fused rings) and ketone structures with Asp and D-enantiomeric aminoacids are obtained as good inhibitors in accordance with previous experimental work. Moreover, multi-target drug determination in the caspase-1 pathway is made. Conformational factors in tripeptides are also taken into consideration with Viterbi Algorithm, which indicates whether a peptide can change its conformation from minimized state to bound state.Knockout analysis on the ICE pathway by Gaussian Network Model (GNM) shows knockouts of NLRP3, ASC, caspase-1, NF-kappaB, pro-IL-33, TLR4, TLR2, TRIF and MyD88 are effective.?
Benzer Tezler
- Over kanser tedavisinde reseptör hedefli in siliko ligand tasarımının in vitro incelenmesi
In vitro investigation of receptor targeted in silico ligand design in ovarian cancer therapy
HİLAL ŞENTÜRK
Doktora
Türkçe
2024
BiyoteknolojiBezm-İ Alem Vakıf ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. FAHRİ AKBAŞ
- Kalsinörin proteinini hedefleyerek kandidiyaz hastalığının tedavisine yönelik peptit tabanlı moleküllerin bilgisayar ortamında tasarımı
In silico design of peptide-based molecules targeting calcineurin protein for the treatment of candidiasis
YAĞMUR DİCLE ALTUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR ALPTÜRK
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- Investigating allosteric modulators for pathogenic enzymes using molecular docking and molecular dynamics simulations
Patojenik enzimler ıçin allosterik modülatörlerin moleküler yerleştirme ve moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak araştırılması
MERVE YÜCE
Doktora
İngilizce
2025
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS
- Rekombinant escherıchıa colı 1-deoksi-D-ksilüloz 5-fosfat redüktoizomeraz'ın fizikokimyasal karakterizasyonu
Physicochemical characterisation of recombinant escherichia coli 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase
ŞEFİK ÖNDER
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyoteknolojiYıldız Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK BALIK
- Metal-bağlayan amino asitlerce zengin peptidler ile fonksiyonlanmış nanoparçacıkların hazırlanması ve teranostik uygulamaları
Metal-binding amino acid-rich peptides in bio-functionalized nano-carriers conception and theranostics
HICHEM MOULAHOUM
Doktora
Türkçe
2021
BiyokimyaEge ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİGEN ZİHNİOĞLU
PROF. DR. SUNA TİMUR