A drawing tool for protein interaction maps in Kohn notation
Kohn notasyonu ile protein etkileşim haritalarını çizme aracı
- Tez No: 286441
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CAN ÖZTURAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyokimya, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kanser gunumuzun en sık gorulen ve en olumcul hastalıklarından biridir. Bu nedenle,kanserin nedenleri en cok araştırılan konulardandır. Kanserin nedenlerinden birtanesi, cesitli sebeplerle, tumor baskılayıcı proteinlerin, işlevlerini gerektiği gibi yerinegetirememesidir. Bu proteinler genellikle işlevlerini karşılıklı etkileşimlerle gerçekleştirirler.Bu sebeple, baskılayıcı proteinleri anlamak için , bu etkileşimleri incelemek önemlidir.Bu incelemenin sonuçlarının, kanser aratırması, ilaç tasarımı ve protein mühendisliğigibi alanlarda önemli etkileri olacaktir. Bu nedenle, protein etkileşimleri ProteinEtkileşim Haritalarının aracılığıyla görselleştirilmekte ve bu sayede daha iyi incelenebilmektedir.Günümüzde protein etkileşimlerinin toplu ifadesini gösterecek bir sembol standardınaihtiyacı vardır. Bu sebepten, Kohn ve grubunun MIM notasyonunun, buihtiyacı karşılayacağı ön görülmektedir. Protein etkileşimlerinin grafik gösterimi içinyazılmış bazı yazılımlar olmasına rağmen, MIM notasyonunu tüm ayrıntıları ile destekleyenbir araç daha geliştirilmemiştir. Bu nedenle, bu tezde, Kohn notasyonu ile proteinetkileşimlerini çizebilen bir araç geliştirmeyi hedefledik. Öncelikle, elle çizebilen biraraç geliştirdik. Daha sonra bu araca, araştırmamızın en önemli kısımlarından biriolan, yarı otomatik grafik çizme kısmını ekledik. Bu kısımda Dijkstra'nın en kısayol bulma algoritmasını kullandık. Bu sayede, fiziksel varlıklar arasındaki etkileşimlerotomatik olarak çizilebiliniyor.Bu araç sayesinde, Protein Etkileşim Haritalarınıçizmek, güncellemek ve değiştirmek çok daha hızlı olacak. Bu da, harcanan zamanı vegereksiz iş yükünü azaltacaktır.
Özet (Çeviri)
Cancer is one of the most lethal and common diseases of today. Causes of cancerhave been studied widely as it is an essential part of cancer research. Cancer is mainlycaused by malfunctioning of the tumor suppressor proteins. Generally, these proteinstake part in protein-protein interaction networks. Hence, to understand the suppressorproteins, it is important to study these networks. Results from this study will havegreat impact on the cancer research, drug design and protein engineering. For thatreason, these networks are represented in network diagrams called Protein InteractionMaps to visualize and understand them better.Today, there is still a need for the standard for visualization of the protein interactions.For this reason, Kohn and his group?s MIM (Molecular Interaction Map)notation is considered to be the answer to that need. Even though there are some toolsfor graphical visualization of protein interactions, there is no tool that can draw proteininteractions with MIM notation with full support. Thus, in this study we aimed todesign a tool that can draw with Kohn?s notation. We developed MIMTool; a drawingtool for manually drawing protein interaction maps in Kohn notation. Later, as one ofthe most important part of our study, we added a semi-automatic map drawing featureto the tool. This feature automatically draws the interactions between physical entitiesusing Dijkstra?s shortest path algorithm.With MIMTool, it will be much faster to draw, update and exchange molecularinteraction maps. Use of this tool will save time and decrease work load.
Benzer Tezler
- Optimization of sample preparation methods for the mechanical characterization of tissue architectures
Doku yapılarının mekanik incelenmesi için örnek hazırlama yöntemlerinin optimizasyonu
ALPER DEVRİM ÖZKAN
Doktora
İngilizce
2017
Biyofizikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
YRD. DOÇ. AYŞE BEGÜM TEKİNAY
YRD. DOÇ. AYKUTLU DANA
- A simulation tool for automated guided vehicle systems
Başlık çevirisi yok
BÜLENT SEZEN
Yüksek Lisans
İngilizce
1997
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiVırgınıa Polytechnıc Instıtute And State UnıversıtyEndüstri ve Sistemler Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. MİKE DEİSENROTH
- Language as a tool for manipulation in dystopian novels
Distopik romanlarda bir manipülasyon aracı olarak dil
ZİŞAN ARKUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Batı Dilleri ve EdebiyatıKocaeli ÜniversitesiBatı Dilleri ve Edebiyatları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN TOPRAK
- Developing a bim-based tool for automated fall safety review
Düşme kazalarının güvenlik incelemesi için bım-tabanlı otomatik bir araç geliştirilmesi
GÖKHAN TEKBAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
İnşaat MühendisliğiÖzyeğin Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜRŞANS GÜVEN IŞIN
- Machinability and tool databases with automatic tool selection modüle for a desktop turning cad/cam package
Masa üstü tornalama cad/cam paketi için otomatik takım seçim modülü içeren işlenebilirlik ve kesici takım veritabanları
FERRUH ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
1998
Makine MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖMER ANLAĞAN