Türkiye'de yayılış gösteren bazı Lecidea liken türlerinin rDNA ITS bölgelerinin dizi analizi yöntemi ile tanımlanması
Identification of some lecidea lichen species disributed in Turkey by sequence analysis of rDNA ITS region
- Tez No: 284973
- Danışmanlar: DOÇ. DR. E. SÜMER ARAS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Likenler, Polimorfizm-genetik, Taksonomi, Lichens, Polymorphism-genetic, Taxonomy
- Yıl: 2010
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma; ülkemizde yayılış gösteren Lecidea ve ilişkili liken cinslerinden olan Lecidella, Porpidia ve Rhizocarpon cinslerine ait bazı türlerin, rDNA (ITS) bölgelerinin, ITS 1F ileri ve ITS 4 geri primerleri kullanılarak PZR (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) yardımıyla çoğaltılması, ilgili bölgenin dizi analizi ile incelenmesi ve incelenen türler arasındaki benzerlik ve farklılıkların ortaya çıkartılması amacıyla yapılmıştır. Çalışılan türler ve Gen Bankasından dizileri alınan Lecidea, Lecidella ve Rhizocarpon cinslerine ait örnekler arasındaki genetik yakınlığı bulmak için oluşturulan dört farklı metot ile (UPGMA, NJ, ME, MP) filogenetik analizler yapılmıştır. Tüm filogenetik analizler sonucu elde edilen genetik ilişkiler, birbirine benzer şekilde ortaya çıkmıştır. Neighbor-Joining dendrogramı incelendiğinde, türlerin başlangıçta iki ana kola ayrıldığı, grup dışı olarak alınan tür bir kolu oluştururken, diğer türlerin ikinci kolda toplandığı gözlenmiştir. İkinci kol kendi içinde ikili dallanmalar göstermektedir. Genel olarak, aynı cinse ait türler, köke doğru tek bir dal üzerinde birleşmektedir.
Özet (Çeviri)
The aim of this study is to amplify the rDNA (ITS) regions of Lecidea species and related genus called Lecidella, Porpidia and Rhizocarpon, which are widely spreaded in our country, by using ITS 1F forward and ITS 4 reverse primers with the help of PCR. The results are used to investigate the related regions by sequence analysis and to reveal the similarities and differences between the mentioned species. Some of the samples belong to Lecidea, Lecidella and Rhizocarpon genus were also taken from the gene bank. The phylogenetic analysis are performed with the investigated samples and also with the samples obtained from Genbank. The analysis are conducted by the help of four different methods (NJ, ME, MP, UPGMA) in order to reveal the genetic similarities between these samples and our studied samples. Genetic relationships, which are obtained according to the phylogenetic analysis, are revealed similar to each other. When we examine the Neighbor-Joining dendrogram, it is observed that species are seperated into two main branches. The species which is considered out group forms one of the branches, while the other species are collected on the other branch. Second branch divided into two branchings in itself. Generally the species which are belonged to the same genus, combined in one branch towards to the origin.
Benzer Tezler
- Türkiye'de yayılış gösteren bazı çekirge türlerinde (insecta:orthoptera) karyolojik incelemeler
Karyological investigations of some orthoptera (insecta:orthoptera) species living in Turkey
ŞİFA TÜRKOĞLU
- Türkiye'de yayılış gösteren bazı Gagea salisb. (Liliaceae) türleri üzerinde morfolojik ve anatomik bir araştırma
A morphological and anatomical investigation on some gagea salisb. (Liliaceae) species in the Turkey
UĞUR ŞEN
- Türkiye'de yayılış gösteren bazı Lactuca L. (Asteraceae)taksonlarının moleküler sistematik analizi
Molecular systematic analysis of some Lactuca L. (Asteraceae) taxa distributed in Turkey
VEYSEL UZUN
- Türkiye' de yayılış gösteren bazı Carduus L. (Asteraceae) türleri üzerinde karyolojik araştırmalar
Karyological invesgation on some Carduus L. species spreading in Turkey
OSMAN GEDİK
- Türkiye'de yayılış gösteren bazı Asphodeline rchb. (Liliaceae) taksonlarının antioksidan özelliklerinin incelenmesi
Screening of antioxidant properties of some Asphodeline rchb. (Liliaceae) taxa growing in Turkey
GÖKHAN ZENGİN
