Genetic and epigenetic evaluation of the candidate genes in human hepatocellular carcinomas
İnsan hepatoselüler karsinomalarındaki aday genlerin genetik ve epigenetik olarak incelenmesi
- Tez No: 275100
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. K. CAN AKÇALI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hepatoselüler karsinoma (HK) dünya çapında, diğer kanser türleri arasında 5. en yaygın kanser türü ve 3. en yaygın kanser ilişkili ölüm sebebi olarak sınıflandırılabilir. HK ayrıca en yaygın karaciğer kanseri tipidir. Hepatokarsinojeneziz çok adımlı bir süreçtir ve bu süreç bugüne kadar tam olarak anlaşılamamıştır. Bu çalışmada, hepatokarsinojenezizde rol oynayabilecek aday genler ve moleküler yolaklar genetik ve epigenetik bakımdan değerlendirilmiştir.RAS/RAF/MAPK yolağı genetik bakımdan incelenmiş ve HK hücre hatlarında, MEK1 (MAP2K1), MEK2 (MAP2K2), ERK1 (MAPK3), ERK2 (MAPK1) ve PTPN11 (SHP2) genlerinde hiçbir mutasyon saptanmamıştır.TP53 yolağı karaciğer karsinojenezizinde genel bir inaktivasyon hedefidir. Analizimiz MDM2-SNP309 G aleli varlığının, somatik TP53 mutasyonları varlığı ile ters orantılı olduğunu göstermiştir. Bu bulgu, MDM2-SNP309 G alel varlığnın fonksiyonel olarak TP53 mutasyonlarının yerini alabileceğini ve etiyolojik faktörlere ek olarak, HK yaygınlık farklılıklarının bir kısmından sorumlu olabileceğini düşündürmektedir.SIP1 geninin epigenetik olarak susturulmuş olmasıyla beraber, bu genin karaciğer tümörlerinde normal karaciğer dokusuna göre düşük mRNA ve protein ifade seviyesine sahip olması, SIP1 geninin potensiyel bir tümör baskılayıcı gen olabileceğini işaret etmektedir. Başka kanser türlerinde önceki yayımlanmış çalışmalarla uyumlu olarak, bizim sonuçlarımıza göre PTPRD geni ifadesinin epigenetik olarak baskılandığı ve mutasyona uğradığı karaciğer tümörlerinde ilk kez gösterilmiştir. Çalışmamız, diğer aday genler arasında, FBXL11, TUBA3C, TPTE2, IQSEC1, MIPOL1, CHUK, MCL1, MAGI-2 ve PTPRCAP genlerinin hepatokarsinojenezizde rol oynadığını öne sürmektedir.
Özet (Çeviri)
Hepatocellular carcinoma (HCC) is the fifth most-common cancer and the third most common cause of cancer related mortality worldwide. HCC is also the most common type of liver cancer. Hepatocarcinogenesis is a multistep process that is not completely understood until today. In this study, we genetically and epigenetically evaluated candidate genes and molecular pathways which may act in hepatocarcinogenesis.The RAS/RAF/MAPK pathway was genetically investigated and no mutation was described in HCC cell lines for the genes MEK1 (MAP2K1), MEK2 (MAP2K2), ERK1 (MAPK3), ERK2 (MAPK1) and PTPN11 (SHP2).TP53 pathway is also a common target for inactivation during liver carcinogenesis. Our analysis indicated that the presence of the MDM2-SNP309 G allele is inversely associated with the presence of somatic TP53 mutations. This finding suggests that the MDM2-SNP309 G allele may functionally replace TP53 mutations, and in addition to known etiological factors, may be partly responsible for differential HCC prevalence.Epigenetic silencing of SIP1 gene in HCC together with its reduced mRNA and protein level in tumors relative to normal liver tissue indicated SIP1 as a potential tumor suppressor role. Inconsistent with previously published findings in other types of cancers, our results showed for the first time that PTPRD gene is epigenetically downregulated and mutated in liver cancers. Among other candidates our results suggest; FBXL11, TUBA3C, TPTE2, IQSEC1, MIPOL1, CHUK, MCL1, MAGI-2 and PTPRCAP genes are involved in hepatocarcinogenesis.
Benzer Tezler
- HPV pozitif bireylerde miR-519d, HPV16-miR-H1 ve DVL-1 ifadelerinin RT-PCR ile araştırılması
Investigation of miR-519d, HPV16-miR-H1 and DVL-1 expressions in HPV positive individuals by RT-PCR
ASLIHAN ESRA BİLDİRİCİ
Doktora
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİLGÜN ÇEKİN
- Kronik tinnitusta GDNF-AS (glı̇al hücre kaynaklı nörotrofı̇k faktör antı̇sens RNA 1) gen polı̇morfı̇zmlerı̇nin rolü
The role of GDNF-AS (glial cell derived neurotrophic factor antisensen RNA 1) gene polymorphisms in chronic tinnitus
SEVGİ DERİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMoleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEDA ÖRENAY BOYACIOĞLU
- Over kanseri tespiti için dolaşımdaki tümör DNA'sı ile metilasyon panelinin geliştirilmesi
Development of methylation panel with circulating tumor DNA for ovarian cancer detection
TUĞÇE ŞENTÜRK KIRMIZITAŞ
Doktora
Türkçe
2024
Onkolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUBA GÜNEL
- Behavioral and genetic evaluation of the effect of prenatal stress on functional cerebral asymmetries in rats
Ratlarda prenatal stresin fonksiyonel serebral asimetri üzerindeki etkisinin davranışsal ve genetik açıdan değerlendirilmesi
SEVİM ISPARTA
Doktora
İngilizce
2023
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BENGİ ÇINAR KUL
PROF. DR. ONUR GÜNTÜRKÜN
- Sporadik kolorektal kanser ile ilişkilendirilmiş aday tekli nükleotit polimorfizmlerinin Türk popülasyonu için değerlendirilmesi
Evaluation of candidate snps associated with sporadic colorectal cancer for Turkish population
ZÜLAL BİLİCİ