Molecular characterization of Blumeria graminis f. sp. hordei using AFLP markers
Arpa Blumeria graminis f. sp. hordei izolatlarının AFLP markörleri kullanılarak moleküler karakterizasyonu
- Tez No: 259204
- Danışmanlar: PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Külleme (Blumeria graminis f. sp. hordei ) arpada (Hordeum vulgare) hastalığa sebep olan bir zorunlu parazittir. Külleme arpadan elde edilen verimi çok büyük ölçüde azaltan, arpayı en tahrip edici patojenlerdendir. Arpadaki kaybı azaltabilmek ve hastalığı yenebilmek için, gerek hastalığı gerekse konağı inceleyen pek çok çalışma yapılmaktadır. Ancak patojenin çok hızlı evrim geçirebilme özelliği, mantar öldürücü gibi tarım ilaçlarının işlevsel kullanımı ya da ırka-özgü direnç geni taşıyan varyetelerle, duyarlı ancak yüksek verimli varyetelerin çaprazlaması ile dayanıklı ve yüksek verimli ırk elde edilmesi gibi faktörleri etkisiz hale getirmektedir. Patojen ile konağın arasındaki ilişkinin çalışma mekanizmasını anlayabilmek ve arpadaki verim kaybına uzun soluklu çözümler üretebilmek için moleküler yöntemler kullanılmalıdır.Bu çalışmada, Türkiye?de Çukurova Bölgesi?nden toplanan Türk Blumeria graminis f. sp. hordei varyeteleri, moleküler karakterizasyonu yapılmak üzere Çoğaltılmış Parça Uzunluk Polimorfizmi (ÇPUP) moleküler markör yöntemi ile incelenmiştir. Otuzsekiz örnek, sekiz virülens genleri önceden çalışılmış, evrensel ırklar ile analiz edilmiştir. ÇPUP çalışmaları LI-COR 4300 DNA Analizör cihazı ile yapılmıştır.Biyoinformatik çalışmalar NTSYS programı ile yapılmıştır. Bu Sayısal Taksonomi Sistemi?nin yardımı ile benzerlik, başkalık, gruplama, dendogram, iki-boyutlu dağılım grafiği, üç-boyutlu perspektif grafiği elde edilmiştir. Bu bilgilerin ışığında Türk Blumeria graminis f. sp. hordei varyeteleri üç gruba ayrılmıştır.Sonuç olarak, Türk Blumeria graminis f. sp. hordei varyetelerini çalışmak ve onları evrensel ırklarla karşılaştırmak, ilk kez Türk külleme varyetelerinin karakterizasyonu ve direnç genlerinin ters genetik yöntemler ile çalışılması için ön çalışma olması bakımından önemlidir.
Özet (Çeviri)
Blumeria graiminis f. sp. hordei (powdery mildew) is an obligate biotroph infecting hordeum vulgare (barley). It is one of the most devastating pathogens of barley, decreasing barley yield in great extent. In order to decrease barley loss, numerous studies are being conducted for overcoming the disease from the sides of both pathogen and host. However the pathogen is evolving very rapidly preventing the effective use of pesticides such as fungisides or development of resistant barley varieties by crossing race-specific resistance varieties, varieties having R genes, with susceptible but high yield producing varieties. In order to understand the mechanism of pathogen-host interactions, and producing enduring solutions for the problem of yield loss in barley molecular tools need to be used.In this thesis study, Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) molecular marker method is used in order to reveal the molecular characterization of Turkish Blumeria graminis f. sp. hordei varieties collected from Çukurova region in Turkey. Thirty-nine samples were analyzed with eigth universal races, of which virulence genes are studied. AFLP studies were conducted on LI-COR 4300 DNA Analyzer system. Bioinformatics analysis was performed with NTSYS program. By the helpof this Numerical Taxonomic System, similarity, dissimilarity, clustering, dendograms, two-dimensional scatter plots, and three-dimensional perspective plots were obtained. By the light of these analyses Turkish Blumeria graminis f. sp. hordei varieties together with universal races are grouped into three clusteres.In conclusion, studying Turkish Blumeria graminis f. sp. hordei isolates and comparing them with universal races is a unique study in terms of characterizing the Turkish Bgh isolates for the first time, and can be used as a frontier study for studying Resistance genes, by reverse genetic tools.
Benzer Tezler
- Molecular characterization of multi-drug resistant salmonella isolates in Turkey
Türkiye'deki çoklu antibiyotik dirençliliği gösteren salmonella izolatlarının moleküler karakterizasyonu
KUTLU GÖKSU ELPEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2001
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
DOÇ. DR. CANDAN GÜRAKAN
- Molecular characterization of strawberry by applying DNA fingerprinting technique using simple sequence repeats (SSRs) markers
Basit dizi tekrari (SSRs) makörleri kullanilarak dna parmakizi yöntemi ile çilek çeşitlerinin moleküler düzeyde karakterize edilmesi
MAHER DERNAİKA
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH YILDIZ
YRD. DOÇ. DR. TÜLİN YANIK
- Molecular characterization of ethanol resistance in Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae'de etanol direncinin moleküler karakterizasyonu
ARMAN AKŞİT
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
- Molecular characterization of biofilm properties of Listeria monocytogenes in the presence of o-coumaric acid and 4-hydroxybenzoic acid
Listeria monocytogenes'in o-kumarik asit ve 4-hidroksibenzoik asit varlığında biofilm özelliğinin moleküler karakterizasyonu
UMUT EKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FERDA SOYER DÖNMEZ
DOÇ. DR. İKBAL AGAH İNCE
- Molecular characterization of a boron-resistant yeast mutant obtained by evolutionary engineering
Evrimsel mühendislik ile elde edilmiş bor stresine dirençli mutant mayanın moleküler karakterizasyonu
MUSA TARTIK
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Genetikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR