Protein işlev kestiriminde yapısal bilginin katkısı ve dizi geçiş olasılıkları ile peptit sınıflandırma
Improvement of protein function prediction using structural information and peptide classification using syntactic transition probabilities
- Tez No: 252120
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ZEHRA ÇATALTEPE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Biyolojik dizi analizi, nükleotid ve amino asit dizilerinin evrimsel, yapısal ve işlevsel özelliklerini ortaya çıkarmayı amaçlar. İkili hizalama algoritmaları, biyolojik dizi analizinde yoğun olarak kullanılan araçlardır. Bu çalışmada; standart ikili hizalama algoritmalarının bir derlemesini sunmak, Oommen ve Kashyap'ın tanımladığı dizi geçiş olasılığını bir biyolojik dizi benzerlik ölçütü olarak tanıtmak, yapısal bilginin protein işlev kestiriminin başarısını nasıl arttırdığını göstermek, Oommen ve Kashyap'ın dizi geçiş olasılığını, iki peptit sınıflandırma problemi üzerine standart dizi benzerlik ölçütleriyle kıyaslamak, ve gereken dizi analiz araçlarını bir bilgisayar yazılımı olarak gerçeklemek amaçlanmıştır. Çalışmanın deneysel kısmının ilk aşamasında, ikincil yapı dizilerini amino asit dizisi hizalamalarıyla birlikte kullanmanın moleküler işlev kestirim başarısını arttırdığını açıkça ortaya koymuştur. Buna karşılık kestirilmiş ikincil yapıların kestirime herhangi bir katkısının olmadığı gözlenmiştir. İkinci olarak, dizi geçiş olasılıkları, sınıflandırıcıya sunulan nitelikler olarak, standart genel hizalama puanları ile kıyaslanmıştır. Sınıflandırma başarısı ölçümleri, dizi geçiş olasılıklarının genel hizalama puanlarından çok daha iyi nitelikler sağladığını şüpheye yer bırakmayacak şekilde ortaya koymuştur. Önerilen yöntem ayrıca aynı veri kümeleri üzerinde uygulanmış önceki yöntemlerin neredeyse hepsinden daha başarılı olarak genel kabul görmüş peptit benzerlik ölçütü olmaya aday olduğunu kanıtlamıştır.
Özet (Çeviri)
Biological sequence analysis deals with nucleotide and amino acid sequences, aiming to expose their evolutionary, structural and functional properties. This study intends to provide a review of well known pairwise alignment methods, to introduce the syntactic transition probability of Oommen and Kashyap as a biological sequence similarity metric, to demonstrate how the structural information improves protein function prediction, to compare syntactic transition probability of Oommen and Kashyap with standard sequence similarity metrics on two peptide classifaction problems, and to implement necessary sequence analysis tools as a computer software. In the first part of the experiments, the results clearly indicate that the use of secondary structure sequences along with amino acid sequence alignments improves molecular function prediction performance, while the use of predicted secondary structures does not. In the second part, syntactic transition probabilities are compared with standard global alignment scores as being features fed into a machine learning classifier. The classification performance measurements undoubtedly proved that syntactic transition probabilities are much better features than global alignment scores for peptides.
Benzer Tezler
- Exploring molecular mechanisms that underlie regulation of transcription factor NFIB by the peptidyl prolyl isomerase pin1
NFIB transkripsiyon faktörünün peptidil prolil isomeraz PIN1 tarafından regülasyonunun moleküler mekanizmalarının araştırılması
SİNEM SARITAŞ ERDOĞAN
Doktora
İngilizce
2025
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Fibromyalji hastalarında serum S100 düzeylerinin araştırılması
İnvestigation of serum S100 levels in fibromyalgia patients
HÜSAMETTİN ÇAVAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonDicle ÜniversitesiFizyoterapi ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL NAS
- Şizofreni tanılı hastalar ve ilk atak psikoz hastaları ile hastaların sağlıklı kardeşlerindeki CRP ve D vitamini düzeylerinin bilişsel işlevler açısından sağlıklı kontrol grubu ile karşılaştırılması
Comparison of crp and vitamin D levels in patients with schizophrenia and first attack psychosis, healthy siblings of patients and healthy control group in terms of cognitive functions
NEFİSE KAYKA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
PsikiyatriAbant İzzet Baysal ÜniversitesiPsikiyatri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN YILDIRIM
- Development of a software tool for investigation of allosteric communication within protein structures via energy dissipation in molecular dynamics simulations
Protein içi allosterik iletişim yollarının moleküler dinamik simülasyonlarında enerji dağılımı yöntemi kullanılarak incelenmesi için bir yazılımın geliştirilmesi
HALİL İBRAHİM ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PEMRA ÖZBEK SARICA
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR SERÇİNOĞLU
- Deneysel omurilik hasarına bağlı cinsel işlev bozukluğunda mezenkimal kök hücre tedavisinin incelenmesi
Examination of mesenchymal stem cell therapy in sexual dysfunction due to experimental spinal cord injury
ÖMERCAN ALBAYRAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
Eczacılık ve FarmakolojiMarmara ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÖKSEL ŞENER