Site-saturation mutagenesis of crucial residues in NAD+/NADP+ specificity of formate dehydrogenase from candida methylica
Candida methylica format dehidrogenaz?ın NAD+/NADP+ spesifitesi için kritik bölgelerin bölge saturasyon mutagenezi
- Tez No: 251027
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, Candida methylica format dehidrogenaz enziminin NADP+ koenzimine karşı aktivitesinin arttırılması amacıyla proteinlerin yeniden dizayn edilmesinde kullanılan yönlendirilmiş evrim metodlarından bölge-saturasyon mutagenez yöntemi kullanılmıştır. Koenzim bağlama bölgesinde koenzim spesifitesinden sorumlu bölgeler, Pseudomonas. sp.101 ve Candida boidinii FDH kristal yapılarına dayanarak Insight II (Accelrys) programı ile oluşturulan cmFDH homoloji modeli ile belirlenmiştir. Belirlenen D195, Y196 ve Q197 bölgelerine dejenere primerler ile bölge-saturasyon mutagenezi uygulanmış ve mutant kütüphaneleri oluşturulmuştur. Etkili mutantlar, kolorimetrik taramama metoduyla belirlenmiştir. Taranan yaklaşık 400 koloniden 27 birey NADP+ koenzimine karşı aktivite göstermiştir. Bu sonuçlar, belirlenen bölgelerin NAD(P)+ spesifitesinde önemli bölgeler olduğunu göstermiştir, ayrıca NADP+-spesifik cmFDH geliştirilmesinde umut verici olmuştur.
Özet (Çeviri)
In this project, we used site saturation mutagenesis, which is a technique using a directed evolution approach to redesign of proteins to improve the KM of Candida methylica FDH towards NADP+. In the coenzyme binding domain, the amino acid residues which are responsible for the coenzyme specificity were determined by using Insight II (Accelrys) program on a homology model of cmFDH based on Pseudomonas. sp.101 and Candida boidinii FDH crystal structure. Site saturation mutagenesis with degenerate primers to the determined residues D195, Y196, Q197 was applied and mutant libraries were constructed. The efficient mutants have been screened by using colorimetric screening assay. 27 candidates have shown activity towards NADP+ from nearly 400 screened colonies. These results reveal that, these residues are important in controlling the cofactor specificity of formate dehydrogenases, and promising for developing NADP+-dependent cmFDH enzyme.
Benzer Tezler
- Protein engineering applications on industrially important enzymes
Endüstriyel öneme sahip enzimlerin protein mühendisliği uygulamaları
GÜLŞAH ÖZGÜN
Doktora
İngilizce
2019
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- İlkokul çağı erkek çocuklarında inmemiş testis anomalisi ve insidansı
The anomaly and incidence of cryptorchidism in primary school boys
SERDAR SEZGİN
- Deri temizliği hemşirelik tekniğine uygun olarak yapılmış ve yapılmamış hastalarda ameliyat sonrası yara enfeksiyonunun görülme sıklğı
A Comparison of wound infection incidences between the patients who were cleansed in ward according to the nursing technique and those who were cleansed in operating room
NÜKHET TÜRKEL
- Geleneksel Sivrihisar evleri
Traditional houses of Sivrihisar
FİSUN ÖZŞUÇA
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
MimarlıkGazi ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ORHAN CEZMİ TUNCER
- Çukurova bölgesinde biyoklimatik veriler kullanılarak açık ve yeşil alan sistemlerinin belirlenmesi ilkeleri üzerinde bir araştırma
A research on the determination of the principles in open and green spaces systems by using the bioclimatic data in Çukurova region
MEHMET FARUK ALTUNKASA
Doktora
Türkçe
1987
Çevre MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiPeyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERDOĞAN GÜLTEKİN