Mechanisms of SSX gene expression regulation at the promoter level
SSX geni ifadesinin düzenlenmesinde rol alan promotor merkezli mekanizmalar
- Tez No: 246607
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Metilasyon, Neoplazmlar, Methylation, Neoplasms
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kanser Testis (KT) antijen genleri spermatogonya, oogonya ve trofoblast haricindeki yetişkin dokularında ifade edilmeyen genlerdir. İfade edilimdeki bu sıkı düzenleme birçok kanser türünde tersine dönerek KT genlerinin yeniden ifade edilmesine yol açar. KT genleri eşgüdümlü olarak ifade edilir ve ifadeleri epigenetik etmenler tarafından düzenlenir. KT genlerinin kanserlerde yeniden ifade edilmesinin altında yatan neden promotor bölgelerinin özel olarak hipometilasyona uğramasıdır. Bu olaya yol açan mekanizmalar bilinmemektedir.Bu tezin asıl amacı KT geni ifadesinin düzenlenmesinde rol alan promotor merkezli mekanizmaları açığa çıkartmaktı. Bu amaçla tipik bir KT geni olan ve çift taraflı bir promotora sahip olduğu bilinen SSX4 geni model olarak seçildi. Bu bağlamda, anlamlı (sense) ve anlamsız (antisense) promotor aktivitelerinden sorumlu en küçük DNA dizilerini karakterize ettik ve 40 baz çiftini kapsayan bir bölgede çift yönlü ve örtüşen bir promotor ortaya çıkardık. Anlamsız promotor aktivitesinin anlamlı promotor aktivitesini nasıl baskıladığını anlayabilmek için, bir vektör yapısında her iki promotor için farklı birer haberci gen kullandık. Ölçülebilen anlamsız promotor aktivitesinin, vektör yapısına anlamlı promotorun aktivitesini ölçen haberci genini eklediğimizde önemli ölçüde azaldığını gözlemledik.Canlı dokularda SSX4 geninin anlamsız promotor aktivitesi, komşu ornitine aminotransferaza benzer yalancı-gen bölgesi üzerinden bir kodlamayan transkript ifade edebilme kapasitesine sahiptir fakat bu transkript ifadesi bu çalışmada onaylanamamıştır. Yazılım karışması ya da küçük çift dizili RNA (dsRNA) oluşumunun SSX4 geni ifadesinin düzenlenmesindeki muhtemel etkileri, bulunan veriler bağlamında ele alınmış ve tartışılmıştır. Ayrıca, DICER geninin bağlı olduğu mekanizmaların KT genleri ifadesinin düzenlenmesine etkisi, DICER geninin azaltarak düzenlendiği deneylerin sonuçları üzerinden tartışılmıştır.
Özet (Çeviri)
Cancer Testis (CT) Antigen Genes are not transcribed in any of the adult tissues except spermatogonia, oogonia and trophoblasts. This tight regulation of expression is reversed resulting in the reactivation of CT transcription in a wide variety of cancers. CT genes are coordinately expressed and known to be regulated epigenetically. CT genes are reactivated in cancers by a mechanism that leads to the specific hypomethylation of their promoter-proximal sequences. The mechanisms leading to this phenomenon are unknown.The main objective of this thesis was to further unravel the mechanisms regulating CT gene expression at the promoter level. For this purpose, SSX4 ,a typical CT-X gene known to be under the control of a bidirectional promoter, was chosen as a model. We characterized the minimal critical sequences controlling the sense and antisense promoter and discovered a bidirectional promoter with overlapping promoter activities within a 40 bp region. To study how the antisense promoter could mediate sense promoter repression and vice versa, we used two different reporter genes for each of the promoters in a single construct and found that measurable antisense promoter activity was dramatically reduced upon the introduction of a reporter for the sense promoter.The SSX4 antisense promoter is capable of producing a noncoding transcript from the neighboring ornitine aminotransferase-like pseudogene in vivo. This, however, wasn?t confirmed in this study. The possibility of transcriptional interference or the production of a small dsRNA that could affect the regulation of SSX4 gene expression is discussed in the context of the data. Results from experiments where the down-regulation of DICER was studied as a mechanism that could influence CT gene expression are also discussed
Benzer Tezler
- Bazı Türk ve yabancı kaynaklı sigaralarda PAH'ların tanımlanması
Detection of PAH in Turkish and foreign cigarettes
IŞIK ÇEPNİ
- Modelling of the leachate treatment plant with membrane bioreactor process
Membran bioreaktör procesli bir sızıntı suyu arıtma tesisinin modellenmesi
CANSU DELİBAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İZZET ÖZTÜRK
- Endüstriyel atıksuların biyolojik arıtılabilirliğinin matematik benzeşimi
Mathematical simulation of biological treatability of industrial wastewaters
ESRA ATEŞ
- Düşük dereceli lomber spondilolistezis hastalarında cerrahi tedavi sonrası spinopelvik parametrelerin değerlendirilmesi ve ağrı üzerine etkisi
Evaluation of spinopelvic parameters after surgical treatment and its effect on pain in patients with low grade lumbar spondylolisthesis
YUNUS KURTULUŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
NöroşirürjiSağlık Bilimleri ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET VOLKAN AYDIN
DOÇ. DR. SEÇKİN AYDIN
- Thiol/disülfid hemostazı, delta nötrofil indeks ve iskemi modifiye albümin'in inkarsere ve strangüle herni olgularında klinik etkinliğinin araştırılması
Research of the clinical effectiveness of THIOL/disulfide hemostasis, delta neutrophil index and ichemia modified albumin in cases of incarcere and strangulated hernia
MEHMET ARSLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Genel CerrahiSağlık Bilimleri ÜniversitesiGenel Cerrahi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGÜR AKGÜL
UZMAN GÖKHAN AKKURT