Class restriction in odorant receptor gene regulation
Koku reseptörü gen regülasyonunda sınıf kısıtlaması
- Tez No: 246266
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. STEFAN H. FUSS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Koku duyusu, Koku yolları, Smell, Olfactory pathways
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Suda ve havada bulunan kimyasalların algılanmasında rol alan koku reseptörleri çoğu omurgalıda yedi-transmembran G protein-kenetli reseptörlerinin en büyük grubunu oluştururlar. GPKR olarak tanımlanmalarından beri KR'nin gen regülasyonu detaylı olarak çalışılmıştır. KR'nin memelilerde iki ana sınıfa, Sınıf I ve Sınıf II, ayrıldıgı gösterilmiştir ve bu olgunun KR gen ekspresyonunun çeşitli aşamalarında kısıtlayıcı bir rol oynadığına inanılmaktadır. Bu aşamalardan biri, koku alıcı nöronların ilk denemelerinde fonksiyonel bir KR ifade edememeleri durumunda alternatif bir KR seçtikleri ikinci seçim mekanizmasıdır. Zebrafish KR repertuarı tek bir adet Sınıf I KR (OR101-1) dahil olmak üzere 136 fonksiyonel KR geninden oluşmaktadır. KR repertuarının nispeten küçük boyutu, ve sadece tek bir Sınıf II KR'nün varlığı, zebrafish türünü sınıf kısıtlamasını çalışmak için ideal kılmaktadır.Soyunun Sınıf II'ye dayandığını kanıtlamak için OR101-1'in filogenetik geçmişi, insane ve zebrafish gen repertuarlarını içeren iki adet filogenetik ağaç hazırlanarak analiz edildi. OR101-1'in insan KR'lerine çok daha yakın olduğu gözlemlendi. 8 değişik zebrafish dokusuna RT-PCR analizi yapılarak, OR101-1'in koku epiteline spesifik ekspresyonu gösterildi. OR101-1'in erken gelişme dönemindeki ekspresyon motifi embryonik cDNA üzerine yapılan RT-PCR ve qRT-PCR aracığıyla gösterildi. 24 saat post-fertilizasyon kadar erken bir safhada OR101-1 ekspresyonu gözlemlendi. OR101-1'e spesifik antisens RNA riboprobları kullanılarak yapılan in situ hibridizasyon çalışmaları da önceki bulgularımızı destekledi. Son olarak, OR101-1 ekspresyonunu gözlemlememizi sağlayacak iki transgenik konstrakt tasarlandı ve kısmen klonlandı: OR101-1-IRES-Venus işaretleme konstraktı ve OR101-1 ekspres eden koku nöronlarında ikinci seçim mekanizmasını çalışmamıza olanak sağlayacak, OR101-1 kodlayıcı sekansının yerini YFP (sarı flöresan protein) sekansı ile değiştiren, YFP delesyon konstraktı.
Özet (Çeviri)
Odorant receptors which partake in the detection of both water-soluble and airborne chemicals constitute the largest family of seven-transmembrane G-Protein-Coupled Receptors in the majority of vertebrates. Since their identification as GPCR proteins, the mechanism of gene regulation in ORs has been extensively studied. It has been shown that ORs in mammals are divided into two major classes, Class I and Class II, and this phenomenon is believed to play an important restrictive role in various aspects of OR gene expression, one of which is the second choice mechanism by which olfactory sensory neurons switch to an alternate OR in case their first attempt fails at the expression of a functional OR. Zebrafish OR repertoire consists of 136 intact OR genes, including only a single Class II OR. The relatively small size of the OR repertoire and the presence of a single Class II gene, OR101-1, makes the zebrafish species an ideal model organism to study class restriction.In order to ascertain its nature as a Class II OR, the phylogenetic background of OR101-1 was analyzed by the construction of two different phylogenetic trees which include zebrafish and human OR gene repertoires. OR101-1 was shown to be much more closely related to human ORs. Olfactory epithelium-specific expression of OR101-1 was shown through RT-PCR analysis of cDNA from 8 different zebrafish tissues. Early developmental expression patterns of OR101-1 was assessed by RT-PCR, qRT-PCR of embryonic cDNA, and expression of OR101-1 as early as 24 hours post-fertilization was observed. In situ hybridization studies using OR101-1-specific antisense RNA riboprobes also corroborated our previous findings. Finally, two transgenic BAC constructs that would allow the visualization of OR101-1 expression were designed and partially cloned: an OR101-1-IRES-Venus tag construct and a YFP deletion construct replacing the OR101-1 coding sequence to study the second choice mechanism in OR101-1 expressing OSNs.
Benzer Tezler
- Women in change: Female teachers and middle class in the 1940s-1950s
Değişen kadınlar: 1940'lı ve 1950'li yıllarda kadın öğretmenler ve orta sınıf
ASLI EBRU ŞANLITÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
TarihBoğaziçi ÜniversitesiTürkiye Cumhuriyeti Tarihi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DUYGU KÖKSAL
- Enhancing authentication in radio frequency identification systems by designing a fully fledged class protocol
Tam teşekküllü sınıfında bir protokol tasarımıyla radyo frekansı ile tanımlama sistemlerinde kimlik doğrulamayı geliştirme
ALAAULDIN KHIDIR IBRAHIM IBRAHIM
Doktora
İngilizce
2018
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolDokuz Eylül ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÖKHAN DALKILIÇ
- Çiftliks, landowners and rural producers: Class relations in the Balkans (18th-19th centuries)
Çiftlikler, toprak sahipleri ve kırsal üreticiler: Balkanlarda sınıf ilişkileri (18.-19. yüzyıllar)
EZGİ BURCU IŞIL
Doktora
İngilizce
2023
TarihBoğaziçi ÜniversitesiTarih Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET YÜCEL TERZİBAŞOĞLU
- Distopik sinemada sınıf çatışması
Class conflict in dystopic cinema
LEYLA DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Radyo-TelevizyonMarmara ÜniversitesiRadyo Televizyon ve Sinema Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİME NEŞE KAPLAN
- Kalp yetersizliği olan bireylerde tuz kısıtlama ve diyete uyumun belirlenmesi
Determination of salt restriction and dietary compliance in individuals with heart failure
AYŞE DEĞER