Geri Dön

Elucidation of the deamidation mechanism of asparaginyl residues in peptides and proteins

Peptit ve proteinlerde asparagin deamidasyon mekanizmasının incelenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 237461
  2. Yazar: ŞARON ÇATAK
  3. Danışmanlar: DR. MANUEL F. RUİZ LOPEZ, PROF. GERALD MONARD, PROF. VİKTORYA AVİYENTE
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Deamidasyon tepkimesi, Deamidation reaction
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Bölümü
  12. Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Protein deamidasyonu, bugüne kadar çok sayıda deneysel ve teorik çalışmaya konu olmuştur. Deamidasyon, enzimle katalize edilmesi gerekmeyen, asparagin amino asidini aspartik aside çeviren, spontane bir reaksiyondur. Molekülün yükünde meydana gelen değişikliğin proteinlerde zamana bağlı konformasyonel değişikliklere yol açtığı ve protein degredasyonuna hatta yaşlanmaya sebep olduğu bilinmektedir.Bu çalışmada, deamidasyon reaksiyonunun mekanizması teorik bir çalışmaya konu olmuş ve ayrıntılı olarak incelenmiştir. Deamidasyona yol açabilecek potansiyel mekanizmalarla ilgili birçok önemli bilgi edinilmiş, bu mekanizmalar ve enerjileri detaylı olarak sunulmuştur. Asparagin'in bir diğer potansiyel degradasyon mekanizması ?peptid omurgasının kopması? da ele alınmış ve deamidasyon mekanizmasıyla karşılaştırılmıştır. Son olarak, asparagin'e komşu olan amino asitlerin deamidasyonu ne şekilde etkilediğini anlamak üzere yapılan çalışmalara yer verilmiştir. Buna ek olarak, gelecekte yapılması planlanan çalışmalar da fikir bazında sunulmuştur.

Özet (Çeviri)

Deamidation of proteins is a topic of wide interest that has been subject to experimental and theoretical studies. Deamidation is a nonenzymatic and spontaneous process that converts asparagine residues in proteins into aspartic acid. The change in charge leads to time-dependent conformational changes in proteins and has been associated with protein degradation and ageing.In this study, certain mechanistic aspects of this process have been investigated and many insights have been attained on potential mechanisms leading to deamidation. These mechanisms and their energetics have been presented in detail. Another potential fate of asparagine residues, backbone cleavage, has been introduced and compared with the deamidation mechanism. Finally, attempts to understand the effect of neighboring residues on Asn deamidation have been elaborated and several ideas for future work have been outlined.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    334366

    Potansiyel biyoaktif bileşikler olan 2-(4-hidroksifenil) benzimidazol mannich bazları üzerinde çalışmalar

    Studies on mannich bases of 2-(4-hydroxyphenyl)benzimidazole which is potential bioactive compounds

    ZEHRA YAZICI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Eczacılık ve FarmakolojiAtatürk Üniversitesi

    Farmasötik Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. H. İNCİ GÜL

  2. Tez No

    197673

    Elucidation of the photocatalytic removal pathways of humic substances: Progress towards mechanistic explanations

    Hümik maddelerin fotokatalitik giderim yollarının araştırılması: Mekanistik açıklamalar yönünde gelişmeler

    CEYDA SENEM UYGUNER

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2005

    Çevre MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİRAY BEKBÖLET

  3. Tez No

    201625

    Elucidation of the state of water in hydrogels

    Hidrojeller içerisindeki suyun yapısının aydınlatılması

    ERHAN DEMİRCAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2006

    Kimya MühendisliğiMarmara Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET EROĞLU

  4. Tez No

    313723

    Elucidation of the role of GCN2 gene in response to powdery mildew infection

    Arpada küf hastalığına karşı GCN2 gen rolünün açıklanması

    İBRAHİM KUTAY ÖZTÜRK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHİNUR S. AKKAYA

    YRD. DOÇ. DR. FİGEN ERSOY

  5. Tez No

    706168

    Elucidation of the therapeutic action mechanisms of strigolactones against neuroinflammatory diseases: Potential inhibitory effects on NLRP3 inflammasome and microglia activation

    Nöroinflamatuar hastalıklara karşı strigolaktonların terapötik etki mekanizmalarının aydınlatılması: NLRP3 inflamazom ve mikroglia aktivasyonu üzerine potansiyel inhibitör etkileri

    GİZEM ANTİKA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUĞBA TÜMER

Geri Dön