From genome scan to disease gene identification
Genom taramasından hastalık geni tanımlanmasına
- Tez No: 232499
- Danışmanlar: PROF. DR. ASLİ TOLUN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, aşağıda ismi geçen beş kalıtımsal hastalığın genom ölçeğinde gerçekleştirilmiş olan tarama sonuçları kullanılmıştır. Bu sonuçlar parametrik bağlantı programları ile değerlendirilmiş, anlamlı bölgeler ayrıntılı olarak haritalanarak aday gen incelemeleri yapılmıştır.Yarık-El/Ayak Yapısal Bozukluğu (SHFM), el ve ayakların merkezi uzantılarını etkileyen gelişimsel bir bozukluktur. Yaptığımız bağlantı analizi sonucunda bu bozukluktan etkilenen aynı aileden 12 birey ile 1 asemptomatik bireyde kromozom 12q13.11-q13'te ortak yeni bir SHFM bölgesi tanımladık. Daha sonra aday gen çalışması ile WNT10b geninde homozigot olarak seyreden p.R332W mutasyonunu bulduk. SHFM fenotipinin ortaya çıkmasında ikinci bir bölgenin katkıda bulunduğunu veya baskılayıcı bir gen varyantın asemptomatik bireyde hastalığın ortaya çıkmasını engellediğini düşünmekteyiz. Bu çalışmamız WNT10b gen mutasyonunun el ve ayak gelişimini etkilediğini ve SHFM fenotipinin çekinik bir mutasyonla ilişkilendirilebileceğini gösteren ilk çalışma olarak kaydedilmiştir.Hipomiyelinizasyon ve Konjenital Katarakt çekinik geçişli bir beyaz madde hastalığıdır. Bu hastalığa DRCTNNB1A genindeki mutasyonların yol açtığı çalışmamız sürerken bildirildi. Çalışmamız kapsamında bulduğumuz bu gen içindeki büyük bir delesyonun tüm hastalarda katarakta neden olmadığını gösterdik.Koni ve Çubuk Distrofisinin çekinik geçişli bir çeşidini çalıştık. Çalışmamızda bu hastalık kromozom 17p13.2-p13.1'e haritalandı ve hastalık geninin retinaya özel Guanil Siklazı üreten GUCY2D geni olduğu gösterildi. Mutasyonun bulunduğu protein katalitik bölgesinde daha önce tanımlanan mutasyonlar çocukluk körlüğünün yaygın bir nedeni olan Leber'in konjenital amorozisi ile ilişkilendirilmişti. Çalıştığımız hastalarda gözlemlenen nispeten hafif fenotip, mutasyonun katalitik aktiviteyi tam olarak durdurmadığına veya fenotipin başka bölgeler tarafından da etkilendiğine işaret etmektedir.Son olarak, hipertansiyonla seyreden çekinik gecişli bir zeka geriliği türü ile dominant bir artrogriposis sendromu sırasıyla kromozom 7q21.3-q31.1 ve 13q31.3-q32.1'ye haritalandı.
Özet (Çeviri)
In the framework of this study, genome wide linkage scans of the following five inherited disorders were evaluated with parametric programs and suggestive loci were subsequently investigated with fine-mapping studies and candidate gene approach.Split-Hand/Foot Malformation (SHFM) affects the central rays of the autopod. We identified a novel SHFM locus at 12q13.11-q13 and a homozygous WNT10b mutation (p.R332W) in all affected individuals plus in an asymptomatic female. We propose that either a second locus contributes to the manifestation of SHFM phenotype or a suppressor locus prevented trait manifestation in the non-penetrant female. This is the first reported WNT10b mutation on the pathogenesis of limb development and recessive mutation in SHFM.Hypomyelination and congenital cataract is a recessive white matter disorder caused by mutations in gene DRCTNNB1A. Here we report a large intragenic deletion that does not lead to congenital cataract in all of the patients in an afflicted family.A novel form of recessive cone rod dystrophy was mapped to chromosome 17p13.2-p13.1, and the disease gene was identified as GUCY2D encoding the retinal guanylyl cyclase gene. The mutation (p.I949T) resided in the catalytic domain of the protein where other mutations had previously been associated with Leber congenital amaurosis, a common cause of childhood blindness. The milder phenotype observed in our patients implicate that either the mutation does not disturb the catalytic activity completely or modifier locus/loci interfere with the phenotype.Lastly, a recessive form of mental retardation and a dominant arthrogryposis syndrome were mapped to chromosomes 7q21.3-q31.1 and 13q31.3-q32.1, respectively.
Benzer Tezler
- Linkage analysis and candidate gene approach in three disorders
Üç hastalıkta bağlantı analizi ve aday gen yaklaşımı
YEŞERİN YILDIRIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASLIHAN TOLUN
- Applications of evolutionary bioinformatics in basic and biomedical research
Temel ve biyomedikal araştırmalarda evrimsel biyoinformatik uygulamalar
OGÜN ADEBALİ
Doktora
İngilizce
2015
MikrobiyolojiThe Unıversıty Of TennesseeMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. IGOR B. JOULINE
- Investigation of the relation between Helicobacter pylori and T cell response with examination of PD-L1 expression level in gastric pathogenesis
Mide patogenezinde PD-L1 ekspresyon seviyesinin belirlenmesi ile Helikobakter pylori ve T hücre cevabıyla arasındaki ilişkinin araştırılması
ELİF MERVE AYDIN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Tıbbi Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. AYÇA SAYI YAZGAN
- Renal parankimal tümörlere genomik yaklaşımlar
Genomic approach to renal parenchymal tumors
KUDRET ESEN GÜMÜŞLÜ
Doktora
Türkçe
2013
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
- Metilasyon-hidroksi metilasyon tayini için LC-MS/MS ile yöntem geliştirilmesi
Başlık çevirisi yok
ALEYNA İLHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Genetikİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SELDA MERCAN