Investigation of structural and functional properties of LNA (locked nucleic acid) by computational tools
Hesapsal araçlarla kilitli nükleik asitin (LNA) yapısal ve fonksiyonel özelliklerinin araştırılması
- Tez No: 223253
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CENK SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Kilitli Nükleik Asit, LNA, Gaz Fazı, Konformer, Modelleme, Konformasyon analizi, Locked Nucleic Acid, LNA, Gas Phase, Conformer, Modeling, Conformation analysis
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kilitli nükleik asit (LNA) bir veya daha fazla LNA nükleotid monomeri içeren sentetik RNA türevidir. Seker-fosfat ana hattında riboz kısmı yapısal olarak 2'-oksijen ve 4'- karbon atomlarından metilen köprüsü ile sınırlandırılmıstır. Bu baglantı seker halkasını DNA ve RNA sekanslarına komplementer hibrid olusumuna müsade eden 3'-endo (Ntip) konformasyonuna sabitler. Bu sayede LNA bisiklik furanoz birimine sahip RNA taklidi konformasyona kilitlenmistir. Bu çalısmada kilitli nükleik asitin bes bazı (adenin, timin, urasil, guanin ve sitozin) gaz fazındaki farklı konformasyonları arastırılmıstır. Bu çalısmanın amacı her bir LNA bazının gaz fazındaki konformasyonal evreninden yola çıkarak literatürde deneysel olarak kanıtlanmıs tanı ve tedavi yöntemlerinde LNA'ya avantaj getiren nedenleri saptamak ve ileriki çalısmalar için öngörülerde bulunmaktır. Bu yapıların yapısal ve elektronik karakterlerinin hesaplamaları ayrıntılı olarak öncelikle Spartan programı aracılıgıyla moleküler mekanik düzeyde ve daha sonra Gaussian 03 sürüm C.02 programı aracılıgıyla B3LYP/6-31G** ve HF/6-31G** düzeylerinde incelenmistir. Çalısmada baslangıç konformasyonu Spartan programında Moleküler Mekanik opsiyonunda seçildi. Konformasyonel arastırma sistematik metotla degistirildi. Her dönebilen bag 360° içinde 6 kere döndürüldü. Farklı konformasyonlar seçildi ve mümkün olan tüm yapılar çıkan sonuçlardan elde edildi. Bütün konformasyonlar yogunluk fonksiyon teorisi düzeyinde B3LYP/6-31G** kullanılarak optimize edildi. Optimize olan yapıların tüm enerjileri, dipol momentleri, frekansları ve geometrileri karsılastırıldı. Aynı ya da benzer olmayanlar konformasyon listesine eklendi. Optimize olan tüm konformasyonlar için aynı prosedür Hartree-Fock ile HF/6- 31G** düzeyinde tekrar yapıldı.
Özet (Çeviri)
Locked nucleic acid (LNA) is a synthetic RNA derivative containing one or more LNA nucleotide monomers. The ribose moiety in sugar-phosphate backbone is structurally constrained by a methylene bridge between the 2?-oxygen and the 4?-carbon atoms. The link `locks? the sugar ring in the fixed 3?-endo (N-type) conformation preferable for the formation of hybrids with complementary DNA or RNA sequences. Five bases with locked nucleic acid (adenine, thymine, uracil, guanine, and cytosine) have been investigated for their different conformations. The aim of this study is to start with investigating the conformational space of each LNA?s completely in the gas phase to determine the advantages of LNA in the diagnostic and therapeutic applications proven in the literature and foresight further studies. These structures have been investigated in detail structural and electronic characteristics firstly at Molecular Mechanics as implemented in Spartan and secondly at B3LYP/6-31G** and HF/6-31G** levels as implemented in Gaussian 03 Version C.02. In the study, an initial structure is chosen by using the Molecular Mechanics (MMFF conformer distribution) option in Spartan program with systematic method. Every flexible bond is rotated 6 times through 360°. Different conformers and all possible structures are found from the resultant output. All the conformers are optimized at the Density Functional Theory (DFT) by using B3LYP/6-31G**. Total energies, dipole moments, frequencies and geometries of the optimized structures are compared. If they are not same or similar, they are added to conformer list. The same procedure is done to optimize all the conformers by using HF/6-31G**.
Benzer Tezler
- L-theaninin diyabetik sıçanlarda hipokampus dokusu ve serum BDNF ve adipositokin seviyelerine etkisinin incelenmesi
Investigation of the effect of L-theanine on the hippocampus tissue and serumbdnf and adipocytokine levels in diabetic rats
HAMED HAJIZADEH TEKMEH
Doktora
Türkçe
2021
BiyokimyaKaradeniz Teknik ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİRGÜL KURAL
- Analytical and numerical analysis of coupled linear vibrations of fgm beams and frames
Fgm kiriş ve çerçevelerin bağlı lineer titreşimlerinin analitik ve sayısal analizi
NEDİMCAN AYTEMÜR
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EKREM TÜFEKCİ
DR. ÖĞR. ÜYESİ UĞURCAN EROĞLU
- Kızgınlık gösteren ineklerde kızgınlığın farklı devrelerinde elde edilen vagina ve serviks akıntılarında feromonların araştırılması
Investigation of pheromones in cervical and vaginal secrations at different terms of estrous cows
TANZER BOZKURT
Doktora
Türkçe
1996
Veteriner HekimliğiFırat ÜniversitesiDölerme ve Suni Tohumlama Ana Bilim Dalı
PROF.DR. EŞREF DEMİRCİ
- Farklı yapıdaki oligokaliks[4]aren türevlerinin sentezi ve faz transfer reaksiyonlarının incelenmesi
Synthesis of various modified oligocalix[4]arene derivatives and investigation of phase transfer reactions
AYDAN YILMAZ
- Pirinç kabuğu külü ve Çamaltı Tuzlası atık tuz çözeltisi kullanılarak magnezyum silikat üretimi
Production of magnesium silicate using rice hull ash and Camalti Saltern waste solution
ELİF ZEHRA ATUKEREN
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALE GÜRBÜZ