Heterologous expression of two putative glutamate synthase subunits from Pyrococcus horikoshii
Pyrococcus horikoshii iki putatif glutamat sentaz küçük altünite homologlarının heterolog ekspresyonu
- Tez No: 223154
- Danışmanlar: DOÇ.DR. BENAN DİNÇTÜRK BOTOFTE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Glutamate Sentaz Küçük Altünitesi, Pyrococcus horikoshii, Glutamate synthase small subunit, Pyrococcus horikoshii
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Glutamat sentaz (GOGAT), bakteri, alg ve bitkilerde amonyak asimilasyonun ilk basamaklarında görev alan ve glutaminin amido azotunun 2-okzoglutarata transamidasyonu sonucu iki molekül glutamat oluşumunu katalizleyen önemli bir enzimdir. Pyrococcus cinsinden olan P. horikoshii, P. furiosus ve P. abyssi genomlarında, glutamat sentazın küçük altünitesine benzerlik gösteren iki tane homolog bölge vardır. Bununla beraber P. horikoshii ve P. abyssi'nin genomlarında bu enzimin glutamat oluşumundan sorumlu olan büyük altünitesini kodlayan bir bölge bulunmamaktadır. İki tane putatif glutamat sentaz küçük altünite homoloğunun varlığı, gen duplikasyonu olasılığını düşündürmektedir. Glutamat sentazın evriminin, lateral gen transferi ve iki altünitenin yüksek yapılı canlılarda birleşmesi olaylarını kapsaması muhtemeldir. Bunlar ışığında bu homolog bölgelerin, elektron transfer protein domainlerinin arkelerde bulunan erken formları olabilecekleri ve daha sonradan evrim sürecinde elektron transfer enzimlerin yapısına katılmış olabilecekleri düşünülebilir. Bu çalışmada, bu hipotezin gerçekliğini araştırmak için, Pyrococcus horikoshii' nin iki putatif glutamat sentaz küçük altünitesi homoloğu, PH0876 ve PH1873, klonlanmış ve pET serisi ekspresyon vektörleri kullanılarak Escherichia coli de protein ekpresyonu gerçekleştirilmiltir ve elde edilen sonuç Western Blot analizi ile desteklenmiştir. Üretilen proteinler, HisTag füzyon proteini olmalarından faydalanılarak saflaştırılmıştır. Buna ek olarak, aktivite analizlerinde kontrol amaçlı kullanılacak olan Medicago sativa ya ait NADH-bağımlı glumat sentazın, küçük altünite ile benzerlik gösteren bölgesi de ekpresyon vektörüne klonlanmış ve protein ekpresyonu gerçekleştirilmiştir
Özet (Çeviri)
Glutamate synthase (often abbreviated as GOGAT) is a key enzyme in the early stages of the assimilation of ammonia in bacteria, algae and plants, catalyzing the reductive transamidation of the amido nitrogen from glutamine to 2-oxoglutarate to form two molecules of glutamate. The genomes of three Pyrococcus species, P. horikoshii, P. furiosus and P. abyssi, harbour two open reading frames which show homology with the small subunit of glutumate synthase (ß subunit of GOGAT). There are no open reading frames which may be coding for a large subunit which is responsible for the glutamate formation in the genomes of P. horikoshii and P. abyssi. The presence of two putative GOGAT small subunits raise the possibility of gene duplication. Evolution of glutamate synthase might have occured via lateral gene transfer via the combination of two subunits in the higher organisms. It seems likely that these open reading frames are the early forms of an electron transfer domain in archaea which may have later contributed to many electron transfer enzymes. To further analyze this hypothesis, two open reading frames PH0876 and PH1873, belonging to P. horikoshii, have been cloned and successfully expressed in E. coli and the presence of the proteins have been confirmed with Western Blot analysis. In addition, these two proteins have been obtained in the soluble fraction of the cell and purified with the aid of His-Tag present upstream the coding region. The ß subunit-like C terminal region of NADH-dependent glutamate synthase from Medicago sativa has also been cloned, expressed in E. coli to be used as a control in activity analysis. Activity analyses are on progress to further characterize the proteins.
Benzer Tezler
- Heterologues expression of two putative glutamate synthase subunits from Methanocaldococcus jannaschii
Methanocaldococcus jannaschii'nin putatif iki glutamat sentaz alt ünitesinin heterolog ekspresyonu
VOLKAN DEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BENAN DİNÇTÜRK
- Cloning, characterization and heterologons expression of the aspartokinase and aspartate semialdehyde dehydrogenase genes from the cephamycin C producer streptomyces clavuligerus
Sefamisin C üreticisi streptomyces davuligerus'un aspartokinaz ve aspartat semialdehid dehidrojenaz genlerinin klonlanması, karakterizasyonu ve heterolog ekspresyonu
SEDEF TUNCA
Doktora
İngilizce
2002
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
PROF. DR. JACQUELİNE PİRET
- Genetic diversity of wheat gluten proteins and their importance in dough making properties of flour
Buğday gluten proteinlerinin genetik farklılıkları ve ekmeklik un özelliklerindeki önemi
VELİ CENGİZ ÖZALP
Doktora
İngilizce
2000
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. HÜSEYİN AVNİ ÖKTEM
PROF.DR. MERAL YÜCEL
- Kayseri ilinde apolipoprotein E gen polimorfizminin akut miyokard infarktüsü geçiren hastalar üzerine olan etkisinin incelenmesi
Evaluation of the effects of apoliproteine gene polymorphism in patients with acute miyocardial infarction in Kayseri
SEMİR ÖZTOPRAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2003
KardiyolojiErciyes ÜniversitesiKardiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERVET ÇETİN
- Türkiye'deki hiperkolesterolemi ve propiyonik asidemi hastalıklarına neden olan genetik patolojilerin belirlenmesi ve özgül mutasyon çeşitlerinin gen ifadelerinin araştırılması
Identification of genetic pathologies which cause hyper cholesterolaemia and propionic acidemia diseases in Turkey and investigation of gene expressions of spesific mutation types
MUSTAFA MERT SÖZEN