Geri Dön

Changes in archaeal and bacterial 16S rRNA gene sequences in a full-scale anaerobic reactor

Gerçek ölçekli bir anaerobik reaktördeki arkeal ve bakteriyel 16S rRNA gen dizilimlerindeki değişimler

PDF İndir

  1. Tez No: 222619
  2. Yazar: ŞÜKRİYE ÇELİKKOL
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ORHAN İNCE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoteknoloji, Çevre Mühendisliği, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Environmental Engineering, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Anaerobik tam karışımlı reaktör, arkeal ve bakteriyel komünite, denaturan gradient jel elektroforezi, dizi analizi, kağıt endüstrisi, Anaerobik arıtma, Anaerobic contact reactor, archaeal and bacterial community, denaturing gradient gel electrophoresis, pulp and paper industry, sequencing, Anaerobic treatment, Paper industry
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Yapılan çalışma, kağıt endüstrisi atıksuyu arıtan gerçek ölçekli bir anaerobik tam karışımlı reaktördeki arkeal ve bakteriyel çeşitliliği hedef almıştır. Temmuz 2005 ve Ağustos 2005 tarihlerinde reactor yüksekliği boyunca üç farklı noktadan numune alınmıştır. Alınan çamur numunelerindeki arkeal ve bakteriyel 16S rDNA dizileri PCR yöntemi ile çoğaltılmış ve DGGE jellerinde yürütülmüştür. Numunelere ait DGGE parmakizleri Bionumerics yazılımında incelenerek DGGE bantları arasındaki benzerlikler yürüme mesafesi, konum ve yoğunluk bakımından incelenmiştir. Çamur numuneleri arasındaki filogenetik ilişkiler Treecon programında belirlenmiştir. Bunun yanında, farklı türleri temsil eden DGGE bantları ultraviyole ışık altında kesilmiştir. Kesilen bantlar dizi analizi yapılarak analiz edilmiştir. Dizi sonuçları, daha önceden izole edimiş çevre numunelerine ve prokaryotlara ait Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü elektronik veritabanlarında karşılaştırılmıştır. Birçok selüloz indirgeyen bakteriler ve geniş çeşitliliğe sahip arkealar tespit edilmiştir. Gerçek ölçekli reaktörde bulunan türler tanımlanarak daha önceden FISH ile belirlenen mikrobiyal içerikteki değişimin doğrulanması, arkeal ve bakteriyel çeşitlilik ve potansiyel metan aktivitesi arasındaki ilişkinin açıklanması ve çamur örnekleri arasındaki filogenetik ilişkinin elde edilmesi amaçlanmıştır. Bunlara ek olarak, FISH yöntemi ile belirlenemeyen türlerin DGGE ve dizi analizleri ile belirlenmesi hedeflenmiştir. Atıksu arıtan bir reaktördeki organik kirleticilerin ayrışmasında etkin olarak görev alan türlerin belirlenmesi ile yüksek giderim verimine sahip türlerin korunması için optimum işletme koşullarının sağlanması gerçekleştirilecektir.

Özet (Çeviri)

This study focuses on archaeal and bacterial diversity change in a full-scale anaerobic contact reactor treating pulp and paper mills effluents. Samples were taken in July 2005 and August 2005 from three different heights along the reactor. Archaeal and bacterial 16S rDNA sequences within the sludge samples were amplified using PCR and run on DGGE gels. DGGE fingerprints of the samples were analyzed using the Bionumerics software to identify similarities between DGGE bands in terms of migration location and intensity. The phylogenetic relationship between the sludge samples was analyzed using the Treecon software. In addition, DGGE bands each of which symbolizes a different species are excised under ultraviolet light. The excised bands were analyzed by means of sequencing. The sequence results were compared to the previously isolated environmental species and prokaryotes in the electronic database of European Bioinformatics Institute. A number of cellulose degrading bacteria and a wide range of methanogenic archaea were detected. It is aimed to identify the species present in the full-scale reactor, confirm the change in the microbial composition previously determined via FISH analysis, establish the correlation between change in the archaeal and bacterial diversity and potential methanogenic activity, and obtain a phylogenetic relation between the sludge samples. In addition, it is intended that the species which could not have been identified by FISH technique will be defined by DGGE and sequencing analysis. The identification of the microbial species actively involved in organic pollutant biodegradation in a wastewater treatment reactor will allow optimum operational conditions for maintaining a microbial population in the system with a high degrading activity.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    179421

    16S rDNS analysis of microbial communities in anoxic marine sediments of the Marmara sea

    Marmara denizi anoksik deniz sedimentlerindeki mikrobiyal komunitenin 16S rDNA analizi

    ASLI SEZGİN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    Çevre MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. BAHAR İNCE

  2. Tez No

    105218

    Monitoring of changes in methanogenic populations during operation of anaerobic reactors with molecular biology tools

    Anaerobik reaktörlerin işletilmesi sırasında metanojenik populasyondaki değişimin moleküler biyoloji teknikleri ile izlenmesi

    BÜLENT MERTOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2001

    Çevre MühendisliğiMarmara Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. BÜLENT İNANÇ

  3. Tez No

    154636

    Determination of archaeal population dynamics in full scale uasb reactors using fluorescent in situ hybridization technique

    Alkollü içki endüstrisi atiksularını arıtan gerçek ölçekli yukarı akışlı anaerobik rektörlerdeki arkeyal populasyon dinamiğinin floresanlı yerinde hibiritleşme tekniği ile belirlenmesi

    MUSTAFA KOLUKIRIK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. ORHAN İNCE

  4. Tez No

    152445

    Determination of sulfate reducing bacterial population in the Black Sea sediments by flourescence in situ hybridization technique

    Karadeniz çamurundaki sülfat indirgeyen bakteri populasyonunun floresanlı yerinde hibritleşme tekniği ile belirlenmesi

    İCLAL ÜŞENTİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    Çevre MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Çevre Teknolojileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BAHAR İNCE

  5. Tez No

    90965

    Engineering of citrate synthase from thermoplasma acidophilum to investigate the molecular mechanisms of thermostability

    Thermoplasma acidophilum sitrat sentaz enziminde thermal stabilitenin moleküler mekanizmasının protein mühendisliği yöntemi ile araştırılması

    İPEK ERDURAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2000

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK

Geri Dön