Dna sequence analysis of the caga 3' gene of helicobacter pylori strains in turkey
Türkiye'deki helıcobacter pylorı caga 3' geninin dna dizi analizi
- Tez No: 216519
- Danışmanlar: DOÇ.DR. BARIK SALİH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Helicobacter pylori, cagA, vacA, duedonum ülseri, mide ülseri, gastrit, multipleks PZR, Duodenal ülser, Helicobacter pylori, cagA, vacA, duodenal ulcer, gastric ulcer, gastritis, multiplex PCR
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Fatih Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Günümüzde, mide biopsilerinde bulunan Helicobacter pylori suşlarının genotiplendirilmesi için kullanılan multipleks PZR yöntemiyle şu zamana kadar farklılık arz eden sonuçlar elde edilmiştir (kaynatma yöntemiyle DNA ve PZR ürünü elde edilmesi, farklı uzunluklarda PZR ürünleri ve delesyonların bulunması, farklı yoğunluklarda PZR ürün bantlarının tespit edilmesi). Bu çalışmayla, kullandığımız tekniğin cagA ve vacA genotiplerini belirlemede ve hastalık sonuçlarıyla ilişkilendirilmesinde ne derece faydalı olduğunu bulmayı amaçladık. Metod: 52 hastadan izole edilen H. Pylori (35 duodenum ülseri (DÜ), 7 mide ülseri (MÜ), 10 gastrit hastası) incelemeye tabi tutuldu. CLO ve PZR için her hastanın antrumundan 3 adet biopsi alındı. CagA, vacA s1s2 ve m1m2 bölgelerine özel 3 set primer kullanılarak multipleks PZR yapıldı. Sonuç: Kaynatma yöntemiyle hiçbir PZR ürünü elde edilemediği için QIAamp kiti kullanılarak DNA izolasyonu yapıldı. Hastaların %84.6'sı H. pylori pozitif olarak tespit edildi (DÜ hastalarının %85.7'si, GÜ hastalarının %100'ü ve gastrit hastalarının %70'i). CagA geni DÜ hastalarının %86.6, GÜ hastalarının %71.4 ve gastrit hastalarının %57'sinde tespit edildi. VacA allelinin cagA pozitif suşlarda görülme oranı ise şöyleydi: VacA s1m1 DÜ hastalarında %80.7 ve GÜ hastalarında %60 oranında tespit edildi. Gastrit hastalarının %75'i ise s1m2 genotipine sahipti. H. pylori cagA pozitif vacA-s1m1 genotipi ile peptik ülser hastalıkları arasında önemli bir ilişki bulunmaktadır. PZR ürün bantlarının uzunluklarında herhangi bir farklılık görülmemekle beraber bant yoğunlukları birbirinden farklıydı. 2 DÜ ve 1 GÜ hastasının vacA m1 allelinde yaklaşık 420 baz çifti uzunluğunda, delesyona uğramış bölge saptandı. Multipleks PZR yöntemi çeşitli genlerin tek seferde hızlı ve etkili bir şekilde belirlenmesinde kullanılan bir yöntem olmasına rağmen bu yöntemin H. Pylori genotip analizinde optimize edilmesi gerekmektedir.
Özet (Çeviri)
Recent application of multiplex PCR for genotyping Helicobacter pylori strains directly from biopsies revealed variable results (detection of amplicons from DNA extracted by boiling biopsies, variable size amplicons and deletions, uniform intensity of amplicon bands). We aimed to look at how applicable the technique is for determining cagA and vacA genotypes and to correlate the results with the severity of the disease. Method: H. pylori isolates from 52 patients (35 duodenal ulcer (DU), 7 gastric ulcer (GU) and 10 gastritis) were included .Three antral biopsies were obtained for CLO and PCR. Primers for cagA, vacA s1s2, and m1m2 alleles were used. Results: No PCR amplicons were obtained from boiling biopsies, thus DNA was extracted by QIAamp kit. H. pylori was positive in 84.6% of the patients (85.7% DU, 100% GU, 70% gastritis). The cagA gene was detected in 86.6% DU, 71.4% GU and 57.0% gastritis patients. The vacA allele distribution among cagA-positive strains was 80.7% vacA s1m1 in DU and 60.0% in GU patients while gastritis patients showed 75.0% s1m2 genotype. There was a significant correlation between H. pylori cagA+ vacA-s1m1 genotype and peptic ulcers. No variability in the amplicon sizes was found and the intensity of the amplicon bands was not uniform. A deleted band of approximately 420bp below the m1 band was detected in strains from 2 DU and 1 GU patient. The multiplex PCR although rapid and an effective tool for detecting several genes in a single step system one has to adjust for optimization of the technique when genotyping H. pylori direct from biopsies.
Benzer Tezler
- REV 1 geninin DT40 hücrelerinde“knock out”edilerek somatik hipermutasyona etkisinin incelenmesi
The analysis of REV1 gene for somatic hypermutation by knock-out in DT40 cells
NESİBE NUR SARIBAŞAK
- Klopidogrel kullanan hastalarda CYP2C19 geni rs4244285 polimorfizminin klinik kardiyovasküler olaylar ile ilişkisinin araştırılması
Association of CYP2C19 gene rs4244285 polymorphism with clinical cardiovascular events in patients using clopidogrel
ÖZGE ÇATMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyolojiMarmara ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BELGİN SÜSLEYİCİ DUMAN
- Kılıçlı (Şile-İstanbul) killerinin jeokimyasal mineralojik ve fiziksel özelliklerinin incelenmesi
The investigation of the chemical, mineralogical and physical properties of Kılıçlı clay deposits
SERPİL GÜL YILMAZ
- Helicobacter pylori vacA genotiplerinin DNA dizi analizi ile belirlenmesi ve genetik değişikliklerin patogenez ile ilişkisinin incelenmesi
Determination of helicobacter pylori vacA genotypes by DNA sequence analysis and investigation of the associatiaon of genetic varibility with pathogenesis
MERAL KARAMAN
Doktora
Türkçe
2003
MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ABACIOĞLU
- Helicobacter pylori izolatlarında klaritromisin direncini ve cagA geni varlığını birlikte belirleyecek bir ?eş-zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu? (real-time PCR) yönteminin geliştirilmesi
Development of a simultaneous detection of the clarithromycin resistance and the cagA gene status by“real-time polymerase chain reaction”in helicobacter pylori isolates
PEREN HATİCE BAĞLAN