recN, flaA ve ftsY genlerine göre Anoxybacillus cinsinin moleküler analizi
Molecular analysis of the genus Anoxybacillus based on the sequence similarity of te genes recN, flaA and ftsY
- Tez No: 212098
- Danışmanlar: PROF. DR. ALİ OSMAN BELDÜZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Anoxybacillus, recN, ftsY, flaA, PCR, Anoxybacillus, recN, ftsY, flaA, PCR
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalısmada, farklı bölgelerden izole edilerek Anoxybacillus cinsi içerisine dahil edilmis olan 9 bakteri türünün recN, flaA ve ftsY genleri açısından moleküler analizi yapıldı. Anoxybacillus flavithermus, Anoxybacillus kestanbolensis, Anoxybacillus ayderensis, Anoxybacillus pushchinoensis, Anoxybacillus voinovskiensis, Anoxybacillus gonensis, Anoxybacillus contaminans, Anoxybacillus kamchatkensis ve Anoxybacillus amylolyticus bakterilerinin genomik DNA'sı uygun yöntemlerle izole edildi. recN, flaA ve ftsY genleri için dizayn edilen primerler kullanılarak, PCR yoluyla ilgili genler çogaltıldı. Elde edilen genlerin baz dizileri otomatik dizi analizatörleri aracılıgıyla ile (Macrogen, Güney Kore) belirlendi. Belirlenen diziler, BLAST (NCBI), ?BIOEDIT? (Thompson ve ark., 1997) ve `Clustal W Multiple Sequence Alignment' programları kullanılarak birbirleri ile ve Genbank'taki diger sıralarla karsılastırıldı. Yapılan karsılastırmalar sonucunda, recN genin Anoxybacillus cinsine ait üyelerin tanımlanmasında uygun bir gen olmadıgına karar verildi. flaA geninin Anoxybacillus cinsine özgü korunmus bölgeler tasıdıgı belirlendi. Buna göre flaA geninin, Anoxybacillus cinsinin üyelerinin tanımlanmasında tek basına kullanılmasının uygun olmadıgı, buna ragmen farklı genotipik yöntemlere ek olarak kullanabilecegi belirlendi. G + C içerigi açısından incelenen ftsY geninin ortalama % 1,4 farklılıkla tüm genomun G + C içerigini yansıttıgı belirlendi. Buna göre ftsY geninin, Anoxybacillus cinsi için organizmanın tüm genomunun sahip oldugu bilgiyi yansıtan bir gen olduguna karar verildi.
Özet (Çeviri)
Genomic DNA?s of the bacteria Anoxybacillus flavithermus, Anoxybacillus kestanbolensis, Anoxybacillus ayderensis, Anoxybacillus pushchinoensis, Anoxybacillus voinovskiensis, Anoxybacillus gonensis, Anoxybacillus contaminans, Anoxybacillus kamchatkensis and Anoxybacillus amylolyticus was isolated by the procedure of Sambrook et all. ( 1989). Based on available genom sequences in Genbank, the consensus primers were designed and recN, flaA and ftsY genes were amplified by PCR with using these primers. The sequences of the genes recN, flaA and ftsY were determined by automatical sequence analysers (Macrogen, South Korea). Defined sequences were compared with each other and the other bacteria present in Genbank by using the programs BLAST (NCBI), ?BIOEDIT? (Thompson et all., 1997) and `Clustal W Multiple Sequence Alignment Program?. Based on the results obtained from comparisons of the DNA sequences, we conclude that the gene recN is not an apropriate gene for determining the species belong to the genus Anoxybacillus. The gene flaA has conserved regions specific to the genus Anoxybacillus. This gene can not be used for determining the species belong to the genus Anoxybacillus alone, but can be used as an additional method to the other genotypic methods. The gene ftsY was investigated for it?s G + C content. A mean difference of 1,4% was observed between the G + C content of the gene ftsY and the G + C content of the whole genome. These results showed that the gene ftsY can be used to represent whole G + C content of a bacteria.