Algorithms for effective querying of graph-based pathway databases
Çizge tabanlı yolak veri tabanlarının etkin sorgulanması için algoritmalar
- Tez No: 199383
- Danışmanlar: DOÇ. DR. UĞUR DOĞRUSÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Graph Algorithms, Graph Querying, Biological Pathways, PathwayDatabases.iii
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bilimsel merak, kalıtım-ülşekli bilginin sistem seviyesindeki araştırmalarınaoc syünelirken, molekül düzeyindeki hücresel süreşler hakkında uretilen verilero uu u uc ühızlanan bir oranla artmaktadır. Cizge tabanlı yolak ontolojiler ve veri tabanlarışbu tarz bilgiler işin geniş bir kullanım alanına sahiptir. Bu güsterim, hücreselc s o uağların programlı bir şekilde bütünleştirilmesinin yanı sıra yapısal ve dinamikg s uu süzelliklerini tahmin etmeye yünelik olarak şizge teorinin iyi anlaşılmış kavramlarıo o c s skullanılarak araştırılmasını mümkün kılmaktadır. Bu kapsamda, büyle bütünleşiks uu o uu sgeniş ağların, ilgili alt-ağların etken algoritmalar ve yazılım araşlarının yardımıylasg g cseşilerek şıkarılması amacıyla, etkili olarak sorgulanması zaruridir.c cBu amaşla, protein-protein etkileşiminden, metabolik yolaklara hatta sinyalc syolaklarına her türlü şizge tabanlı yolak veri tabanlarına uygulanabilir olmaku ucuzere, basit komşuluk sorgularından en kısa yol yolaklarına ve geri beslemeü sdüngülerine pek şok şizge teorik algoritmalar beraberinde bir sorgulama şerşevesiou cc ccgeliştirdik. Bu algoritmalar ayrıca yolak veritabanı işinde mevcut bileşik veyas c sbirbirinin işine yerleştirilmiş yapıları da oluşturulabilir ve Patika (Entegrasyonc s s sve Bilgi Kazanma işin Yolak Analiz Araşları) yazılımlarının sorgulama unsurlarıc cişerisinde uygulanmıştır. Ayrıca, süzkonusu algoritmaların geniş bir şizge tabanlıc s o s cyolak veritabanı işin biyolojik olarak ünem arz eden pek şok sorgunun cevap-c o clandırılması işin kullanışlı olduğu gürülmüştür.c s g o u us uAnahtar süzcükler : Cizge Algoritmaları, Cizge Sorgulama, Biyolojik Yolaklar,ou ş şYolak Veri Tabanları.iv
Özet (Çeviri)
As the scientiï¬c curiosity shifts toward system-level investigation of genomic-scale information, data produced about cellular processes at molecular level hasbeen accumulating with an accelerating rate. Graph-based pathway ontologiesand databases have been in wide use for such data. This representation has madeit possible to programmatically integrate cellular networks as well as investigatingthem using the well-understood concepts of graph theory to predict their struc-tural and dynamic properties. In this regard, it is essential to eï¬ectively querysuch integrated large networks to extract the sub-networks of interest with thehelp of eï¬cient algorithms and software tools.Towards this goal, we have developed a querying framework along with a num-ber of graph-theoretic algorithms from simple neighborhood queries to shortestpaths to feedback loops, applicable to all sorts of graph-based pathway databasesfrom PPIs to metabolic pathways to signaling pathways. These algorithms canalso account for compound or nested structures present in the pathway data, andhave been implemented within the querying components of Patika (PathwayAnalysis Tools for Integration and Knowledge Acquisition) tools and have provento be useful for answering a number of biologically signiï¬cant queries for a largegraph-based pathway database.
Benzer Tezler
- Effective area coverage for wireless and actor networks
Algılayıcı ve aktör ağlar için etkin kapsama alanı
ALİ SİNAN BUYRUK
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolYeditepe ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. ŞEBNEM BAYDERE
- Oracle veri tabanına dayalı bilgi sistemleri ve sorgulamaları
Information systems and queries in Oracle database
BAŞAK GÜNAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
MatematikYıldız Teknik ÜniversitesiMatematik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AYLA ŞAYLI
- Density-based shape descriptors and similarity learning for 3D shape retrieval
3B nesne arama için olasılık yoğunluğuna dayalı şekil betimleyicileri ve benzerlik öğrenme
CEYHUN BURAK AKGÜL
Doktora
İngilizce
2008
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiElektrik ve Elektronik Mühendisliği Bölümü
PROF. BÜLENT SANKUR
- How cryptographic implementations affect mobile agent systems
Şifreleme gerçekleştirmelerinin gezgin aracı internet sistemlerini nasıl etkilediği
İSMAİL ULUKUŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2003
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi ÜniversitesiSistem ve Kontrol Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİN ANARIM
- Türk halılarının görüntü veri tabanı kullanarak saklanması ve sorgulanması
Başlık çevirisi yok
BARBAROS GÜNAY
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHİTTİN GÖKMEN