Analysis of hot spots in protein-protein interactions
Protein etkileşimlerindeki sıcak noktaların analizi
- Tez No: 198572
- Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. METİN TÜRKAY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biyomühendislik, Kimya Mühendisliği, Biophysics, Bioengineering, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2005
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Öğrencinin Adı : Sabri Bora ErdemliTez Başlığı : Protein Etkileşimlerindeki Sıcak Noktaların AnaliziÖzetProteinler genellikle bir araya gelerek protein kompleksleri oluşturup bu karşılıklı işbirliğisayesinde fonksiyonlarını yerine getirirler. Neredeyse hücresel faaliyetlerin her aşaması proteinetkileşimleri sayesinde gerçekleşmektedir. Hücredeki organellerin yapılarının oluşumu, biyolojikzarlardan maddelerin transferi ve sinyal nakli bunlara örnek olarak sayılabilir. Bu tez çalışmasınınamacı protein-protein etkileşimlerindeki sıcak nokta adı verilen enerji yönünden önemli olan aminoasitlerin incelenmesidir. Bunun için 4 farklı gruba ait olan 14 değişik protein kompleksinin molekülerdinamik analizi yapıldı. Sıcak noktaların ve protein ara yüzlerindeki diğer amino asitlerin hidrojenbağı yapma kabiliyetleri yan zincirlerinin esnekliğine göre karakterize edildi. Neredeyse bütünkompleks gruplarının ara yüzlerinde hidrofobik amino asitlerin baskın oldukları görüldü. İkinci enbüyük etkiye ise aromatik amino asitlerin sahipti. Tyr, Ser, Phe, Gly ve Thr protein ara yüzlerindediğer amino asitlere göre daha sık olarak karşılaşıldı. Sıcak noktaların diğerlerine göre protein arayüzlerinde daha gömülü ve daha az esnek oldukları görüldü. Fakat bu iki grup amino asidin hidrojenbağı yapma kabiliyetleri arasında hiçbir fark gözükmedi. Bu çıkarımlar protein-proteinetkileşimlerinin anlaşılmasında ve kenetlenme algoritmalarının geliştirilmesinde önemli bir roloynayacaktır.
Özet (Çeviri)
Name of the Student : Sabri Bora ErdemliThesis Title : Analysis of Hot Spots in Protein - Protein InteractionsAbstractProteins generally function through reciprocal cooperation; they bind together intoprotein complexes and help each other fulfill their functions. Almost every level of cell functionis established by protein-protein interactions including formation of structure in cellularorganelles, the transport entities across the various biological membranes and signal transduction.The objective of this thesis is to investigate the role of energetically important residues called?hot spots? in protein associations. For this purpose 14 different complexes belonging to 4different complex types are analyzed. Molecular dynamics simulations are performed over theseprotein complexes. Hot spots and non hot spot residues in the interfaces are characterized withrespect to their flexibility and hydrogen bond forming ability. Interfaces are dominated byhydrophobic residues in almost all types of complexes. Then the second contribution is fromresidues that have aromatic side chains. Tyr, Ser, Phe, Gly and Thr are more frequent as hot spotresidues than the other residues in the interfaces. Hot spots are found to be more buried than therest of the interface. It is observed that the hot spot residues exhibit less mobility than the rest ofthe interface residues. The hydrogen bond formation ability of the hot spots is not significantlydifferent from the others. These findings should be very important in understanding protein -protein interaction and development of docking algorithms.
Benzer Tezler
- Construction of recb-recd genetic fusion and analysis of recbdc fusion enzyme functions in echerichia coli
Başlık çevirisi yok
OYTUN PORTAKAL AKÇİN
Doktora
İngilizce
2006
BiyokimyaHacettepe ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF.DR. GERRY R SMITH
PROF.DR. PAKİZE DOĞAN
- Kalıtsal retinal dejenerasyonların genetik analizi
Genetic analysis of inherited retinal degenerations
CEREN ACAR
- Ovaryum ve endometriyum kanserlerinde kromozom düzensizlikleri ve sık rastlanan p53 geni 7. ekzon mutasyonlarının taranması
Chromosomal abnormalities and frequent p53 gene mutations seen in exon 7 in endometrial and ovarian carcinomas
AYFER PAZARBAŞI
Doktora
Türkçe
2004
Tıbbi BiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MÜLKİYE KASAP
- Osteosarkomlu olgularda p53 ekson 7 mutasyonlarının polimeraz zincir reaksiyonu ile belirlenmesi
Detection of p53 exon 7 mutations in osteosarcomas by polymerase chain reaction
AYŞE ŞAYLI
- Akciğer kanserli hastalarda gözlenen kromozomal düzensizlikler ile hücre ölüm reseptörü-4 genindeki polimorfizmlerin incelenmesi
Investigation of chromosomal aberrations and cell death receptor-4 polymorphisms in lung cancer patients
DENİZ TAŞTEMİR