Investigation of noncovalent protein-protein interactions by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry
Kovalent olmayan protein-protein etkileşimlerinin matriks yardımlı-laser desorpsiyon iyonlaşmalı kütle spektrometresi ile incelenmesi
- Tez No: 185632
- Danışmanlar: PROF. DR. BEKİR SALİH
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Protein, protein-protein etkileşimi, MALDI-MS, Aβ 1-42 peptidi, antibadi, şiddet sönmesi, kapiler elektroforez, Protein, Protein-protein interaction, MALDI-MS, Aβ 1-42, Antibody, Intensity fading, Capillary electrophoresis
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Matrix Hazırlamalı Lazer Desorpsiyon yonlaşmalı Kütle Spektrometresi gittikçegelişen ve protein peptit analizlerini de içeren farklı alanlarda kullanılan analitik birtekniktir. Burada sunulan çalışma farklı protein-protein etkileşimlerinin MALDI-MSile analizi için tasarlanmış ve uygulanmıştır. Örneklerin örnek hazırlama veiyonlaşma sırasında kararlı kaldıkları deneysel şartlar bulunmuştur. Aβ 1-42peptidi ve Aβ 1-42 antibadisi arasındaki kovalent olmayan etkileşim çalışılmıştır.Aβ 1-40 antibadisi bağlanmanın özgüllüğünü deneme amacıyla negatif kontrololarak kullanılmıştır. Aβ 1-42 peptidi trypsin ile parçalanmış ve parçalanma ürünleriAβ 1-40 ve Aβ 1-42 antibadileri ile ayrı ayrı etkileştirilmiştir. Aβ 1-40 peptidifibrilleştirilmiş ve TFA ve 1-40 antibadisi fibril bozucu etkisi kapiler elektroforez veMALDI-MS ile incelenmiştir. Çalışmanın ikinci kısmında sığır serum albumini veAβ 1-42 peptidi arasındaki etkileşim farklı çalışma derişimlerinde MALDI-MS ileincelenmiştir. Kapiler elektroforez MALDI deneylerine paralel bir şekildeyürütülmüştür. Şiddet sönümü metodu bağlanmanın derecesini tayin içinuygulanmıştır. Protein A-IgG etkileşimi şiddet sönümü yönteminin protein-proteinetkileşimlerinde uygulanabilirliğini test için çalışılmıştır. Son olarak çok karmaşıkve çok altbirimli bir enzim olan sitokrom C oksidaz enzimi MALDI-MS ve KapilerElektroforez ile incelenmiştir.
Özet (Çeviri)
Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization-Mass spectrometry (MALDI-MS) is avery important and rapidly evolving analytical tool that is used in many differentareas, including biomolecule interaction analysis. The work described herein wasdevised and implemented using MALDI-MS to investigate different types protein-protein interactions. Experimental conditions have been found in which specificnoncovalent interactions in solution are maintained throughout the samplepreparation and ionization process. Noncovalent interaction between Aβ 1-42peptide and Aβ 1-42 peptide is studied. Aβ 1-42 peptide and Aβ 1-40 antibody wasused as negative control to determine the specificity. Aβ 1-42 peptide wasdigested with trypsin and digestion products were incubated with Aβ 1-42 antibodyand Aβ 1-40 antibody respectively. Fibril form of the Aβ 1-40 peptide wasstudied. The effect of TFA and Aβ 1-40 antibody onto disaggregation of Aβ 1-40peptide was followed by capillary electrophoresis (CE) and MALDI-MS. Interactionof bovine serum albumin (BSA) with Aβ 1-42 was investigated with varyingworking concentrations by MALDI-MS and CE. Intensity fading MS was alsoapplied to determine the degree of interaction with varying working concentrations.Protein A-IgG interaction was further studied to show the applicability of intensityfading approach in determination of protein-protein interactions. Finally, a verycomplex and high molecular weight enzyme, cytochrome C oxidase, was studiedby using CE and MALDI-MS to explore the capability of MALDI-MS in complexprotein-protein interactions.
Benzer Tezler
- Investigation of complexes of casein kinase II (CKII) enzyme with polyamines, oncoproteins and oligonucleotides by capillary electrophoresis and MALDI-MS
Kazein kinaz II (CKII) enziminin poliaminler, onkoproteinler ve olligonükleotitlerle yaptığı komplekslerin kapiler elektroforez ve MALDI-MS
ÖMÜR ÇELİKBIÇAK
- İnorganik anyonların kapiler elektroforez yöntemi ile tayininde yüksek tuz etkisinin incelenmesi ve deniz suyunda bromür tayini
The Investigation of high salt effect to the determination of inorganic anions by capillary electrophoresis and determination of bromide ion in sea water
NİLGÜN KOCATÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEDİA ERİM BERKER
- An investigation of the molecular recognition of sugars by chiral host compounds derivated from cyclodextrin and calix (4) arenes by NMR and molecular model calcultions
Siklodextrin ve calix (4) arenlerden türeyen kiral host bileşiklerinin şekerlerle olan moleküler tanınmalarının NMR ve moleküler model hesaplamalarla araştırılması
MİNE ATAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2004
KimyaEge ÜniversitesiOrganik Kimya Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. NECMETTİN PRİNÇÇİOĞLU
Y.DOÇ. YEŞİM GÜL SALMAN
- 5 Cl Pu-Be nötron kaynağı kullanarak aktivasyon analizi ile analizi mümkün olan elementlerin dedeksiyon limitlerinin tespiti
Investigation of the possibility in analysis of elements by activation analysis and determination of detection limits of proposed elements using a 5 Cl Pu-Be neutron source
İSMET ÇELENK
- Farklı sıcaklıklarda elde edilmiş linyit kömürlü piroliz ürünlerinde porozite değişimlerinin incelenmesi
Investigation of the changes in the porosity of pyrolysis products of lignite coals obtained at various temperatures
YAKUP AYCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiGazi ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ALİ RIZA YILMAZ