Studies on the controlling network of S. cerevisiae via expression profiling
Gen anlatım profili ile Saccharomyces cerevısıae'nın kontrol ağı üzerine çalışmalar
- Tez No: 179032
- Danışmanlar: PROF.DR. BETÜL KIRDAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Kimya Mühendisliği, Biotechnology, Chemical Engineering
- Anahtar Kelimeler: Gen amplifikasyonu, Glükoz, Gene amplification, Glucose
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Azot kaynagını eksik miktarlarda içeren F1 kullanılarak kontrollü (sıcaklık, pH, çözünmüs oksijen, karıstırma hızı) kesiksiz fermentasyon kosullarında (kemostat) S. cerevisiae BY4743'nin gen delesyonu tasıyan ho/ho, hap4/hap4, rip1/rip1 ve RIP1/rip1 susları büyütüldü. Ortama amonyum sülfatın darbe (pulse) seklinde eklenerek besin sınırlandırılmasının kaldırılması sonucu glukoz algılama, sinyal iletimi ve glukoz baskılama yolizinde görev alan genlerin gen anlatımındaki degisimler gözlenmistir. Susların büyütülmesi sırasında belirli zaman aralıklarında alınan örneklerde biyokütle, etanol, glukoz, gliserol ve amonyak derisimleri belirlenmistir. Gen anlatımı profilleri incelenen genler CYC8, GRR1, MTH1, RGT1, RGT2, SKP1, SNF3, STD1,TUP1, YCK1, YCK2, ELM1, GLC7,HXK2, MIG1, PAK1, REG1, SNF1, SNF4, TOS3, HAP4 ve MBA1' dır. Amonyum sülfat darbe (pulse) seklinde eklendikten sonra ho/ho, rip1/rip1 ve RIP1/rip1 suslarının hücre üretimlerinde azalma gözlenirken, hap4/hap4 susunda artıs gözlenmistir. ho/ho ve hap4/hap4 susları daha yüksek miktarda hücre üretmistir. En yüksek etanol derisimi, solunum eksikligi gözlenen hap4/hap4 ve rip1/rip1 suslarında belirlenmistir. RIP1 geni silinen suslarda gliserol derisiminde azalma saptanmıstır. MIG1, MBA1, GRR1 ve REG1 genlerinin anlatımı çalısılan bütün suslarda azot eklenmesinden sonra artıs göstermistir. RIP1 geni silinen suslarda, HAP4, MTH1, SKP, RGT1, MBA1 ve YCK1 genlerinin anlatımının baskılandıgı gözlenmistir. RGT1, MBA1 genlerinin anlatımının ve MIG1-HXK2, GRR1-SKP1 ve MIG1-CYC8-TUP1 genlerinin anlatımları arasındaki benzerligin solunum eksikliginden etkilendigi saptanmıstır. hap4/hap4 susunun REG1, GLC7, MIG1 SNF1 ve SNF4 genlerinin anlatımında etkili olmadıgı saptanmıstır. HAP4 geninin azot metabolizmasında etkili bir rol oynadıgı düsünülmektedir. RIP1 geni silinmis suslarda, HAP4 geninin azot metabolizmasındaki etkisinde farklılık belirlenmistir.
Özet (Çeviri)
This study aimed to identify whether the signature of phosphorylation or dephoshorylation of the proteins involved in glucose sensing, signal transduction and glucose repression pathways can be observed at the transcription of the genes encoding those proteins. S. cerevisiae BY4743 strains (ho/ho, hap4/hap4, rip1/rip1 and RIP1/rip1) were cultivated under nitrogen limited condition in order to identify the variations in the expression levels of genes involved in glucose sensing, signal transduction and glucose repression pathways as a response to system level perturbations. Metabolite profiles for glucose, ethanol, ammonia and glycerol were obtained as well as the growth curves. Expression profiles of CYC8, GRR1, MTH1, RGT1, RGT2, SKP1, SNF3, STD1,TUP1, YCK1, YCK2, ELM1, GLC7,HXK2, MIG1, PAK1, REG1, SNF1, SNF4, TOS3, HAP4, MBA1 genes were determined. The cell densities of the ho/ho, rip1/rip1 and RIP1/rip1 mutants decreased whereas growth of hap4/hap4 mutant increased in response to nitrogen pulse. Highest cell density was obtained in ho/ho and hap4/hap4 strains at the second steady state. The ethanol production was higher in respiratory deficient hap4/hap4 and rip1/rip1 mutants. Glycerol production was significantly lower in RIP1 mutations in comparison to the other studied strains. The expression level of MIG1, MBA1, GRR1 and REG1 increased in response to nitrogen pulse in all studied mutants. RIP1 deletion resulted in the repression of HAP4, MTH1, SKP1 RGT1, MBA1 and YCK1 genes. Respiratory deficiency seems to affect the expression of RGT1, MBA1 and may be the reason for the dissimilarity observed between the expression profiles of MIG1-HXK2, GRR1-SKP1 and MIG1-CYC8-TUP1. The deletion of HAP4 does not seem to affect significantly the expression patterns of REG1, GLC7, MIG1, SNF1 and SNF4. HAP4 seems to plays an important role in nitrogen catabolite repression in yeast. Deletion of RIP1 seems to affect the transcriptional response of HAP4 in nitrogen catabolite repression in yeast.
Benzer Tezler
- Marmara Bölgesi'nde soğurulma yapısının incelenmesi
Investigation of attenuation structure in the Marmara region
AYŞE KAŞLILAR ÖZCAN
- İletim hatlarının oluştuduğu elektrik ve magnetik alanların insan sağlığı üzerindeki etkileri
Effects of electric and magnetic fields produced by transmission lines on health
AYŞE TÜTER
Yüksek Lisans
Türkçe
1995
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. NESRİN TARKAN
- EMTP yardımıyla kısa devre akımının dinamik simülasyonu
Başlık çevirisi yok
ALPER ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
1997
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektrik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BELGİN TÜRKAY
- Hücresel nöral ağlar ve uygulamaları
Cellular neural networks and applications
SEVİLAY ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
1991
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiPROF.DR. I. CEM GÖKNAR