Bitkisel patojenlerin polimeraz zincir reaksiyonu (PCR)'a dayalı yöntemlerle genetik tiplendirmesi
Genotyping of plant pathogens by Polymerase chain reation (PCR)-based methods
- Tez No: 178153
- Danışmanlar: DOÇ.DR. FİLİZ GÜREL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Ziraat, Biology, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Fusarium, Pseudomonas syringae, Fusarium, Pseudomonas syringae
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada farklı stratejilere dayalı PCR uygulamaları ile mikroorganizmaların genetik tiplendirmesi amaçlanmıştır. Hedef organizma olarak, ülkemizde ekonomik öneme sahip bitkilerde hastalık yapan bakteri ve mantar türleri kullanılmıştır. Bunlar Pseudomonas syringae'nin fasulye, domates ve zeytinde hastalık yapan üç patovarı ile Fusarium'un buğday ve arpada hastalık yapan Fusarium graminearum ve Fusarium culmorum ırklarıdır. Zeytin ağacında hastalık yapan Pseudomonas syringae pv. savastanoi tümörlü dallardan izole edilmiş, diğer tüm ırklar ise araştırıcılardan sağlanmıştır. Bu türlere ait ırkların genetik tiplendirmesi gerek özel gen dizilerine ve gerekse gen dışı tekrarlı dizilere (REP, ERIC ve BOX) özgü primerler kullanılarak yapıldı. Pseudomonas syringae'nin fasulye, domates ve zeytinde hastalık yapan üç patovarındaki BOX dizilerinin çoğaltımı ile her üç patovarı ayırt edici nitelikte genomik parmak izleri elde edildi. Pseudomonas syringae pv. savastanoi bakterisinin Orhangazi ve Akhisar orijinli izolatlarında çoğaltılan tüm tekrarlı dizilerde yüksek polimorfizm gözlendi. Fusarium'un ülkemiz kökenli ırkları ilk kez bu çalışmada genetik olarak tiplendirildi. Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile bu ırklar arasındaki benzerlik/farklılıkları ortaya koymada yeterli düzeyde genomik parmak izleri elde edildi. Her üç tipteki PCR (REP, ERIC, BOX) verilerinin Jaccard benzerlik indeksine göre değerlendirilmesi sonucu, Fusarium graminearum'un Sakarya orijinli iki ırkı arasında %76; F. graminearum (Sakarya ırkı) ve F. culmorum (Marmara ırkı) arasında ise %27 benzerlik olduğu belirlendi.
Özet (Çeviri)
In this study, genotyping of microorganisms by PCR applications based on different strategies was aimed. Bacteria and fungus species which cause diseases on economically important plants in our country were used as target organisms. These are the pathovars of Pseudomonas syringae which cause disease on bean, tomato and olive; and Fusarium graminearum and Fusarium culmorum strains which are disease agents of both barley and wheat. Pseudomonas syringae pv. savastanoi which cause disease on olive trees was isolated from branches with galls while the other strains were provided from researchers. Genotyping of the strains belong to these species were achieved by using specific primers to genes and primers of extragenic repetitive sequences (REP, ERIC and BOX). Genomic fingerprints which can distinguish each pathovars of Pseudomonas syringae which cause disease on bean, tomato and olive were obtained by amplification of BOX sequences. High polymorphism were observed between the isolates of Pseudomonas syringae pv. savastanoi originated from Orhangazi and Akhisar. Strains of Fusarium which are originated from our country were genotyped for the first time. Sufficient amounts of genomic fingerprints were obtained by polymerase chain reaction (PCR) for revealing the similarity/differences between these strains. As a result of the evaluation of data from each type of PCRs (REP, ERIC and BOX), similarity between two Fusarium graminearum strains originated from Sakarya was 76% while the similarity of F. graminearum (Sakarya strain) and F. culmorum (Marmara strain) was 27 % according to Jaccard similarity index.
Benzer Tezler
- Pseudomonas syringae Pv. tomato ile uyarılan domates (Lycopersıcum esculantum Mill.) fidelerinde savunmayla ilgili bazı moleküler parametrelerin incelenmesi
The investigation of some molecular parameters related to defense in tomato seedlings (Lypersicum esculantum Mill.) infected by Pseudomonas syringae Pv. tomato
HARUN ÖNLÜ
- Vermikest ve vermikest hümik fraksiyonlarının hıyar (C.sativus l.) kök ve gövde çürüklük etmenleri R. solani (kühn) ve F. oxysporum f.sp. cucumerinum üzerindeki baskılama etkisinin belirlenmesi
Determination of suppresive effect of vermicast and its humic substances on root and stem rot of cucumber (C.sativus l.) caused by R.solani (kuhn) and F.oxysporum f.sp. cucumerinum
YURDAGÜL ŞİMŞEK ERŞAHİN
Doktora
Türkçe
2007
ZiraatGaziosmanpaşa ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. YUSUF YANAR
PROF.DR. KORAY HAKTANIR
- Türkiye'de doğal olarak yetişen Betula türlerinin uçucu yağ bileşimleri
Essential oil compositions of Betula species growing naturally in Turkey
BETÜL DEMİRCİ
Doktora
Türkçe
1999
Eczacılık ve FarmakolojiAnadolu ÜniversitesiFarmakognozi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMAL HÜSNÜ CAN BAŞER
- Doğu Akdeniz Bölgesi turunçgillerinde mevcut penicillium digitatum sacc. ve P. italicum wehm. izotlarının fungusitlere karşı direnç durumlarının belirlenmesi ve bu patojenlere karşı çeşitli bitki ekstraktları ve
Determination of fungicide resistance of penicillium digitatum sacc. and P. italicum wehm. isolates from citrus fruits in east mediterranean region and effects of some plant extracts and oils on these pathogens
SERAP TOKER
- Bitkisel yağların seçimli hidrogenasyonunda bazı etkenlerin incelenmesi
Başlık çevirisi yok
ERDOĞAN ALEMDAR
Doktora
Türkçe
1986
Kimya Mühendisliğiİstanbul ÜniversitesiKimyasal Teknolojiler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUALLA TUĞTEPE