A copper-poprhyrin system as nucleic acid intercalator: Kinetic and thermodynamic studies on complex formation and dna interaction
Nükleik asit interkalatörü olarak bakır porfirin sistemi: Kompleks oluşumu ve dna etkileşiminin kinetik ve termodinamik olarak incelenmesi
- Tez No: 178098
- Danışmanlar: PROF. HUNAY EVLİYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Cu(II)-Porfin Kompleksleri, Kompleks oluşumu, DNA, İnterkalasyon, Reaksiyon Mekanizması, Cu(II)-Porphyrin complexes, Complex formation, DNA, Intercalation, Reaction Mechanism
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Bölümü
- Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Sentetik ve doğal nükleik asitlerle porfirinlerin etkileşimleri, bu tür bileşiklerin DNA ile interkalasyon yapabilmelerinin 1979 da bulunmasından bu yana, geniş olarak araştırılmıştır.Porfirinlerin nükleik asitlerle bağlanması ve DNA ile oluşturdukları komplekslerin çeşitli fiziksel yöntemlerle (NMR, denge diyalizi , dairesel dikroizm, viskometri) araştırılmasına rağmen katyonik porfirin sistemlerinin kinetik çalışmaları hala nadir ve oldukça eksiktir. Bu çalışmada 5,10,15,20-TETRAKİS(1-METİL-4-PİRIDİL)-porfirin-bakır(II) sisteminin DNA ile kompleksi incelenmiştir. İlk olarak Cu+2 nin porfirin halkasına bağlanma reaksiyonu spektrofotometrik ve kinetik çalışılmış ve reaksiyon parametreleri elde edilmiştir. Geçerli bağlanma mekanizması, bakırın penatrasyonundan ibaret olan hız belirleyici adımdan önce porfirin halkasının hızlı olarak 2 protonunun kaybedilmesini içerir. DNA ile etkileşimi ile ilgili olarak, spektrofotometrik titrasyonlar , bakır-porfirin kompleksinin DNA baz çiftleri arasına interkalasyonunun gerçekleştiğini gösterir ve denge sabiti ve bağlanma alan ölçüsü değerlerinden de etkileşimi elde edilmiştir.Etkileşimin kinetik çalışmaları T-jump yöntemi ile araştırılmıştır. Elde edilen mekanizmaya göre ilk olarak çok hızlı bir ön interkale kompleks oluşumu gerçekleşir. Sonro bu dışsal kompleks, orta intekale formuna dönüşür ve son olarak , son adımda, son kararlı interkale olan yapı elde edilir.
Özet (Çeviri)
Interactions of synthetic and natural nucleic acids with porphyrins have been intensively investigated since the discovery in 1979 that these compounds are able to intercalate in DNA. The binding of porphyrins to nucleic acids and the structures of the porphyrin-DNA complexes are being investigated using a variety of physical techniques(NMR, equilibrium dialysis, flow dichroism and viscometry). In contrast, kinetic studies on cationic porphyrins systems are still scarce and rather incomplete. The system investigated in this research is 5,10,15,20-TETRAKIS(1-METHYL-4-PYRIDYL)-porphyne copper(II) complex to natural DNA. The mechanism of the binding reaction of Cu2+ to the porphyrin ring was also and first of all investigated by both spectrophotometry and kinetic studies and the reaction parameters are obtained. The mechanism of the prevailing binding step involve fast loss of two protons prior to the rate determining step which consists in the penetration of copper into the porphyrin ring. Concerning interaction with DNA, spectrophotometric titrations indicated intercalation of the copper-porphyrin complex between DNA base pairs do occur and both the value of the equilibrium constant and of the binding site size for such an interaction were obtained. The kinetics of the interaction have been investigated using the T-jump method. According to the observed mechanism a very fast formation of an external pre-intercalated complex occurs first. Then, this external complex converts to an intermediate intercalated form, and finally, through the last step, the final stable formation of the intercalate is achieved.
Benzer Tezler
- Substitue ftalosiyaninler için yeni başlangıç maddelerinin sentezi
Synthesis of new reactants for the substituted phthalociyanines
İSMAİL YILMAZ
- 2,4,6-tris[amino-hekza(hekziltiyo)ftalosiyanin]-s-triazin sentezi ve özelliklerinin incelenmesi
Synthesis and characterization of 2,4,6-tris[amino-hexa(hexylthio)phthalocyanine]-s-triazine
NAZAN OZAN
- Oktakis (taç eter) sübstitüe porfirazinler
Octakis (crown ether) substituted porphyrazines
ÖZGÜL SAĞLAM
