Bazı pamuk (Gossypium spp.) çeşitlerinin mikrosatelit DNA parmak izlerinin belirlenmesi
Determining of microsattelite DNA fingerprinting of some cotton (Gossypium spp.) varieties
- Tez No: 169798
- Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. MEHMET KARACA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Pamuk (Gossypium spp.), genetik benzerlik, genetik farklılık, BTSP, moleküler markır, morfolojik markır, Cotton (Gossypium spp.), genetic similarity, genetic distance, SSRLP, molecular marker
- Yıl: 2005
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET BAZI PAMUK (GOSSYPIUM SPP.) ÇEŞİTLERİNİN MİKROSATELİT DNA PARMAK İZLERİNİN BELİRLENMESİ Ayla ERKILINÇ Yüksek Lisans Tezi, Tarla Bitkileri Anabilim Dalı Danışman: Yrd. Doç. Dr. Mehmet KARACA Mayıs 2005, 80 sayfa Bu çalışmada Türkiye'de yetiştiriciliği yapılan 36 pamuk çeşidi içerisinde ve arasındaki genetik ilişkilerin, morfolojik-agronomik ve Basit Tekrar Sekansları Polimorfizm (BSTP) DNA markır sistemleriyle belirlenmesi amaçlanmıştır. Çalışmalar Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü deneme alanlarında ve Akdeniz Üniversitesi Ziraat Fakültesi Laboratuvarlarında 2002-2003 yılları arasında yürütülmüştür. Pamuk çeşitleri arasında ve her bir çeşit içerisindeki genetik karışımı belirlemek için 17 morfolojik ve agronomik özellik ölçülmüş ve değerlendirilmiştir. Morfolojik ve agronomik özelliklere ait bilgiler bitkilerin değişik gelişme dönemlerinde elde edildikten sonra Duncan grup testi ile değerlendirilmiştir. Moleküler çalışmalar için en uygun DNA ekstraksiyon metodu ve Basit Tekrar Sekansları Polimorfizmi-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (BTSP-PZR) parametreleri saptanmıştır. DNA ekstraksiyonu için CTAB yöntemi modifiye edilmiş ve BTSP-PZR analizleri için konsantrasyonlar optimum 80 ng genomik DNA, 2.5 mM MgCl2, 0.2 mM deoksiribonükleotidtrifosfatlar (dNTP), 0.4 uM primer çifti, 10 mM Tris-HCl (pH 8.3), 50 mM KCI, 0.096% Nonident P40 ve 1 ünite Taq (Thermus aquaticus) DNA polimeraz (20 mM Tris-HCI, pH 8.0, 100 mM KCI, 0.1 mM EDTA pH 8.0, %0.5 Tween 20, %50 gliserol ve %0.5 Igepal CA-630 içeren saklama solüsyonundan) olarak belirlenmiştir. Çalışılan pamuk çeşitlerinin bazılarının saf olmadığı morfolojik gözlemlerle belirlenmiştir. Karışımı minumuma indirmek amacıyla morfolojik olarak benzerlikgösteren çeşitler içerisindeki bireylerden elde edilen genomik DNA'lara ait BTSP-PZR bantlarının varlığı veya yokluğuna göre aileler belirlenmiş ve Neighbor Joining (NJ) metodu yardımıyla PAUP*4.0 programı kullanılarak çeşitler arasındaki genetik ilişkiler saptanmıştır. Sonuç olarak bu çalışmada BTSP tekniği ve morfolojik-agronomik özelliklerin değerlendirilmesi sonuçlarına dayanılarak Türk pamuk çeşitlerinin genetik temellerinin oldukça dar olduğu, bazı çeşitlerde fiziksel ve genetik karışımın bulunduğu anlaşılmıştır. Çalışmada kullanılan Türk pamuk çeşitlerinin daha kapsamlı bir şekilde değerlendirilmesi için daha fazla sayıda BTSP primer çiftleriyle çalışmaların yapılmasına gereksinim olduğu saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT DETERMINING OF MICROSATTELITE DNA FINGERPRINTING OF SOME COTTON (GOSSYPIUMSFV.) VARIETIES AylaERKILINÇ M. Sc. Thesis, Department of Field Crops Advisor: Asst. Prof. Dr. Mehmet KARACA May 2005, 80 pages The objective of this study was to determine the genetic relationships within and between 36 cotton varieties growing in Turkey using morphological-agronomical traits and Simple Sequence Repeat Lenght Polymorphism (SSRLP) DNA molecular marker system. Experiments were carried out in the fields of West Akdeniz Agricultural Research Institute and Laboratories of Faculty of Agriculture, Akdeniz University during the growing seasons of 2002 and 2003. In order to determine the genetic mixture within and between cotton varieties 17 morphological and agronomical traits were measured and evaluated. Data for morphological and agronomical traits were obtained from different growth and development stages of the plants and analyzed using Duncan test. The most suitable DNA extraction method and SSRLP-PCR parameters were optimized for molecular studies. A CTAB method was modified for DNA extraction and 80 ng genomic DNA, 2.5 mM MgCİ2, 0.2 mM deoxribonucleotidetriphosphates (dNTPs), 0.4 uM primer pair, 10 mM Tris-HCl (pH 8.3), 50 mM KCI, 0.096% Nonident P40 (w/v) and 1 unit Thermus aquaticus DNA polymerase (buffer containing 20 mM Tris-HCI, pH 8.0, 100 mM KCI, 0.1 mM EDTA pH 8.0, 0.5% Tween 200, 50% glycerol and 0.5% Igepal CA- 630) were optimized for SSRLP-PCRs. In this study, analyses showed that some of the cotton varieties were not pure based on seventeen morphological and agronomical observations. In order to minimize mthe effect of genetic mixture, DNA samples collected from those individual plants with similar morphological and agronomical traits were used in SSRLP-PCRs. Amplified products were scored based on the presence or absence of the amplicon and alleles were identified. The genetic relationships among 36 cotton varieties were estimated based on Neighbor Joining (NJ) method using PAUP*4.0 program. In conclusion, based on the morphological and agronomical traits observations and SSRLPs results, this study indicated that Turkish cotton varieties have very narrow genetic base and there were by existence of physical or genetic mixture in some varieties. Further studies are required using more SSRLP primer pairs in order to contribute valuable information about the genetic status of the Turkish cotton varieties.
Benzer Tezler
- Bazı pamuk zararlılarının pamuk çeşidi ve ilaçlama sayısına bağlı olarak populasyon gelişmesinin araştırılması
A Research on population development of some cotton pests in relation to various cotton varieties and number of insecticide applications
KADRİYE ÜLGEN
Yüksek Lisans
Türkçe
1994
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. HÜSEYİN GÖÇMEN
- Bazı pamuk (Gossypium hirsutum L. ) çeşitlerinde değişik koza olgunluğu dönemlerinde yapılan defoliant uygulamalarının etkileri üzerine araştırmalar
Researches on effects of defoliation application at different boll opening stages of some cotton (Gossypium hirsutum L. ) varieties
MELTEM KUPAL
- Bazı pamuk (Gossypium hirsutum L.) çeşitlerinin melezlenmesi ile oluşturulan F1 populasyonlarında melez azmanlığının belirlenmesi
Determination of heterosis in F1 hybrid populations among crosses of some cotton (Gossypium hirsutum L.) cultivars
METİN DURMUŞ ÇETİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
ZiraatAkdeniz ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. BÜLENT SAMANCI
- Bazı pamuk (Gossypium hirsutum L.) çeşitlerinde büyüme parametreleri ve hasat devrelerine göre lif özelliklerin saptanması
Determination of fiber characteristics for different harvesting dates and plant growth parameters in some cotton (Gossypium hirsutum L.) varieties
İBRAHİM HALİL BİRGÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
ZiraatHarran ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. OSMAN ÇOPUR
- Bazı pamuk çeşitlerinde genetik farklılığın RAPD tekniği ile belirlenmesi
Determination of genetic diversity among some cotton cultivars using the RAPD technique
YONCA SURGUN