shRNA ile HBV replikasyonunun in vitro olarak baskılanması
İnhibition of hepatitis B virus replication by shRNAs: A new strategy in HBV treatment
- Tez No: 163987
- Danışmanlar: PROF. DR. MİTHAT BOZDAYI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Gastroenteroloji, Gastroenterology
- Anahtar Kelimeler: RNAi, siRNA, shRNA, HBV, HepG2.2.15 hücre hattı. 77, RNAi, siRNA, shRNA, HBV, HepG2.2.15 cell line. 78
- Yıl: 2005
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Hematoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
RNAi (RNA interference: RNA çatışması) kısaca sekans spesifik mRNA degradasyonu olarak tanımlanabilir. RNAi işlemi siRNA'larla (small interfering RNA: küçük engelleyici RNA molekülleri) başlar ve aktif bir gen transkriptinin (mRNA) susturulması (gene silencing) ile sonuçlanır. Bu moleküller çok spesifik olduklarından hedef mRNA dışında başka mRNA'ları yıkıma uğratmazlar. RNAi teknolojisi sadece virüslere ve diğer hastalıklara karşı potansiyel bir tedavi aracı olarak değil aynı zamanda genlerin fonksiyonunu anlamada da yeni ve güçlü bir araçtır. Bu çalışmanın amacı RNAi mekanizmasını HBV'ye karşı kullanmak yoluyla HBV replikasyonunun in-vitro ortamda baskılanmasıdır. MATERYAL VE YÖNTEM: HBV mRNA sekanslarına spesifik, 21 nükleotid uzunluğunda, X, kor ve yüzey genlerini hedef alan üç siRNA tasarlandı. Bu siRNA'lar shRNA (“small hairpin RNA”) ekspresyonu sağlamak için klonlandı. İlk olarak siRNA'ların pENTR/U6 vektörüne ligasyonu yapıldı. Elde edilen bu vektör kompetent E. Coli'ye transforme edildi. Klonlama sekans analizi ile onaylandı. shRNA'ların HBV üzerindeki etkisini görmek için stabil HBV ekspresyonu ve replikasyonunun yapıldığı insan hepatoma hücre hattı HepG.2.2.15 kullanıldı. Transfeksiyon katyonik lipozomlarla gerçekleştirildi. Transfekte edilen shRNA'ların HBV replikasyon düzeyine etkisi kantitatif“real-time PCR”yöntemi ile değerlendirildi. BULGULAR: Viral DNA düzeyine 2., 3., 4., 5., 6. ve 7. günlerde bakıldı. Bunun sonucunda viral DNA replikasyonunun 6 gün boyunca baskılandığı görüldü. HBV DNA düzeyi, yüzey bölgesini hedef alan plazmidle 81%, kor bölgesini hedef alan plazmidle 76% ve X bölgesini hedef alan plazmidle 75 % baskılandı. SONUÇ: Bu çalışma ile HBV replikasyonun shRNA'lar kullanılarak baskılanabildiği gösterilmiştir. Bu baskılama RNAi'nin HBV'ye karşı potansiyel bir tedavi aracı olarak kullanılabileceğini düşündürmektedir.
Özet (Çeviri)
RNA interference (RNAi) can be defined as sequence- spesific mRNA degradation. RNAi mechanism is initiated by small interfering RNA (siRNA) and results in silencing of an active gene transcript. siRNAs are spesific for only target mRNAs. So no mRNA other than target one can be degraded with RNAi mechanism. Our purpose in this study is to investigate effects of shRNAs targeting three different sites of hepatitis B virus mRNAs on the viral replication in HepG2.2.15cells. MATERIAL- METHOD: Three HBV-specific siRNAs were designed targeting X (1686- 1705), Core (2228- 2247) and S (765-784 nt.) transcripts. These siRNAs were cloned to PENTRY/U6 vector for expression of shRNAs (small hairpin RNAs). HepG2.2.15, a stable HBV producing cell line, was used to see the effects of shRNAs on HBV. The cells were transfected with shRNA expressing plasmids (P765, P2228 and P1686 targeting X, core and S region respectively) or a mock plasmid targeting lacZ gene. Transfection efficiency was determined by using green flourescent protein expressing plasmid. After transfection viral DNA levels were detected. RESULTS: The culture media was collected in the days 2, 3, 4, 5, 6, 7 posttransfection and analyzed by Real-time PCR. Viral DNA production suppressed for 7 days. The HBV DNA levels were decreased by 81 %, 76 %, 75 % with P765, P2228 and P1686 vectors respectively. Whereas viral DNA level was increased with mock plasmid (PlacZ). DISCUSSION: In conclusion, the siRNAs designed for X, core and S regions, spesifically and significantly suppressed HBV DNA. Our results support the potential use of this treatment strategy in hepatitis B.
Benzer Tezler
- TAF7 ekspresyonunun sirna ile baskılanması sonrasında apoptotik süreçteki değişikliklerin araştırılması
Study of the apoptotic process and the effects induced by TAF7 gene expression silencing using sirna
DİLEK GÖKTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. ZEYNEP SERCAN
- Molecular mechanism of aven in taxane induced apoptosis in er (+/-) breat cancer cell lines; MCF-7 and MDA-MB-231 cells
Östrojen reseptör negatif MCF-7 ile östrojen reseptör pozitif MDA-MB-231 hücrelerinde taxane tarafından indüklenen apoptotik sinyal ileti yolaklarına aven proteinin etkisi
AYŞEGÜL VERİM
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
BiyolojiSabancı ÜniversitesiMatematik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜVEYDA BAŞAĞA
- Preparation and characterization of biochemically modified polymeric carriers for cancer therapy
Kanser tedavisinde kullanılmak üzere biyokimyasal olarak modifiye edilmiş polimerik taşıyıcıların hazırlanması ve karakterizasyonu
EYLEM ÖZTÜRK
Doktora
İngilizce
2007
BiyokimyaHacettepe ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİR BAKİ DENKBAŞ
PROF. DR. GABRİEL LOPEZ BERESTEİN
- Ortaöğretim geometri dersinin öğretiminde karşılaşılan sorunlar
Başlık çevirisi yok
ALPARSLAN KİBAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2002
Eğitim ve ÖğretimDokuz Eylül ÜniversitesiMatematik Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞUUR NİZAMOĞLU
- Boğaziçi kıyı alanlarının rekresyonel açıdan değerlendirilmesi
The recreational evaluation of the bosphorus's waterfronts
SERNA İNAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Şehircilik ve Bölge Planlamaİstanbul Teknik ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HANDAN DÜLGER TÜRKOĞLU