Geri Dön

A mathematical modeling and approximation of gene expression patterns by linear and quadratic regulatory relations and analysis of gene networks

Gene motiflerinin doğrusal ve ikinci derece düzenleyici ilişkilerle matematiksel modellenmesi ve motiflere yaklaşılması ve genlerin oluşturduğu ağ yapılarının analizi

  1. Tez No: 153120
  2. Yazar: FATMA BİLGE YILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. GERHARD-WİLHELM WEBER
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Matematik, Mathematics
  6. Anahtar Kelimeler: Gen Motifleri, Gen Düzenlemesi, Gen Ağ Yapıları, Mate matiksel Modelleme, Çıkarım, Optimizasyon, Dinamik Sistemler, Gene Expression, Gene Regulation, Mathematical Modeling, Gene Net work, Inference, Optimization, Dynamical Systems. IV
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

oz gene motiflerinin doğrusal ve ikinci derece düzenleyici ilişkilerle matematiksel modellenmesı ve motiflere yaklaşılması ve genlerin oluşturduğu ağ yapılarının analizi Fatma Bilge Yılmaz Yüksek Lisans, Bilimsel Hesaplama Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. Gerhard- Wilhelm Weber Ağustos 2004, 86 sayfa Bu tez esas olarak, gen motiflerini baz alarak, gen düzenleyici dinamiğinin mo- dellenmesi, sistemi belirleyen denklemlere yaklaşılması ve onun hakkında çıkarımda bulunulması hakkındadır. Gen motiflerinin dinamik davranışları olağan differen- siyel denklemlerle gösterilir. Sistemi çözülebilir tutmak için, bazı doğrusal olmayan alanlara sahip gen etkileşim matrisleri kullanılır, bu alanlar özel olarak gen seviyeler ine bağımlı ikinci derece polinomlardır. Model parametrelerini optimizasyon kulla narak buluruz. Daha sonra, kesintisiz zamanda evrilen modelimiz için kesintili za manda evrilen bir yaklaşım sağlarız. Kesintili zamanda evrilen modelimizi kararlılık yönünü göz önüne alarak inceleriz. Son olarak, önceden gehştirilmiş modellerle gen düzenleyici ağlarını elde eder, bu ağların nitel özelliklerini tartışır ve doğrusal ol mayan bağlantıları olan gen ağlarının incelenmesine esas bilgiler veririz.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT A MATHEMATICAL MODELING AND APPROXIMATION OF GENE EXPRESSION PATTERNS BY LINEAR AND QUADRATIC REGULATORY RELATIONS AND ANALYSIS OF GENE NETWORKS Fatma Bilge Yılmaz M.Sc, Department of Scientific Computing Supervisor: Prof. Dr. Gerhard- Wilhelm Weber August 2004, 86 pages This thesis mainly concerns modeling, approximation and inference of gene regu latory dynamics on the basis of gene expression patterns. The dynamical behavior of gene expressions is represented by a system of ordinary differential equations. We introduce a gene-interaction matrix with some nonlinear entries, in particular, quadratic polynomials of the expression levels to keep the system solvable. The model parameters are determined by using optimization. Then, we provide the time-discrete approximation of our time-continuous model. We analyze the approx imating model under the aspect of stability. Finally, from the considered models we derive gene regulatory networks, discuss their qualitative features of the networks and provide a basis for analyzing networks with nonlinear connections.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    39861

    Grup kararları

    Group decision making

    ÖZCAN ATAÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1993

    Endüstri ve Endüstri Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    DOÇ.DR. FÜSUN ÜLENGİN

  2. Tez No

    176955

    Modelling functional dynamical systems by piecewise linear systems with delay

    Fonksiyonel dinamik sistemlerin gecikmeli parçalı doğrusal sistemler ile modellenmesi

    MUSTAFA KAHRAMAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    MatematikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilimsel Hesaplama Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. MARAT AKHMET

    YRD. DOÇ. DR. HAKAN ÖKTEM

  3. Tez No

    66646

    Geometrik modelleme ve sentetik eğrilerin analizi

    Geometric modelling and synthetic curves

    ENGİN ÇİFTÇİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1997

    Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TEOMAN KURTAY

  4. Tez No

    75332

    Online processing identification of a heating system

    Başlık çevirisi yok

    KAZIM DURMUŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1998

    Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DURSUN ALİ ŞAŞMAZ

  5. Tez No

    109528

    Erbiyum-katkılı tek-modlu fiberlerde optik kuvvetlendirme olayının incelenmesi

    Investigation of the optical amplification in erbium-doped single-mode fibers

    CÜNEYT BERKDEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Fizik ve Fizik MühendisliğiErciyes Üniversitesi

    Fizik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEDAT ÖZSOY

Geri Dön