Geri Dön

Structure-function relationships of RNA polymereases based on elastic network model

Elastik ağ yapı modeli esas alınarak RNA polimeraz enzimlerinin yapı-işlev ilişkilendirilmesi

  1. Tez No: 152450
  2. Yazar: ZELİHA YEŞİM YILDIRIM
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. PEMRA DORUKER TURGUT
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya Mühendisliği, Chemical Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2004
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

ÖZET ELASTİK AĞYAPI MODELİ ESAS ALINARAK RNA POLİMERAZ ENZİMLERİNİN YAPI- İŞLEV İLİŞKİLENDİRİLMELERİ Ribonükleik asit polimerazlar (RNAP), gen yazılımı sırasında deoksiribonükleik asit (DNA) kalıbından ribonükleik asit (RNA) sentezini katalizleyen enzimlerdir. RNAP 'ler 3000 veya daha fazla rezidü içeren büyük kuaterner yapılı proteinler olduğundan, bu büyük moleküllerin doğal hallerindeki dinamiklerini araştırmak için bir kaba ölçekli normal mod analizi olan anizotropik ağyapı modeli (ANM) kullanılır. ANM'den elde edilen teorik sıcaklık faktörleri serbest ve kompleks hallerdeki maya ve bakteri RNAP yapıları için deneysel olarak elde edilmiş değerler ile yakın uyum içerisindedir. Özellikle, bakteri holoenzimi için deneysel değerleri bulunamayan sıcaklık faktörleri ANM ile tahmin edilmiştir. Deneylerden de tahmin edildiği gibi hem bakteri hem de maya RNAP'lerinde kıskacın hareketliliğinden doğan yarıktaki açılma kapanma hareketi biyolojik fonksiyonla ilgili olan yavaş modlarda gözlenmektedir. Ayrıca, az hareketli ve kinetik olarak en hareketli bölgeler enzimin aktif bölgesi etrafında benzer yerlerde bulunmaktadırlar. Maya RNAP' sinin DNA ile oluşturduğu uzama kompleksinde daha az hareketlilik gözlenmesine rağmen yavaş modlarda benzer kıskaç hareketi hala mevcuttur. Bundan farklı olarak, bakteri holoenziminde a alt ünitesi ile geniş etkileşimden dolayı kıskacın hareketi yüksek oranda engellenmiştir. Bununla birlikte, maya RNAP 'sinin en yavaş modundan elde edilen dinamik yapılar kıskaç haraketini aktive eden anahtar hücreleri ile yakın olarak örtüşmektedirler.

Özet (Çeviri)

IV ABSTRACT STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIPS OF RNA POLYMERASES BASED ON ELASTIC NETWORK MODEL Ribonucleic acid polymerases (RNAP) are the enzymes that catalyze ribonucleic acid (RNA) synthesis from deoxyribonucleic acid (DNA) template during gene transcription. Since RNAPs are large quaternary proteins with 3000 residues or more, the anisotropic network model (ANM), a coarse-grained normal mode analysis, is used to study the dynamics of these supramolecules around the native state. The theoretical temperature factors obtained from ANM are in close conformity with the experimental values for yeast and bacterial RNAP structures in free and complex forms. Specifically, the temperature factors that are unavailable for the bacterial holoenzyme are predicted by ANM. In the slow modes that are related to biological function, both bacterial and yeast RNAPs display an opening/closing motion of the cleft due to mobility of clamp that is also predicted by experiments. Moreover, the hinge and kinetically hot residues are located in similar regions around the active site. Even though lower fluctuations are observed in the elongation complex of yeast RNAP, similar clamp motion still exists in slow modes. In contrast, in the bacterial holoenzyme, the clamp motion is highly immobilized due to extensive interactions with the o subunit. Moreover, the dynamic domains obtained from the slowest mode of yeast RNAP closely match the switch regions activating clamp motion.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    179046

    Structure-function relationships of type II restriction endonucleases

    Tip II restriksiyon endonükleazlarının yapı-işlev ilişkileri

    ARZU UYAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Bölümü

    PROF. DR. PEMRA DORUKER TURGUT

  2. Tez No

    151320

    Computational modeling of bio-fluid mechanics of white blood cells

    Beyaz kan hücrelerinin bio-akışkan mekaniğinin sayısal modellenmesi

    MURAT BAHADIR SOYDAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    Makine MühendisliğiKoç Üniversitesi

    Makine Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. METİN MURADOĞLU

  3. Tez No

    149601

    Escherichia coli sialiltransferaz geninin klonlaması, ekspresyonu ve yapı-işlev ilişkileri

    Cloning, expression and structure-function relationship in sialyltransferase gene of escherichia coli

    YOSUN MATER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    BiyolojiEge Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SABİRE KARAÇALI

    PROF. DR. FÜSUN GÜMÜŞEL

  4. Tez No

    178704

    Biophysical and functional characterization of wheat metallothionein at molecular level

    Moleküler düzeyde buğday metallothionein'nin biyofiziksel ve fonksiyonel karakterizasyonu

    FİLİZ YEŞİLIRMAK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    BiyofizikSabancı Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HİKMET BUDAK

    PROF. DR. ZEHRA SAYERS GÖKHAN

  5. Tez No

    156910

    Heksozaminidaz enzimi alfa-altbirim genindeki 12 bazçiftlik delesyon mutasyonunun heksozaminidaz enzimi beta-altbirim geninde in vitro mutagenez ile oluşturulması ve proteine etkilerinin araştırılması

    Reproducing the 12 bp deletion mutation of alpha-subunit gene of hexosaminidase into the beta-subunit gene of hexosaminidase by in vitro mutagenesis and analysing its effects on protein

    İNCİLAY SİNİCİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    BiyokimyaHacettepe Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ASUMAN ÖZKARA

Geri Dön