Ribociclibin serviks kanseri hücre kültüründe BTG (B hücresi translokasyon geni) 1 gen üzerindeki transkriptom analizi
Transcriptome analysis of riboclibin on BTG1 gene in cervical cancer cell culture
- Tez No: 1021296
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AHMET BİLGİ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Kadın Hastalıkları ve Doğum, Obstetrics and Gynecology
- Anahtar Kelimeler: Hela, ribosiklib, serviks kanseri, transkriptom analizi, cervical cancer, Hela, ribociclib, transcriptome analysis
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmanın amacı Ribociclibin serviks kanseri hücre kültüründe B hücresi translokasyon geni (BTG) 1 gen üzerinde transkriptom analizi yaparak ribociclibin etki mekanizmasını araştırmaktır. Serviks kanseri tedavi ve prognozuna yönelik yeni moleküler hedeflerin aydınlatılması amacıyla ribociclib uygulanan (deney) ve uygulanmayan (kontrol) HeLa hücre hatlarından seçilen üçer replikat toplam altı numune üzerinden RNA izolasyonu sonrası transkriptom analizi yapıldı. Normalizasyon sonrasında, gruplar arası diferansiyel gen ekspresyonu (DGE) belirlemek için edgeR R paketi ve Quasi-Likelihood modeli kullanıldı. Gen ontoloji analizinde TopGO paketi ve Kolmogorov-Smirnov (KS) istatistiksel testi kullanıldı. Yolak analizlerinde cluster Profiler paketi kullanıldı. Grup içi ve gruplar arası istatistiksel karşılaştırma çalışmalarının düzenlenmesi, veri görselleştirme uygulamaları ve rapor oluşturulmasında R betikleri kullanıldı. Çalışma kapsamında 2 farklı grup içinde 3'er replikat ile toplam 6 farklı numunenin RNA dizilemesi gerçekleştirildi. Normalizasyon ve filtreleme sonrası elde edilen Reads per Kilobase (RPK) ve Transcripts per Million (TPM) değerlerinin dağılımları benzerdi. Her iki grupta da genlerin büyük çoğunluğu düşük ifade düzeyinde yoğunlaştı ve az sayıda genin ise yüksek ifade düzeyinde olduğu gözlendi. DGE analizi sonrasında kontrol ile deney grubu karşılaştırıldığında, False Discovery Rate (FDR) düzeyinde istatistiksel olarak anlamlı farklılık gösteren genlerden 1434 gende anlamlı ekspresyon artışı, 1273 gende ise anlamlı ekspresyon azalışı tespit edildi (p<0.05). En düşük FDR değerine sahip ilk 15 genden transkriptom analizinde IGFBP3, NDRG1, ATP1B3, MT-CYB, BNIP3P1, CD83 ekspresyonunda anlamlı bir azalma ve PIM3, CCN1, HERPUD1, EIF1, ID1, ASNS, HMGB2, MSMO1, ID1 ekspresyonunun ise artış gözlendi. İki grubun karşılaştırılmasında farklı gen ekspresyonlarının volkan grafiğinde tüm genlerin logFC ve FDR değerlerine göre istatistiksel olarak anlamlı (FDR<0.05) farklılık gösteren genlerden IGFBP3, BNIP3P1, MT-CYB, NDRG1, ATP1B3 yer almaktadır. En düşük FDR değerine sahip ATP1B3, IGFBP3, NDRG1 genlerinde ribociclib uygulaması sonrasında kontrol hücre grubu ile kıyaslandığında anlamlı olarak azalma gözlendi. Moleküler fonksiyon, hücresel komponent ve biyolojik proçese ait genlerde anlamlı değişim gözlendi. Yolak Analizi ekspresyon analizinde anlamlı değişkenlik gösteren genlerin (FDR<0.05) 1434 adet anlamlı artış gösteren genin 22 adet yolak içinde anlamlı olarak kümelendiği, 1273 adet anlamlı düşüş gösteren genin 15 adet yolak içinde anlamlı olarak kümelendiği tespit edildi. Sonuç olarak Hela hücre kültüründe Ribociclib tedavisinin hem hücre döngüsünü baskıladığı hem de hücrede büyük ölçüde transkriptomik değişikliklere yol açarak gen düzenleme mekanizmalarını, hücresel metabolizmayı, protein sentezi, ekzozomları etkilediği ve de metabolizmayı yeniden programlamayı tetiklediği gösterildi. Serviks kanseri tedavisinde metabolik ve immünmodülator ajanlar gibi tedavi seçenekleri ile daha etkili ve kalıcı yanıtlar elde edilebilir.
Özet (Çeviri)
The aim of this study was to investigate the mechanism of action of ribociclib on the B cell translocation gene (BTG) 1 gene in cervical cancer cell culture by transcriptome analysis. To identify new molecular targets for cervical cancer treatment and prognosis, transcriptome analysis was performed after RNA isolation on six samples, three replicates each, from HeLa cell lines treated with ribociclib (experimental) and those not treated with ribociclib (control). After normalization, the edgeR R package and the Quasi-Likelihood model were used to determine differential gene expression (DGE) between groups. The TopGO package and the Kolmogorov-Smirnov (KS) statistical test were used for gene ontology analysis. The cluster Profiler package was used for pathway analysis. R scripts were used for statistical comparisons within and between groups, data visualization applications, and report generation. Within the scope of the study, RNA sequencing was performed on a total of six different samples, with three replicates in each group. The distributions of Reads per Kilobase (RPK) and Transcripts per Million (TPM) values obtained after normalization and filtering were similar. In both groups, the majority of genes were concentrated at low expression levels, and a small number of genes were observed at high expression levels. Following DGE analysis, when comparing the control and experimental groups, among the genes with statistically significant differences in the False Discovery Rate (FDR), 1434 genes showed significant increases in expression and 1273 genes showed significant decreases in expression (p<0.05). In the transcriptome analysis of the top 15 genes with the lowest FDR values, a significant decrease in the expression of IGFBP3, NDRG1, ATP1B3, MT-CYB, BNIP3P1, and CD83 was observed, while an increase in the expression of PIM3, CCN1, HERPUD1, EIF1, ID1, ASNS, HMGB2, MSMO1, and ID1 was observed. In the volcano plot of the different gene expressions in the comparison of the two groups, IGFBP3, BNIP3P1, MT-CYB, NDRG1, and ATP1B3 were among the genes with statistically significant differences (FDR<0.05) according to logFC and FDR values of all genes. A significant decrease was observed in the ATP1B3, IGFBP3, and NDRG1 genes with the lowest FDR values after ribociclib treatment compared to the control cell group. Significant changes were observed in genes related to molecular function, cellular components, and biological processes. In the expression analysis of genes showing significant changes (FDR<0.05), it was determined that 1434 genes showing significant increases were significantly clustered in 22 pathways, and 1273 genes showing significant decreases were significantly clustered in 15 pathways. Conclusion in Ribociclib treatment in Hela cell culture has been shown to both suppress the cell cycle and induce significant transcriptomic changes in the cell, affecting gene regulation mechanisms, cellular metabolism, protein synthesis, exosomes, and triggering metabolic reprogramming. More effective and durable responses can be achieved with treatment options such as metabolic and immunomodulatory agents in the treatment of cervical cancer.
Benzer Tezler
- Palbosiklib ve Ribosiklib'in hormon reseptörü pozitif meme kanseri hücre hatlarında moleküler etkinlik ve hücre içi yolaklar açısından karşılaştırılması
Comparison of Palbosiklib and Ribosiklib in terms of molecular activity and intracellular pathways in hormone receptor positive breast cancer cell lines
AHMET ANIL ÖZLÜK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
OnkolojiEge Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞAZİYE BURÇAK KARACA
- Analysis of differential interactome in colorectal adenocarcinoma to identify candidate biomarkers and therapeutics
Aday biyobelirteçleri ve potansiyel terapötikleri belirlemek için kolorektal adenokarsinomda diferansiyel interaktom analizi
HANDE BEKLEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
DR. ÖĞR. ÜYESİ BESTE TURANLI
- CDK4/6 inhibitörlerinin 50 yaş altı ve üstü meme kanseri hastalarında kullanıma bağlı yaşam kalitesi değişimi ve bununla ilişkili faktörlerin belirlenmesi
Determination of quality of life changes and related factors related to the use of CDK 4/6 inhibitors in breast cancer patients under 50 years of age and over
BERRU ÇELİKKOL
- Abemasiklib'in akciğer kanseri hücreleri üzerine terapötik etkinliğinde endoplazmik retikulum stres rolünün araştırılması
Başlık çevirisi yok
AYŞE GÜNAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Moleküler Tıpİstanbul Kültür ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AJDA ÇOKER GÜRKAN
- Kurkuminin CDK4/6 inhibitörlerinden palbociclib ve ribociclib ile kombinasyonunun meme kanseri hücrelerindeki etkilerinin karşılaştırılmalı analizi
Comparative analysis of curcumin in combination with CDK4/6 inhibitors, palbociclib and ribociclib on breast cancer cells
MUSTAFA BURAK DABAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyolojiManisa Celal Bayar ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HARİKA ATMACA İLHAN