Identification of minimal sequences in the influenza viruses
İnfluenza virüsündeki kalıcı minimal dizilerin tanımlanması
- Tez No: 1021269
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ATHANASIA PAVLOPOULOU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Biology, Infectious Diseases and Clinical Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyotıp ve Sağlık Teknolojileri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İnfluenza, RNA virüslerinin neden olduğu bulaşıcı bir hastalıktır. Hayvanları ve insanları etkileyen A tipi, yalnızca insanları etkileyen B tipi, nadiren insanları ve domuzları etkileyen C tipi ve sığırları etkileyen D tipi olmak üzere farklı suşlar, çeşitli alt tipleri içermektedir. Hem insanları hem de hayvanları enfekte edebilen influenza A suşu, pandemilere yol açabilmesi nedeniyle en bulaşıcı tip olarak kabul edilmektedir. Farklı influenza virüsü alt tiplerinin doğru bir şekilde sınıflandırılmasına, enfeksiyon mekanizmalarının aydınlatılmasına ve hızlı ve doğru tanı yöntemlerinin geliştirilmesine yönelik artan bir ihtiyaç bulunmaktadır. Özellikle son yıllarda, patojen genomlarında bulunan ancak insan genomunda tamamen bulunmayan oligomerik dizilerin (“kelimelerin”), virüs sınıflandırması ve hızlı tespit için güçlü biyobelirteçler sağlayabileceği öne sürülmüştür. Bu bağlamda, çalışmamızda influenza A virüsünün hemaglutinin (HA) genleri üzerinde güncellenmiş filogenetik analizler gerçekleştirilmiş ve özellikle H1N1 ve H5N1 alt tipleri üzerine odaklanılmıştır. Bunun yanı sıra, influenza A virüsü genomlarında tutarlı şekilde bulunan ve insan genomunda tamamen bulunmayan minimum uzunluktaki oligomerik dizilerin belirlenmesi amacıyla çeşitli in silico yöntemler uygulanmıştır. Elde edilen bu dizilerin, influenza A virüsüne özgü minimal imzalar olarak değerlendirilmesi ve diğer influenza virüslerinden ayırt edilmesinde kullanılması mümkündür. Ayrıca bu tür özgül diziler, gelecekte geliştirilecek hızlı tanı kitleri ve moleküler teşhis yöntemleri için potansiyel hedefler olarak değerlendirilebilir.
Özet (Çeviri)
Influenza is a contagious disease that is caused by RNA viruses. There are four main types of influenza viruses: Influenza A virus, which infects animals and humans; Influenza B virus, which infects only humans; Influenza C virus, which infects humans and pigs rarely; and Influenza D virus, which infects cattle. Influenza A virus can infect both humans and animals; it is considered the most contagious type and can lead to pandemics. There is an increased need for accurate classification of influenza virus subtypes, a better understanding of infection mechanisms, and the development of rapid and accurate diagnostic methods. Especially in recent years, oligomeric sequences (“words”) present in pathogen genomes but absent from human genomes have been suggested as robust biomarkers for virus classification and rapid diagnosis. In this context, this study performed updated phylogenetic analyses of the hemagglutinin (HA) genes of influenza A virus, with particular focus on the H1N1 and H5N1 subtypes. More importantly, various in silico methods have been applied to identify minimum-length oligomeric sequences that are consistently found in influenza A virus genomes but are completely absent from the human genome. These obtained sequences can be considered as minimal signatures specific to the influenza A virus and can be used to distinguish it from other influenza viruses. Furthermore, such specific sequences can be considered as potential targets for the development of rapid diagnostic kits and molecular diagnostic methods in the future.
Benzer Tezler
- Identification of general transcription factor-two-E and mediator complex interactions in the context of pre-initiation complex formation
Genel transkripsiyon faktörü II-E ve mediator kompleksinin etkileşiminin başlama öncesi kompleksi oluşumu bağlamında tanımlanması
ONUR ROJHAT KARASU
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MURAT ALPER CEVHER
- Maramara denizi ve Karadeniz'den izole edilen bakterilerin saflaştırılması ve tanımlanması
Isolation and identification of the bacteria from the Marmara sea and Black Sea
MİNE GÜL ŞEKER
Doktora
Türkçe
2009
BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YOSUN MATER
- Primer Santral Sinir Sistemi Lenfomalarında (PSSSL) immunoglobulin reseptör varyantlarının hastalık patogenezi ve klinik davranışı ile ilişkisinin araştırılması
Investigation of the relationship of immunoglobulin receptor variants with disease pathogenesis and clinical behavior in Primary Central Nervous System Lymphomas (PCNSL)
MERVE BESLER
Doktora
Türkçe
2024
Moleküler TıpAnkara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİLİZ ÇAY ŞENLER
- Elektrikli araç motorlarında mekanik arızaların derin öğrenme ile tespiti için yeni bir yöntemin geliştirilmesi
Development of a new method for the detection of mechanical faults in electric vehicle motors with deep learning
EYUP SÖNMEZ
Doktora
Türkçe
2024
Mekatronik MühendisliğiSakarya Uygulamalı Bilimler ÜniversitesiMekatronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEZGİN KAÇAR
- Antarktika kaynaklı örneklerden dalapon herbisitini parçalayan bakterilerin izolasyonu, karakterizasyonu ve tanısı
Isolation, characterization and identification of dalapon herbicide degrading bacterium from antarctic samples
SÜLEYMAN FARUK KIRKINCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
BiyoteknolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ YILMAZ KAYA
DOÇ. DR. HASAN MURAT AKSOY