İshalli buzağıların dışkı örneklerinde Bovine Kobuvirusların (Bkov) prevalansının moleküler olarak araştırılması
Molecular investigation of the prevalence of Bovine Kobuviruses (Bkov) in fecal samples of calves with diarrhea
- Tez No: 1015995
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SİBEL HASIRCIOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Veteriner Hekimliği, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Teşhis, Diagnosis
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Burdur Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Veterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
B Bovine Kobuvirus, dünya genelinde sığır popülasyonlarında neonatal buzağı ishalleriyle ilişkilendirilen ve Picornaviridae ailesinde yer alan önemli bir yükselen patojendir. Bu doktora çalışmasında, Türkiye'deki ishalli buzağılarda BKoV'un prevalansının belirlenmesi, farklı primer setlerinin tanısal performanslarının karşılaştırılması ve virüsün 3D ile VP1 (kapsid) gen bölgeleri üzerinden moleküler karakterizasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında, ishal semptomu gösteren 93 buzağıdan toplanan dışkı örnekleri RT-PCR yöntemiyle incelenmiştir. Örneklerde BKoV prevalansı %30,1 (28/93) olarak saptanmıştır. Pozitif örneklerin %53,5'inde Bovine Coronavirus ve %7,1'inde Bovine Viral Diarrhea Virus ile ko-enfeksiyon belirlenmiş; BKoV'un tek başına saptandığı vakalar etkenin primer patojen potansiyelini desteklemiştir. Tanısal performans analizlerinde, 3D gen bölgesinde literatür primerlerinin (%30,1), in-house primerlere (%15,1) oranla anlamlı derecede daha duyarlı olduğu (p < 0,001) saptanırken; VP1 bölgesinde primer setleri arasında istatistiksel bir fark gözlenmemiştir (p = 0,375). Moleküler analizler sonucunda, 12 adet 3D ve 20 adet VP1 gen bölgesine ait sekans verisi elde edilmiştir. 3D gen bölgesi analizlerinde saha izolatlarının nükleotid düzeyinde %91,50-%100,00 benzerlik gösterdiği ve iki ana genetik kümede toplandığı belirlenmiştir. VP1 gen bölgesi analizlerinde ise Türk izolatlarının kendi aralarında yüksek homoji sergilediği (%90,27-%100,00), ancak küresel referans suşlarla benzerliğin %76,82'ye kadar düştüğü tespit edilmiştir. Filogenetik olarak tüm Türk izolatlarının Lineage 1 içerisinde, ancak Birleşik Krallık ve Mısır suşlarından ayrılan monofiletik bir alt grup (Turkish subcluster) oluşturduğu saptanmıştır. Amino asit düzeyinde, tüm Türk izolatlarında korunan PYDASSPNAS (185-200. AA) ve VPAGTALT-I (270–280. AA) motifleri, suşlarımızın küresel ölçekteki özgün moleküler imzaları olarak tanımlanmıştır. Sonuç olarak bu çalışma; Türkiye'deki BKoV suşlarının genetik olarak ayrışmış, yüksek derecede homojen ve bölgesel olarak evrimleşmiş bir yapı sergilediğini ortaya koymuştur. Elde edilen veriler, BKoV'un Türkiye'deki moleküler epidemiyolojisine dair en kapsamlı veri setini sunmakta olup; gelecekte geliştirilecek yerel tanı kitleri ve kontrol stratejileri için kritik bir temel oluşturmaktadır.
Özet (Çeviri)
Bovine Kobuvirus is an important emerging pathogen within the Picornaviridae family, associated with neonatal calf diarrhea worldwide. In this doctoral study, it was aimed to determine the prevalence of BKoV in diarrheic calves in Turkey, compare the diagnostic performances of different primer sets, and perform molecular characterization of the virus based on the 3D and VP1 (capsid) gene regions. Within the scope of the study, fecal samples collected from 93 calves showing symptoms of diarrhea were examined using the RT-PCR method. The prevalence of BKoV was determined to be 30.1% (28/93). Co-infections with Bovine Coronavirus and Bovine Viral Diarrhea Virus were detected in 53.5% and 7.1% of the positive samples, respectively; cases where BKoV was detected alone supported the potential of the agent as a primary pathogen. In diagnostic performance analyses, literature-based primers in the 3D gene region (30.1%) were found to be significantly more sensitive (p < 0.001) than in-house primers (15.1%). Conversely, no statistical difference was observed between primer sets in the VP1 region (p = 0.375). As a result of molecular analyses, sequence data for 12 3D and 20 VP1 gene regions were obtained. 3D gene region analyses showed that field isolates exhibited 91.50%–100.00% nucleotide similarity and clustered into two main genetic groups. In VP1 gene region analyses, it was determined that Turkish isolates displayed high internal homology (90.27%–100.00%), while similarity with global reference strains dropped as low as 76.82%. Phylogenetically, all Turkish isolates were identified within Lineage 1, forming a monophyletic“Turkish subcluster”distinct from United Kingdom and Egyptian strains. At the amino acid level, the PYDASSPNAS (AA 185–200) and VPAGTALT-I (AA 270–280) motifs, which were conserved in all Turkish isolates, were defined as unique molecular signatures of these strains on a global scale. In conclusion, this study demonstrates that BKoV strains in Turkey exhibit a genetically divergent, highly homogeneous, and regionally evolved structure. The data obtained provide the most comprehensive dataset on the molecular epidemiology of BKoV in Turkey and establish a critical foundation for the development of future local diagnostic kits and control strategies.
Benzer Tezler
- Bölgemizdeki infeksiyöz ishalli olgulardan izole edilen patojen e. coli tipleri ve bu mikroorganizmaların antibiyotik duyarlılıklarının incelenmesi
Başlık çevirisi yok
SÜLEYMAN AYGÜN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1988
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiKlinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Behçetli hastalarda gastrointestinal sistem tutulumu üzerine prospektif bir çalışma
Başlık çevirisi yok
ŞEREF EREN
- Sivas Eskikarahisar ve Kayapınar köylerinde,“0-4”yaşlarında çocuğu olan annelerin ishale ilişkin bilgi, tutum ve geleneksel uygulamaları
The traditional practises, belonging to diarrehea, of mothers who have children with ages between“0-4”
SELMİN ŞENOL SEZGİN
Yüksek Lisans
Türkçe
1989
Halk SağlığıCumhuriyet ÜniversitesiHemşirelik Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. FERİT KOÇOĞLU
- Eskişehir Anadolu Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Polikliniği'ne başvuran 0-5 yaş arası çocuklarda ishal ve solunum yolu enfeksiyonu olgularının değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
HATİCE YILDIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1989
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiAile Sağlığı Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜJGAN SIDAL
- Eskişehir Merkez 4 Nolu Sağlık Ocağı Polikliniği'ne başvuran 0-5 yaş arası çocuklarda ishal ve solunum yolu enfeksiyonu olgularının değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
NURTEN ÖZEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1989
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiAile Sağlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞEN BULUT