Parkinson hastalığı psikozu olan hastalardan alınantükürük örneklerinden metagenomik analiz
Metagenomic analysis of saliva samples from patients with parkinson's disease psychosis
- Tez No: 1015770
- Danışmanlar: PROF. DR. SEZGİN GÜNEŞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Nöroloji, Tıbbi Biyoloji, Microbiology, Neurology, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç ve Kapsam: Parkinson hastalığı psikozu olgularında oral mikrobiyotanın rolünü araştırmak amacıyla tükürük örneklerinden Nanopore tabanlı 16S rRNA amplikon dizileme kullanılarak metagenomik profilleme gerçekleştirilmiştir. Bu çalışma, mikrobiyal toplulukların karakterizasyonu aracılığıyla Parkinson hastalığı ve Parkinson hastalığı psikozunun patofizyolojisini aydınlatmada, mikrobiyota temelli tedavi stratejileri geliştirmede yeni bir perspektif sunmaktadır. Gereç ve Yöntem: Mart 2025-Şubat 2026 tarihleri arasında Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroloji Anabilim Dalı'na başvuran PH (n=19), PHP (n=19) ve sağlıklı kontrol (n=19) grupları çalışmaya dahil edilmiştir. Katılımcılara UPDRS III, Hoehn ve Yahr evrelemesi, MMSE ve NPI-C klinik değerlendirmeleri uygulanmıştır. Tüm katılımcılardan toplanan tükürük örneklerinden Nanopore tabanlı 16S rRNA amplikon dizileme sonrasında biyoinformatik analiz yapılmıştır. Bulgular: Klinik açıdan PHP grubu, PH grubuna kıyasla ileri hastalık evresi, düşük bilişsel skorlar ve belirgin nöropsikiyatrik semptomlar sergilemiştir. Mikrobiyota analizinde alfa çeşitliliğin PH grubunda en düşük, PHP grubunda ise en yüksek düzeyde olduğu saptanmıştır (Shannon indeksi, p=0,021). Beta çeşitlilik analizinde gruplar arasındaki kompozisyonel farklılık tüm metriklerde anlamlı bulunmuş olup, en belirgin ayrışma Aitchison mesafesinde gözlemlenmiştir (R²=0,068, p=0,001). Diferansiyel bolluk analizinde kontrol grubunda Prevotella sp. HMT-396, Hoylesella nanceiensis ve Alloprevotella sp. HMT-914 bolluğa sahipken, PHP grubunda ise Segatella buccae, Mogibacterium timidum, Porphyromonas gingivalis ve Aggregatibacter kilianii türlerinin zenginleştiği belirlenmiştir. Makine öğrenmesi tabanlı biyobelirteç analizinde K ve PHP karşılaştırması AUC=0,928 ile yüksek ayırt edici performans ortaya koymuştur. Hoylesella loescheii, Campylobacter concisus ve Fusobacterium hwasookii'nin ise hastalık şiddeti ve nöropsikiyatrik semptom skorlarıyla pozitif korelasyon gösterdiği saptanmıştır. Sonuç: Bulgular, oral mikrobiyota kompozisyonundaki değişimlerin PH ve PHP fenotipiyle ilişkili olabileceğini düşündürmektedir. Periodontal hastalıklarla ilişkili oral taksonların PHP'de belirgin biçimde zenginleşmesi, oral disbiyoz ile nöropsikiyatrik semptomlar arasındaki potansiyel ilişkiyi destekler niteliktedir. Bununla birlikte, bu çalışma 16S rRNA amplikon dizilemeye dayandığından, bulguların fonksiyonel ve etki mekanizmalarına ilişkin sonuçlarının doğrulanması için shotgun metagenomik, metabolomik ve inflamatuar belirteç temelli ileri çalışmalara ihtiyaç vardır.
Özet (Çeviri)
Aim and Scope: To investigate the role of oral microbiota in Parkinson's disease psychosis cases, metagenomic profiling was performed on saliva samples using Nanopore-based 16S rRNA amplicon sequencing. This study presents a new perspective in elucidating the pathophysiology of Parkinson's disease and Parkinson's disease psychosis through the characterization of microbial communities, and in developing microbiota-based treatment strategies. Materials and Methods: Participants were recruited between March 2025 and February 2026 from the Department of Neurology, Ondokuz Mayıs University Faculty of Medicine. Three groups were included: PD (n=19), PDP (n=19), and healthy controls (n=19). All participants underwent clinical assessments including UPDRS III, Hoehn and Yahr staging, MMSE, and NPI-C. Saliva samples were analyzed using Nanopore-based full-length 16S rRNA gene amplicon sequencing and bioinformatic pipelines. Results: Clinically, the PDP group exhibited more advanced disease staging, lower cognitive scores, and more pronounced neuropsychiatric symptoms than the PD group. Microbial diversity analysis revealed that alpha diversity was lowest in the PD group, whereas the PDP group showed the highest diversity, exceeding that of the healthy control group (Shannon index, p=0.021). Beta diversity analysis demonstrated significant compositional differences across all metrics, with the most pronounced separation observed for Aitchison distance (R²=0.068, p=0.001). Differential abundance analysis Prevotella sp. HMT-396, Hoylesella nanceiensis ve Alloprevotella sp. HMT-914 as prominent taxa in the control group, whereas Segatella buccae, Mogibacterium timidum, Porphyromonas gingivalis ve Aggregatibacter kilianii were enriched in the PDP group. Machine learning-based biomarker analysis yielded high discriminatory performance in the HC vs. PDP comparison, with an AUC of 0.928. Hoylesella loescheii, Campylobacter concisus and Fusobacterium hwasookii were found to be positively correlated with disease severity and neuropsychiatric symptom scores. Conclusion: These findings suggest that oral microbiota may be associated with the pathophysiology of PD and PDP. The enrichment of oral taxa associated with periodontal disease in the PDP group provides hypothesis-generating evidence for a potential link between oral dysbiosis and neuropsychiatric symptoms. However, as this study was based on 16S rRNA amplicon sequencing, further shotgun metagenomic, metabolomic, and inflammatory marker-based studies are required to validate the functional implications and underlying mechanisms of these findings.
Benzer Tezler
- Yedigöller milli parkının karayosun florası yönünden araştırılması
The Investigation of seven lakes national park with respect to moss flora
BARBAROS ÇETİN
- Bazı dopamin reseptör agonistlerinin antimuskarinik etkileri
Başlık çevirisi yok
İNCİ ŞAHİN
Doktora
Türkçe
1987
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA İLHAN
- Sürekli yanma odalarında alev cephesinin dinamik yapısına ait bir çalışma
A Study on the dynamic structure of flame front in continuous combustion chambers
ALİ SÜRMEN
- Kalıcı pacemaker takılmış hastalarda kontrast ekokardiografi ile triküspid yetersizliğinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
SEMA YARMAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1988
Kardiyolojiİstanbul Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KEMALETTİN BÜYÜKÖZTÜRK