Çip üzerinde organ çalışmalarında intrasellüler analizler için mikrofiltrasyon geliştirilmesi
Development of microfiltration for intracellular analysis in organ-on-chip studies
- Tez No: 1014181
- Danışmanlar: PROF. DR. HÜSEYİN AVCI, ÖĞR. GÖR. HAMED GHORBANPOOR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyomühendislik, Polimer Bilim ve Teknolojisi, Biology, Bioengineering, Polymer Science and Technology
- Anahtar Kelimeler: DNA izolasyonu, Elektroeğirme yöntemi, Kök hücreler, Mikro akışkanlar, Mikrofiltrasyon, Mikroçipler, DNA extraction, Electrospinning method, Stem cells, Microfluidics, Microfiltration, Microchip
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kök Hücre Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu çalışmanın amacı, mikrofiltrasyon (MF) sistemi oluşturmak ve optimize ederek hücresel partiküllerin uzaklaştırılması ve hücre içi biyokütlenin etkin şekilde elde edilmesini sağlamaktır. Bu kapsamda Huh-7 ve insan Wharton jeli kökenli mezenkimal kök hücrelerin (iWJ-MKH) lizis öncesi ve sonrası olmak üzere iki aşamada filtrelenmiş; lizis öncesinde ayırma kapasitesi, lizis sonrasında ise DNA miktarı ve yoğunluk değişimleri değerlendirilmiştir. Elde edilen bulgular, geliştirilen MF sisteminin performansını ortaya koymuştur. Yöntem: Bu tezde, mikroakışkan çip mikrokanallarına entegre edilen nanolifler kullanılarak Huh-7 ve MKH hücrelerinde filtrasyon uygulanmıştır. Hücre lizisi için termal ve kimyasal yöntemler kullanılmış ve etkileri karşılaştırılmıştır. Kimyasal lizis sonrası örnekler MF sisteminden geçirilmiş; filtrasyon öncesi/sonrası yoğunluk ölçümleri alınmış ve DNA miktarı kontrol grupları ile karşılaştırmalı olarak analiz edilmiştir. Bulgular: iWJ-MKH hücreleri yüksek mezenkimal, düşük hematopoietik belirteç eksprese etmiştir. Poliakrilonitril (PAN) nanolifler nanoskalada çap ve gözenekli yapıya sahiptir. Termal liziste sıcaklık arttıkça yoğunluk yükselmiş, DNA miktarı kontrol grubuna göre düşmüştür. Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM) analizleri, kimyasal lizisin hücre parçalanmasında termal lizise göre daha etkili olduğunu göstermiştir. Filtrasyon sonrası her iki hücre hattında yoğunluk azalırken, DNA'nın büyük oranda sistemden geçtiği belirlenmiştir. Sonuç: Nanoliflerle modifiye edilmiş mikroakışkan mikrokanalların hücresel partikülleri etkin şekilde ayırarak DNA izolasyonunda yüksek verim sağladığını göstermiştir. Lizis karşılaştırmasında, belirlenen termal lizis koşullarının hücre bütünlüğünü koruduğu ve DNA veriminin daha düşük olduğu; kimyasal lizisin ise hücre bütünlüğünü bozarak daha yüksek DNA elde edilmesini sağladığı belirlenmiştir. Kimyasal lizis sonrası filtrasyonun yüksek verimlilik sağladığı görülmüş, geliştirilen sistemin Huh-7 ve MKH hücrelerinde uygulanabilir olduğu ortaya konmuştur.
Özet (Çeviri)
Objective: The aim of this study is to optimize a microfiltration (MF) system to remove cellular particles and efficiently obtain intracellular biomass. In this context, Huh-7 and iWJ-MKH cells were filtered in two stages, before and after lysis; separation capacity was evaluated before lysis, and DNA concentration and density changes were evaluated after lysis. The findings revealed the performance of the developed MF system. Method: In this thesis, filtration was applied to Huh-7 and MKH cells using nanofibers integrated into microfluidic chip microchannels. Thermal and chemical methods were used for cell lysis, and their effects were compared. After chemical lysis, samples were passed through a microfiltration system; pre/post-filtration density measurements were taken, and DNA volume was analyzed in comparison with control groups. Findings: iWJ-MKH cells expressed high mesenchymal and low hematopoietic markers. PAN nanofibers have a nanoscale diameter and porous structure. In thermal lysis, density increased as temperature increased, and DNA volume decreased compared to the control group. SEM analyses showed that chemical lysis was more effective than thermal lysis for the cell lysis. After filtration, while density decreased in both cell lines, it was determined that a large amount of DNA passed through the system. Conclusion: This thesis demonstrates that microfluidic microchannels modified with nanofibers effectively isolate the cellular particles, achieving high yields in DNA isolation. In lysis comparisons, thermal lysis was found to preserve cell integrity while yielding lower DNA, while chemical lysis disrupted cell integrity, resulting in higher DNA yields. Filtration after chemical lysis was observed to provide high efficiency, and the developed system was shown to be applicable to Huh-7 and MKH cells.
Benzer Tezler
- Nanoplasmonic biosensor integrated smart cell culture systems
Nanoplazmonik biyosensör entegre akıllı hücre kültür sistemleri
EVREN ÖKTEM
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyoteknolojiKoç ÜniversitesiBiyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. SERAP AKSU RAMAZANOĞLU
- Cr-51 kullanılarak yapılan karaciğer sintigrafisi için üç kritik organa ilişkin dozların belirlenmesi ve mırd metodu ile karşılaştırılmalı değerlendirmesi
Dose assesment of three critical organs for liver scintigraphy with using Cr-51 and the comparison with mird method
ÖZLEM MARANCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Radyoloji ve Nükleer Tıpİstanbul Teknik ÜniversitesiNükleer Araştırmalar Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASİYE BERİL TUĞRUL
- Contribution a la recherche d'un cadre juridique pour un droit international de laconcurrence plus efficace
Daha etkin bir uluslararası rekabet için hukuki çerçeve arayışı
ALİ CENK KESKİN
Doktora
Fransızca
2009
HukukGalatasaray ÜniversitesiKamu Hukuku Ana Bilim Dalı
PROF. DR. JEAN MARC SOREL
PROF. DR. HALİL ERCÜMENT ERDEM
- Fabrication of a microfluidic device for lung-on-a-chip application
Akciğer uygulaması için bir mikroakışkan çipin üretilmesi
DAVUT YILDIRIM
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Mühendislik BilimleriGebze Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NUMAN AKDOĞAN
- DEVELOPMENT OF MICROFLUIDIC BASED SINGLE CELL CAPTURING SYSTEMS FOR EARLY DETECTION OF DISEASES
Erken teşhise yönelik mikroakışkan tabanlı tek hücre yakalama sistemlerinin geliştirilmesi
EMRE ALTINAĞAÇ
Doktora
İngilizce
2020
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN KIZIL