Analysis of genetic biomarkers in glioma diagnosis and prognosis: Focus on ECE1 rs3026809 variant
Gliom tani ve prognozunda genetik biyobelirteçlerin analizi: ECE1 rs3026809 varyantına odaklanma
- Tez No: 1013998
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CEMALİYE AKYERLİ BOYLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Biyobelirteçler, Oligodendrogliom, PCR, Biomarkers, Oligodendroglioma
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genom Çalışmaları Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Genom Çalışmaları Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Gliomlar, yetişkinlerde en sık görülen primer beyin tümörleridir ve yüksek derecede moleküler heterojenlik gösterirler. Tanıda yaygın olarak kullanılan 1p/19q kodelesyonu ve IDH mutasyonları gibi klasik belirteçler, tümör davranışını tam olarak açıklamakta yetersiz kalabilir. Bu eksikliği gidermek amacıyla, gliomlarda düzenleyici varyantların katkısı araştırılmıştır. Çalışmanın ilk aşamasında, hedeflenmiş dizileme verileri Ensembl VEP ile analiz edilmiş ve 1p/19q kodelesyonu bulunan oligodendrogliomalarda, 1p ve 19q üzerindeki genlerde yer alan düzenleyici varyantlara odaklanılmıştır. Seçilen varyantlar Sanger dizileme ile doğrulanmış ve gliom örneklerinde AS-PZR ile RFLP yöntemleri kullanılarak taranmıştır. Fonksiyonel etkiler ise biyoinformatik tabanlı araçlarla değerlendirilmiştir. ECE1 rs3026809 (G>A) düzenleyici varyantı, oligodendrogliomalarda (n=7/15) ve GBM'de (n=9/9) gözlenirken, kontrol grubunda saptanmamıştır (n=1). İstatistiksel analizler, bu varyantın tümör derecesi ile anlamlı şekilde ilişkili olduğunu göstermiştir (p=0.0082); ancak Ki-67 indeksi ile anlamlı bir ilişki bulunmamıştır (p=0.173). Ayrıca, ikili karşılaştırmalar Oligo3 (p=0.005) ve tüm oligodendroglioma derecelerinin (p=0.009) GBM ile anlamlı ilişkisini ortaya koymuştur. Ek olarak, lojistik regresyon analizi %90,5 doğrulukla Ki-67 indeksi ve tümör derecesi ile güçlü bir ilişki göstermiş; farklı gen ifade analizi ise, ECE1'in GBM'lerde DDG'lere kıyasla arttığını ortaya koymuştur. Varyantın bulunduğu genomik bölgenin türler arasında korunmuş olması, potansiyel fonksiyonel önemini desteklemektedir. Bu bulgular, rs3026809 varyantının kötü huylu tümör progresyonunu etkileyen düzenleyici bir modülatör olabileceğini ve gliomlarda kodlamayan varyantların moleküler sınıflandırma açısından önemini ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
Gliomas are the most common primary brain tumors in adults and exhibit high molecular heterogeneity. Although conventional markers like 1p/19q co-deletion and IDH mutations are widely used in diagnosis, they may not provide a complete explanation of tumor behavior. To address this gap, the contribution of regulatory variants in gliomas was investigated. First, targeted sequencing data were analyzed using Ensembl VEP to examine regulatory alterations in 1p/19q-codeleted oligodendrogliomas, with a focus on regulatory variants across all genes on 1p and 19q. Selected variants were validated by Sanger sequencing and screened in glioma samples using AS-PCR and RFLP. The functional relevance was evaluated by in silico tools. The potential regulatory variant ECE1-rs3026809 (G>A) was observed in oligodendrogliomas (n=7/15) and GBM (n=9/9), but not in control (n=1). Statistical analysis was conducted to assess the association between rs3026809 and clinical data. The presence of the variant was significantly associated with tumor grade (p=0.0082), but not with Ki67 index (p= 0.173). Furthermore, pairwise analysis showed significant associations of Oligo3 (p= 0.005) and all oligodendroglioma grades (p= 0.009) with GBM. Additionally, logistic regression revealed strong associations with Ki67 index and tumor grade (accuracy = 90.5%), while differential expression analysis showed ECE1 is upregulated in GBMs compared to LGGs. Notably, the genomic region harboring the variant is highly conserved across species, supporting its potential functional relevance. These findings suggest that rs3026809 may act as a regulatory modulator driving malignant progression, highlighting the importance of non-coding variants in gliomas and their potential for molecular stratification.
Benzer Tezler
- Grade 2-3 glial tümörlerde moleküler belirteçlerin eski histopatolojik tanılarla korelasyonu ve prognostik etkileri
Prognostic effects and correlation of molecular markers with previous histopathological diagnosis for grade 2 and 3 gliomas
AHMET ÖZAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
NöroşirürjiAkdeniz ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET RECAİ TUNCER
- Erişkin glial tümör hastalarında prognozu etkileyen epidemiyolojik ve moleküler belirteçlerin izlenmesi: Prospektif-retrospektif tez çalışması
Monitoring epidemiological and molecular markers affecting prognosis in adult glial tumor patients: A prospective-retrospective thesis study
EYÜP BAYATLI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
NöroşirürjiAnkara ÜniversitesiNöroşirürji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN ÇAĞLAR UĞUR
- Role of exosomes in malignant transformation of astrocytes
Astrositlerin malign dönüşümünde eksozomların rolü
EZGİ TAŞKAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
NörolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİKRETTİN ŞAHİN
- Primer glioblastoma tümörlerinde long non coding RNA MALAT1'in prognostik öneminin araştirilmasi
Investigation of the prognostic importance of long non coding RNA MALAT1 in primary glioblastoma tumors
ÖMER GÖKAY ARGADAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
GenetikBursa Uludağ ÜniversitesiBeyin ve Sinir Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN KOCAELİ
- Computational approaches to the identification of diagnostics and prognostics markers in brain neoplasms
Hesaplamalı yöntemler kullanılarak beyin neoplazmasında prognoz ve teşhis işaretlerinin belirlenmesi
MELİH ÖZBEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ATHANASIA PAVLOPOULOU