Geri Dön

Tıbbi genetik polikliniği'nde 2022-2024 yılları arasında yeni nesil dizileme yöntemiyle klinik ekzom dizileme analizi yapılan olgularda saptanan sekonder varyantların retrospektif olarak değerlendirilmesi

Retrospective evaluation of secondary variants detected via clinical exome sequencing in patients at adnan menderes university training and research hospital medical genetics clinic (2022-2024)

PDF İndir

  1. Tez No: 1012996
  2. Yazar: MEHMET AYDEMİR
  3. Danışmanlar: PROF. DR. GÖKAY BOZKURT
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Sekonder bulgular, Katmanlı raporlama, PAH, SLC26A4, Klinik ekzom dizileme, Secondary findings, Tiered reporting, PAH, SLC26A4, Clinical exome sequencing
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Aydın Adnan Menderes Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Tıbbi Genetik Polikliniği'nde 2022-2024 Yılları Arasında Yeni Nesil Dizileme Yöntemiyle Klinik Ekzom Dizileme Analizi Yapılan Olgularda Saptanan Sekonder Varyantların Retrospektif Olarak Değerlendirilmesi Giriş ve Amaç: Yeni Nesil Dizileme (NGS) teknolojileri, nadir hastalıkların tanısına ek olarak klinik olarak eyleme geçirilebilir sekonder bulguların (SB) saptanmasına olanak sağlamaktadır. Bu çalışmanın amacı, Klinik Ekzom Dizileme (CES) uygulanan geniş bir klinik kohortta sekonder ve tesadüfi varyantların dağılımını ortaya koymak, Türk popülasyonuna özgü prevalans verilerini tanımlamak ve ülkemizdeki yüksek resesif hastalık yüküne uygun Katmanlı Raporlama Modeli yaklaşımını değerlendirmektir. Gereç ve Yöntem: 1 Ocak 2022–31 Aralık 2024 tarihleri arasında Aydın Adnan Menderes Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'nda CES analizi yapılan 1.307 olgu retrospektif olarak incelendi. Aile içi varyant kümelenmesini önlemek ve teknik kalite standardizasyonu sağlamak amacıyla 115 olgu çalışma dışı bırakıldı; analizler, birbirinden bağımsız 1.192 proband üzerinden yürütüldü. Primer tanısal bulgular dışlandıktan sonra elde edilen sekonder ve tesadüfi toplam 2783 varyant değerlendirmeye alındı. Varyant sınıflandırması ACMG/AMP 2018 kriterlerine göre yapıldı. Analiz stratejisi, ACMG SF v3.2 kılavuz dışı ancak klinik açıdan önemli genleri içeren Katman 2 yaklaşımıyla yapılandırıldı. Bulgular: Toplam 2783 varyantın 2333'i, kalite kriterleri ve/veya Varyant Validasyonu ve Metodolojik Standartlaştırma sonrası patojenite sınıflandırmasındaki değişimler nedeniyle elendi; nihai analiz 12'ü SF, 438'ü Katman 2 olmak üzere toplam 450 varyant ile sürdürüldü. SF kapsamında 12 olguda (%1,006) BRCA1, BRCA2, MSH6, KCNQ1, MYBPC3 ve HNF1A gibi genlerde kesin eyleme geçirilebilir sekonder bulgular raporlandı. Katman 2 kapsamında Türk popülasyonu açısından dikkat çekici taşıyıcılık oranları saptandı; PAH taşıyıcılığı %5,70, SLC26A4 taşıyıcılığı %1,43 olarak bulundu. Tartışma ve Sonuç: Çalışmamızda sekonder bulgu prevalansı %1,006 olup uluslararası verilerle uyumludur. Katman 2'de gözlenen yüksek taşıyıcılık oranları ise Türkiye'nin resesif hastalık yükünün genomik düzeyde belirginliğini göstermektedir. Bulgular, yalnızca ACMG listesiyle sınırlı olmayan popülasyon odaklı bir raporlama yaklaşımının ve ulusal düzeyde klinik varyant veri altyapısının geliştirilmesinin önemini desteklemektedir.

Özet (Çeviri)

Retrospective Evaluation of Secondary Variants Detected via Clinical Exome Sequencing in Patients at Adnan Menderes University Training and Research Hospital Medical Genetics Clinic (2022-2024) Introduction and Aim: Clinical Exome Sequencing (CES) enables the detection of medically actionable secondary findings (SF) beyond the primary diagnostic indication. This study aimed to characterize secondary and incidental variant profiles in a large clinical cohort, define Turkish population–specific prevalence patterns, and evaluate a tiered reporting framework tailored to the high recessive disease burden of Turkey. Materials and Methods: A total of 1,307 CES cases were retrospectively evaluated (January 2022–December 2024). To minimize familial clustering related prevalence bias and ensure technical standardization, 115 cases were excluded and analyses were performed on 1,192 independent probands. After excluding primary diagnostic findings, a total of 2,783 secondary/incidental variants were assessed. Variant classification followed ACMG/AMP 2018 criteria. The analytical workflow was structured into Tier 1 (ACMG SF v3.2 actionable genes) and Tier 2 (clinically significant non-guideline genes). Results: Of 2,783 variants, 2,333 were excluded due to quality metrics and/or re- curation–driven reclassification. The final dataset included 450 variants (12 in Tier 1 and 438 in Tier 2). Definitive actionable SF (Tier 1) were reported in 12 cases (1.006%), involving genes such as BRCA1, BRCA2, MSH6, KCNQ1, MYBPC3, and HNF1A. Within Tier 2, notable carrier frequencies were observed: PAH 5.70% and SLC26A4 1.43%. Conclusion: The 1.006% Tier 1 prevalence aligns with global reports. Elevated Tier 2 carrier rates highlight Turkey's distinctive recessive disease burden and support the clinical value of a population-informed tiered reporting approach, alongside the development of a national clinical variant repository for precision and preventive medicine.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    685976

    Situs inversus totalisi olan primer siliyer diskinezi tanılı hastaların demografik, fenotipik ve genotipik özellikleri

    Demographic, phenotypic and genotypic characteristics of patients diagnosed with primery ciliary dyskinesia with situs inversus totalis

    UZEYİR JAFAROV

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıBezm-İ Alem Vakıf Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERKAN ÇAKIR

  2. Tez No

    867462

    Gülhane Eğitim ve Araştırma hastanesi'nde polisitemi vera ön tanılı hastalarda who 2016 yeni tanı kriterlerine göre jak2 mutasyon analizi istenme sıklığı ve sonuçlarının değerlendirilmesi, maliyet analizinin yapılması

    Frequency and evaluation of jak2 mutation analysis requests according to the new who 2016 diagnostic criteria in patients with a preliminary diagnosis of polycythemia vera at Gülhane training and Research Hospital, and cost analysis

    GÖKÇE ÇAY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    İç HastalıklarıSağlık Bilimleri Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ MURAT YILDIRIM

  3. Tez No

    909949

    Obstrüktif olmayan azospermi hastalarında genetik etiyolojilerin araştırılması

    Investigation of genetic etiologies in patients with non-obstructive azoospermia

    KÜBRA ADANUR SAĞLAM

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    GenetikKaradeniz Teknik Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYBERK TÜRKYILMAZ

  4. Tez No

    836930

    M694V mutasyonu taşıyan ailevi akdeniz ateşi hastalarında pirin ve onunla ilişkili proteinleri kodlayan genlerin ifade düzeylerinin değerlendirilmesi

    Evaluation of the expression levels of genes encoding pyrin and related proteins in patients with familial mediterranean fever carrying the M694V mutation

    MEHMET KÖSEM

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    GenetikSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YUSUF TUNCA

  5. Tez No

    192841

    Prostat adenokarsinomlarında psa değerlerinin gleason skor ve klinik evre ile ilişkisi

    The relation between psa and gleason score and clinical phase in prostate adenocarsinoma

    HACI HASAN ESEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    PatolojiSelçuk Üniversitesi

    Patoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. MUSTAFA CİHAT AVUNDUK

Geri Dön