Kuraklık stresi koşullarında nar bitkisinin (punica granatum L.) transkriptom profilinin çıkarılması
Transcriptome profiling of pomegranate plant (punica granatum L.) under drought stress conditions
- Tez No: 1012018
- Danışmanlar: PROF. DR. EMİNE ORHAN, PROF. DR. MEHMET CENGİZ BALOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Ziraat, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Atatürk Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Bitkisel Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Bu çalışmada, Wonderful ve Hicaznar isimli nar çeşitleri (Punica granatum L.) için kuraklık ilişkili genler bakımından bir transkriptom profilinin çıkarılması amaçlanmıştır. Yöntem: Wonderful ve Hicaznar çeşitlerinde iki farklı su kısıtı uygulaması (kuraklık stresi) 10 gün ve 20 gün olmak üzere iki farklı süre boyunca uygulanmıştır. Deneme kapsamında üç farklı uygulama grubu oluşturulmuştur: i) Kontrol (iyi sulama koşulları), ii) T1 (1. Uygulama): %65–75 bağıl toprak su içeriği ve iii) T2 (2. Uygulama): %5–15 bağıl toprak su içeriği. Transkriptomik düzeyde profilleme amacıyla RNA dizileme (RNA-seq) yöntemi esas alınmıştır. RNA-seq verilerinin analizleri CLC Toolbox kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Diferansiyel gen ekspresyon analizleri sonucunda elde edilen genler, ifade düzeylerindeki değişimin yönü ve büyüklüğüne göre sınıflandırılmıştır. Filtrelenmiş diferansiyel gen ekspresyon verileri kullanılarak genler arasındaki benzerlik ve farklılıkların görselleştirilmesi amacıyla ısı haritaları oluşturulmuştur. Bulgular: Wonderful ve Hicaznar çeşitlerinde T1 ve T2 uygulamaları için 36,4 kDa prolin açısından zengin protein benzeri (LOC116188420), holotricin-3 benzeri (LOC116214822), muhtemel hücre duvarı proteini (LOC116205182), muhtemel mannitol dehidrogenaz (LOC116210572) ve yaşlanmaya özgü sistein proteaz SAG12 benzeri (LOC116206805) genlerinin ortak olarak ifade edildikleri belirlenmiştir. Wonderful çeşidinde DREB1A (LOC116202526 ve LOC116211172), ERF017 (LOC116194146) ve NAC (LOC116198601) transkripsiyon faktör genlerinde T1 uygulaması için önemli düzeyde ifade artışları belirlenirken WRKY (LOC116193053) transkripsiyon faktöründe ifade azalışı belirlenmiştir. Hicaznar çeşidinde daha çok yapısal ve çeşitli metabolik olayları etkileyen genlerin ifadesinde değişiklikler belirlenmiştir. Sonuçlar: Çalışmada ısı haritası değerlendirmeleri sonucunda orta şiddetli (T1) kuraklık uygulaması ile şiddetli (T2) kuraklık uygulaması sonucunda ekspresyonu artan ve azalan genlerin Wonderful ve Hicaznar çeşitleri için farklı oldukları belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Purpose: This study aimed to obtain a transcriptome profile of drought-related genes for the pomegranate cultivars named Wonderful and Hicaznar. Method: Two different drought stress treatments were performed on Wonderful and Hicaznar cultivars. Drought stress was applied for two different durations: 10 days and 20 days. Three different water regime application groups were formed within the scope of the experiment: i) Control (good irrigation conditions), ii) T1 (1st treatment): 65–75% relative soil water content and iii) T2 (2nd treatment): 5–15% relative soil water content. For transcriptionomic profiling, RNA sequencing was used as the primary method. This analyses were performed using the CLC Toolbox. Findings: In Hicaznar and Wonderful cultivars, it was determined that the following genes were commonly expressed for T1 and T2 treatments: 36.4 kDa proline-rich protein-like (LOC116188420), holotricin-3-like (LOC116214822), putative cell wall protein (LOC116205182), probable mannitol dehydrogenase (LOC116210572), and senescence-specific cysteine protease SAG12-like (LOC116206805). In the Wonderful cultivar, significant increases in expression were observed in the DREB1A (LOC116202526 and LOC116211172), ERF017 (LOC116194146), and NAC (LOC116198601) transcription factor genes upon T1 application, while a decrease in expression was observed in the WRKY (LOC116193053) transcription factor. In the Hicaznar cultivar, changes were identified mainly in the expression of genes affecting structural and various metabolic processes. Conclusions: In the study, it was determined that the genes whose expression increased/decreased as a result of moderate (T1) drought treatment and severe (T2) drought treatment were different for Wonderful and Hicaznar cultivars.
Benzer Tezler
- Yeşil sentez yöntemi ile üretilen CuO nanoparçacıklarının mısır bitkisinde kuraklık uygulamalarına etkisinin belirlenmesi
Determination of the effect of CuO nanoparticles produced by green synthesis method on drought treatments in corn plant
ÖNDER COŞKUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
BiyomühendislikSüleyman Demirel ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA KILIÇ
- Ctenanthe setosa'da kuraklık koşullarında yaprak kıvrılması ile fotosentetik verim arasındaki ilişki
Relationship between leaf rolling and photosynthetic efficiency during drought stress in Ctenanthe setosa
HATİCE NAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ASIM KADIOĞLU
- Kurаk kоşullаrdа nitrik оksit uygulаmаsının аyçiçеği bitkisinin gеlişimi vе tоlаrаns mеkаnizmаsı üzеrinе еtkisinin bеlirlеnmеsi
Dеtеrminаtiоn оf thе еffеct оf nitric оxidе аpplicаtiоn оn thе dеvеlоpmеnt аnd tоlеrаncе mеchаnism оf sunflоwеr plаnt in аrid cоnditiоns
AIDANA SUGIRBEKOVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatSelçuk ÜniversitesiToprak Bilimi ve Bitki Besleme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET HAMURCU
- Kuraklık stresi koşullarında poliamin metabolizması ile hidrojen peroksit ilişkisinin araştırılması
Investigation of relationship between polyamine metabolism and hydrogen peroxide under droght stress
MEHMET DEMİRALAY
- Kuraklık stresi koşullarında nitrik oksit uygulamalarının yerel ve yabani karpuz genotiplerinin gelişimi üzerine etkisi
The effects of nitric oxide applications on the growth of local and wild types of watermelon genotypes under drought conditions
ZUHAL ZEYNEP AVŞAROĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyolojiHarran ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TİJEN DEMİRAL SERT