Genetik nedeni belirlenememiş gelişimsel epileptik ensefalopatilerin tanısal algoritmasında yeni bir yöntem: optik genom haritalama
Optical genome mapping as a novel tool in the diagnostic workflow of developmental epileptic encephalopathies with unresolved genetic etiology
- Tez No: 1007777
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NUR SELVİ GÜNEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Nöroloji, Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları, Genetik, Neurology, Child Health and Diseases, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Giriş: Gelişimsel epileptik ensefalopati (GEE) terimi, altta yatan nedenin hem epileptik nöbetlere hem de bundan bağımsız olarak gelişimsel geriliğe neden olduğu durumları tanımlar. Bugün için standart genetik tanısal yöntemlerin algoritmik ve kapsamlı uygulamalarına rağmen GEE'lerin önemli bir bölümünde etiyoloji belirlenememektedir. Optik genom haritalama (OGM), inversiyon, insersiyon, delesyon, duplikasyon, kopya sayısı değişiklikleri ve translokasyonlar gibi yapısal varyantların yüksek rezolüsyonda analizine imkan veren yeni bir yöntemdir. Bu projede, altta yatan genetik nedenin aydınlatılamadığı GEE olgularında OGM'nin tanısal katkısının araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya Ege Üniversitesi Çocuk Nörolojisi Bilim Dalı'nda izlenen, geleneksel sitogenetik analizler, CMA ve WES ile tanı konulamayan 0-18 yaş arası 38 GEE tanılı hasta çalışmaya dahil edildi. Hastalar klinik, elektrofizyolojik, biyokimyasal ve radyolojik açıdan çalışma uygunluğu açısından yeniden değerlendirildi. Uygun bulunan hastaların genetik verileri yeniden analiz edildi ve altta yatan nedenin saptanamadığı olgular OGM çalışmasına alındı. OGM'da saptanan olası nedenler uygun yöntemler ile doğrulama analizlerine alındı. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 38 hastadan 8'inde WES yeniden analizi ile potansiyel varyant saptandı. Bu hastaların 2'sinde (%5,2) aday varyantlar ailede hastalık ile uyumlu segrege oldu ve kesin moleküler tanı sağlanmış oldu. OGM ile değerlendirilen 32 hastadan beşinde olası patojenik yapısal varyantlar saptanırken üçü yapılan doğrulama analizleri ile elendi. Geriye kalan iki (%6,3) olguda saptanan yapısal varyantlar, (1) ogm [GRCh38] ins(X;?)(q27.3;?) ve (2) ogm[GRCh38] 6p24.1(13083829_13279761)x1, uygun doğrulama yöntemleri ile doğrulandı ve bu olguların moleküler genetik tanıları sırasıyla (1) (2) Frajil X sendromu ve (2) PHACTR1 geni ile ilişkili GEE olarak kesinleşmiş oldu. Sonuç: OGM, etiyolojinin belirlenemediği GEE olgularında yüksek çözünürlüklü yapısal varyant tespiti ile tanısal katkı sağlamaktadır. Yeniden analiz süreçleri ve OGM, kompleks genetik varyantların tespitini kolaylaştırarak tanı oranını artırmaktadır. Standart yöntemlerle etiyolojisi belirlenememiş GEE olgularında, WES/WGS gibi genomik verilerin yeniden analizi ve yeni bir tanısal yöntem olan OGM'nin kullanımı, yeni genetik mekanizmaların keşfi ve tanısal süreçlerin geliştirilmesi için umut vaat etmektedir.
Özet (Çeviri)
Introduction: The term developmental epileptic encephalopathy (DEE) refers to conditions where the underlying cause contributes to both epileptic seizures and developmental delay independently. Despite the algorithmic and comprehensive application of current standard genetic diagnostic methods, the etiology of a significant proportion of DEE cases remains unidentified. Optical genome mapping (OGM) is an emerging technology that enables high-resolution analysis of structural variants such as inversions, insertions, deletions, duplications, copy number variations, and translocations. This study aimed to investigate the diagnostic contribution of OGM in DEE cases with unresolved underlying genetic causes. Materials and Methods: The study included 38 patients aged 0–18 years with a diagnosis of DEE who were followed at the Pediatric Neurology Department of Ege University and remained undiagnosed despite conventional cytogenetic analysis, chromosomal microarray analysis, and WES. Patients were reassessed for clinical, electrophysiological, biochemical, and radiological appropriateness for the study. Genetic data of eligible patients were reanalyzed, and cases with no identified underlying cause underwent OGM. Potential causal findings from OGM were subjected to validation using appropriate methods. Results: Among the 38 patients included in the study, potential variants were identified in 8 cases upon reanalysis of WES data. Segregation analyses confirmed candidate variants in 2 of these patients (5.2%), leading to definitive molecular diagnoses. OGM was performed on the remaining 32 cases, identifying potentially pathogenic structural variants in five patients; validation analyses excluded three of these findings. The structural variants confirmed in two cases (6.3%) were as follows: (1) ogm[GRCh38] ins(X;?)(q27.3;?), and (2) ogm[GRCh38] 6p24.1(13083829_13279761)x1. These changes were validated and corresponded to the following molecular genetic diagnoses: (1) Fragile X syndrome, and (2) PHACTR1 gene- related DEE.
Benzer Tezler
- Sivas yöresinde akraba evliliği yapan ve yapmayan çiftlerde dermatoglifik benzerlikler
Similarities of dermataoglyphies among individval of married relatives and married couples not related to each other in Sivas region
Y. SELMA SÜNGÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
1984
Tıbbi BiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. İLHAN SEZGİN
- Ferrokrom fabrikasında çalışan işçilerde stogenetik çalışmalar
Başlık çevirisi yok
AYNUR ACAR
Doktora
Türkçe
1985
Tıbbi BiyolojiAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜVEN LÜLECİ
- Bazı introdüksiyon patates populasyonlarında; verim ve verimle ilgili ögeler arasındaki ilişkiler
Başlık çevirisi yok
SEFAİ GENÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
ZiraatEge ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. M. BİRKAN YILDIRIM
- Patateste farklı fizyolojik yaş dönemlerinin verim ve kalite özellikleri üzerine etkileri
Başlık çevirisi yok
F.SEVDA BİGALI
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
ZiraatEge ÜniversitesiBitki Islahı ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN BİRKAN YILDIRIM