Myelodisplastik Sendrom (MDS) hastalarında sirkadiyen ritmi düzenleyen CLOCK, BMAL1, PER1 ve CRY1 genlerinin ve bu genleri hedefleyen mikroRNA'ların ifade düzeylerinin araştırılması
Investigation of the expression levels of CLOCK, BMAL1, PER1 and CRY1 genes, regulating circadian rhythm and of microRNAs targeting these genes in patients with myelodysplastic syndrome
- Tez No: 1004789
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MUSTAFA ERTAN AY
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Mersin Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
MYELODİSPLASTİK SENDROM HASTALARINDA SİRKADİYEN RİTMİ DÜZENLEYEN CLOCK, BMAL1, PER1 ve CRY1 GENLERİNİN ve BU GENLERİ HEDEFLEYEN mikroRNA'LARIN İFADE DÜZEYLERİNİN ARAŞTIRILMASI Sirkadiyen ritmin temel düzenleyicileri olan saat genleri (CLOCK, BMAL1, PER1, CRY1), hem hücresel metabolizma hem de fizyolojik homeostazın sürekliliğini sağlar. Bu genlerin post-transkripsiyonel düzeyde mikroRNA'lar (miRNA'lar) tarafından regüle edilmesi, hücre döngüsü, apoptoz, immün yanıt ve DNA hasar onarımı gibi süreçlerde belirleyici etkiler yaratır. Bu tez çalışmasında, Miyelodisplastik Sendrom (MDS) hastalarının kemik iliği örneklerinde sirkadiyen saat genleri (CLOCK, BMAL1, PER1 ve CRY1) ile bu genleri hedefleyen seçilmiş mikroRNA'ların (miRNA) ekspresyon profilleri araştırılmıştır. Analizler hem temel karşılaştırmalar hem de klinik değişkenlere göre düzeltilmiş modeller üzerinden değerlendirilmiştir. Çalışma grubuna, Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi İç Hastalıkları Anabilim Dalı Hematoloji Bilim Dalı'nda yeni tanı almış miyelodisplastik sendrom (MDS) hastalarına ait 35 kemik iliği arşiv örneği dahil edilmiştir. Kontrol grubunu ise Mersin Üniversitesi Tıp Fakültesi Kalp ve Damar Cerrahisi Anabilim Dalı'nda kardiyovasküler cerrahi operasyonu geçiren, herhangi bir hematolojik hastalığı bulunmayan 28 sağlıklı bireyden elde edilen kemik iliği örnekleri oluşturmuştur. MDS ve kontrol grupları arasında ekspresyon düzeylerinin karşılaştırılmasında temel analiz olarak Mann–Whitney U testi kullanıldı. Etki büyüklüğü, Mann–Whitney U istatistiğinden türetilen rank-biserial korelasyon (r) ile raporlandı. Birden fazla belirtecin eş zamanlı test edilmesi nedeniyle yanlış pozitifliği kontrol etmek amacıyla p değerleri Benjamini–Hochberg yanlış keşif oranı (FDR) yöntemi ile düzeltilerek q değerleri hesaplandı ve istatistiksel anlamlılık için iki yönlü p<0.05 (ve çoklu test durumunda q<0.05) eşiği benimsendi. Elde edilen bulgular, MDS grubunda iki miRNA'nın belirgin biçimde ayrıştığını göstermiştir. hsa-miR-3680-3p ekspresyon düzeyinin MDS hastalarında anlamlı derecede azaldığı; buna karşılık hsa-miR-24-3p'nin belirgin şekilde arttığı saptanmıştır. Hedef gen–miRNA korelasyon analizlerinde, özellikle BMAL1–miR-3680-3p ekseninde yön değişimi eğilimi gözlenmiştir. Korelasyon fark testi istatistiksel anlamlılığa ulaşmamış olmakla birlikte, bu durumun örneklem büyüklüğü ve biyolojik heterojenite ile ilişkili olabileceği düşünülmektedir Bu tez; MDS'te sirkadiyen ritim bileşenleri ve hedefleyici miRNA'ların kemik iliğinde birlikte değerlendirilmesinin, hem biyobelirteç potansiyeli taşıyan güçlü sinyaller (özellikle miR-3680-3p ve miR-24-3p) sunduğunu hem de MDS moleküler etiyolojisine yönelik düzenleyici ağ bozulması temalı yeni hipotezleri destekleyebileceğini ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
INVESTIGATION OF THE EXPRESSION LEVELS OF CLOCK, BMAL1, PER1, and CRY1 GENES REGULATING CIRCADIAN RHYTHM AND OF microRNAs TARGETING THESE GENES IN PATIENTS WITH MYELODYSPLASTIC SYNDROME Core circadian clock genes, including CLOCK, BMAL1, PER1, and CRY1, are fundamental regulators of cellular metabolism and physiological homeostasis. Post-transcriptional regulation of these genes by microRNAs (miRNAs) plays a critical role in key biological processes such as cell cycle progression, apoptosis, immune responses, and DNA damage repair. In this thesis, the expression profiles of circadian clock genes (CLOCK, BMAL1, PER1, and CRY1) and selected miRNAs targeting these genes were investigated in bone marrow samples obtained from patients with Myelodysplastic Syndrome (MDS). The analyses included both unadjusted group comparisons and models adjusted for clinical covariates. The study cohort consisted of 35 archived bone marrow samples collected from newly diagnosed MDS patients in the Division of Hematology, Department of Internal Medicine, Mersin University Faculty of Medicine. The control group comprised 28 bone marrow samples obtained from individuals without hematological disease who underwent cardiovascular surgery in the Department of Cardiovascular Surgery at the same institution. Comparisons of expression levels between the MDS and control groups were performed using the Mann–Whitney U test. Effect sizes were reported as rank-biserial correlation coefficients derived from the Mann–Whitney U statistic. To reduce false-positive findings due to multiple testing, p-values were adjusted using the Benjamini–Hochberg false discovery rate (FDR) method, and corresponding q-values were calculated. Statistical significance was defined as a two-sided p-value of less than 0.05, with q < 0.05 considered significant after multiple-testing correction. The findings demonstrated that two miRNAs were distinctly dysregulated in the MDS group. hsa-miR-3680-3p expression was significantly decreased, whereas hsa-miR-24-3p expression was markedly increased. Correlation analyses of target gene–miRNA pairs revealed a tendency toward reversal in correlation direction, particularly in the BMAL1–miR-3680-3p axis. Although the correlation difference test did not reach statistical significance, likely due to limited sample size and biological heterogeneity, the observed directional shift suggests a possible rewiring of the circadian regulatory network in MDS. Overall, this thesis shows that the integrated evaluation of circadian rhythm components and their regulatory miRNAs in bone marrow yields strong biomarker signals, particularly miR-3680-3p and miR-24-3p, and supports novel hypotheses regarding disruption of the regulatory network in the molecular pathogenesis of MDS.
Benzer Tezler
- Myelodisplastik sendrom hastalarında kemik iliği aspirasyon ve biyopsi korelasyonu
The correlation of bone marrow aspiration and biopsy examinations in patients with myelodysplastic syndrome
FATIMA BAYRAMOVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
HematolojiHacettepe Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM CELALETTİN HAZNEDAROĞLU
- Myelodisplastik sendrom (MDS) ve akut myeloid löseminin (AML) epigenetik profillerinin belirlenmesi suretiyle MDS ve AML prognozunda yeni moleküler belirteçlerin tanımlanması
Identification of new molecular markers for the prognosis of myelodysplastic syndrome and acute myeloid leukemia through the determination of epigenetic profile of MDS and AML
HÜLYA SÜMER ÇELEBİ
- Myelodisplastik sendrom hastalarında FLT3/ITD ve kinaz domaine'de asparaginase mutasyon sıklığının belirlenmesi
Determination of the frequency of asparaginase mutation in FLT3/ITD and kinase domaine in patients with myelodysplastic syndrome
NESİM AKIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
İç HastalıklarıAdnan Menderes Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İRFAN YAVAŞOĞLU
- Myelodisplastik Sendrom (MDS) tanılı hasta grubu ile kontrol grubu arasında FOG1 geninin ekspresyon paterninin karşılaştırılması
Comparison of expression pattern of FOG1 gene between patients with Myelodysplastic Syndrome (MDS) and control group
ELZA BALAKISHIYEVA
Doktora
Türkçe
2022
GenetikOndokuz Mayıs ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖMER SALİH AKAR
- Myelodisplastik sendrom tanısı alan olgularda klasik ve moleküler sitogenetik analizler
Comparison of fish-diagnosed results of MDS cases with cytogenetic results
İSMİGÜL BURUL
Yüksek Lisans
Türkçe
2005
Tıbbi BiyolojiEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUHSİN ÖZDEMİR