Geri Dön

Cinsel yolla bulaşan hastalık patojenlerinin saptanmasında kullanılan real time multipleks PCR yöntemi ve konvansiyonel yöntemlerin karşılaştırılması

Comparison of real-time multiplex PCR and conventional methodsin the detection of sexually transmitted disease pathogens

PDF İndir

  1. Tez No: 1003757
  2. Yazar: FATİH DİLCE
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞABAN İNCECİK
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Infectious Diseases and Clinical Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Chlamydia trachomatis, Cinsel Yolla Bulaşan Enfeksiyonlar, Gardnerella vaginalis, HSV-1/2, Kültür, Multipleks PCR, Mycoplasma hominis, Neisseria gonorrhoeae, Trichomonas vaginalis, Ureaplasma spp, Chlamydia trachomatis, Culture, Gardnerella vaginalis, Herpes simplex virus 1/2, Multiplex PCR, Mycoplasma hominis, Neisseria gonorrhoeae, Sexually Transmitted Infections, Trichomonas vaginalis, Ureaplasma species
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Giriş ve Amaç: Cinsel yolla bulaşan enfeksiyonlar (CYBE), asemptomatik seyredebilmeleri, tedavi edilmediklerinde ciddi komplikasyonlara yol açabilmeleri ve toplum sağlığı üzerindeki yükleri nedeniyle küresel bir sağlık sorunudur. CYBE tanısında, geleneksel yöntemler yüksek özgüllüğe karşın zor üreyen etkenlerde düşük duyarlılık ve uzun sonuçlanma süresi gösterirken, real-time multipleks PCR tek örnekten çok sayıda etkenin hızlı ve eş zamanlı saptanmasına olanak sağlamaktadır. Bu çalışmanın amacı, vajinit ve/veya üretrit semptomları ile başvuran hastalarda, Gardnerella vaginalis, Mycoplasma hominis, Ureaplasma parvum/urealyticum, Mycoplasma genitalium, Neisseria gonorrhoeae, Streptococcus agalactiae, Chlamydia trachomatis, Herpes Simplex Virus (HSV) Tip-1 ve Tip-2, Trichomonas vaginalis, Haemophilus ducreyi ve Treponema pallidum etkenlerinin saptanmasında, moleküler temelli Real-Time Multipleks PCR (RT-qPCR) yönteminin performansını; kültür ve mikroskopi temelli geleneksel yöntemlerle karşılaştırmaktır. Gereç ve Yöntem: Bu prospektif, kesitsel ve gözlemsel çalışma, Haziran 2024 – Ekim 2025 tarihleri arasında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Enfeksiyon Hastalıkları Polikliniğine vajinal/üretral akıntı, dizüri ve kaşıntı şikayetleri ile başvuran 18-80 yaş aralığındaki 120 hasta (79 kadın, 41 erkek) üzerinde yürütülmüştür. Hastalardan alınan sürüntü ve idrar örnekleri eş zamanlı olarak hem geleneksel yöntemlerle (Bakteriyolojik kültür, Üreaplazma-Mikoplazma strip test kültürü ve Gram boyama) hem de Bio-Speedy® CYBE RT-qPCR paneli ile analiz edilmiştir. İstatistiksel analizlerde Multipleks PCR“referans yöntem”(altın standart) olarak kabul edilmiş; geleneksel yöntemlerin duyarlılık, özgüllük, pozitif/negatif kestirim değerleri (PPV, NPV) ve yöntemler arası uyum (Cohen's Kappa) hesaplanmıştır. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 120 olgunun %56,7'sinde (n=68) Multipleks PCR ile en az bir etken saptanırken, geleneksel yöntemlerle pozitiflik oranı %30 (n=36) düzeyinde kalmıştır. PCR pozitifliği kadınlarda %63, erkeklerde %44 olarak belirlenmiş olup, bu fark istatistiksel olarak sınırda anlamlı bulunmuştur (p=0.066). En sık tespit edilen etken %34,2 sıklıkla Gardnerella vaginalis olmuştur. Bunu sırasıyla M. hominis (%10), U. parvum/urealyticum (%10), M. genitalium (%7,5) ve N. gonorrhoeae (%5,8) izlemiştir. N. gonorrhoeae, C. trachomatis, M. genitalium, T. vaginalis, H. ducreyi ve HSV gibi etkenler yalnızca Multipleks PCR ile saptanabilmiş, kültür yöntemleri bu patojenleri tespit etmede yetersiz kalmıştır. Multipleks PCR referans alındığında, geleneksel yöntemlerin genel duyarlılığı %47,1, özgüllüğü %92,3 olarak hesaplanmıştır. Yöntemler arasındaki uyumun Kappa katsayısı 0,37 (p=0.001) bulunmuş olup, bu değer“zayıf-orta düzeyde”bir uyumu işaret etmektedir. Spesifik patojenler bazında incelendiğinde; G. vaginalis için geleneksel yöntemin (Gram boyamada Clue cell) duyarlılığı %4,9 gibi oldukça düşük bir seviyede kalırken, özgüllüğü %98,7 olarak bulunmuştur. M. hominis için kültürün duyarlılığı %58,3, U. parvum/urealyticum için ise %80 olarak saptanmıştır. Özellikle M. genitalium PCR ile 9 hastada saptanmasına rağmen kültür ile hiçbir olguda tespit edilememiştir. Koenfeksiyon (çoklu etken) varlığı açısından incelendiğinde; Multipleks PCR olguların %18,3'ünde birden fazla etken saptarken, geleneksel yöntemlerde bu oran %8,3'te kalmıştır. PCR ile saptanan ko-enfeksiyon oranı kadınlarda (%20,3), erkeklere (%9,8) göre yaklaşık iki kat daha yüksek bulunmuştur. Tartışma ve Sonuç: Bu çalışma, semptomatik hastalarda ürogenital enfeksiyon etkenlerinin tanısında Multipleks PCR yönteminin, geleneksel yöntemlere kıyasla belirgin şekilde daha yüksek duyarlılığa ve tanısal kapasiteye sahip olduğunu ortaya koymuştur. Geleneksel yöntemler, yüksek özgüllüğe sahip olsalar da düşük duyarlılıkları nedeniyle enfekte olguların yaklaşık yarısını (%52,9) gözden kaçırmaktadır. Özellikle G. vaginalis gibi bakteriyel vajinozis etkenlerinin ve C. trachomatis, N. gonorrhoeae, M. genitalium gibi zor üreyen veya rutin kültürde saptanamayan patojenlerin tanısında PCR yöntemi üstünlük sağlamaktadır. Ayrıca, M. hominis ve U. urealyticum için kültürün düşük duyarlılık ancak yüksek özgüllük göstermesi, geleneksel yöntemlerin moleküler tekniklerle desteklenmesi gerektiğini göstermektedir. Çalışmamızda geleneksel yöntemlere oranla, multipleks PCR ile 2 kat daha yüksek oranda koenfeksiyon saptanması; PCR'ın çoklu etken saptamadaki önemini ortaya koymaktadır. Bununla birlikte, kültür yöntemleri antibiyotik duyarlılık testlerine olanak sağlaması nedeniyle tedavi yönetiminde önemini korumaktadır. Sonuç olarak; CYBE tanısında Multipleks PCR yönteminin birinci basamak tanı aracı olarak kullanılması, kültürün ise antibiyotik direnç takibi ve doğrulama amacıyla kombine edilmesi, en doğru ve hızlı tanı stratejisi olarak önerilmektedir.

Özet (Çeviri)

Introduction and Aim: Sexually transmitted infections (STIs) constitute a global health problem due to their ability to remain asymptomatic, their potential to cause serious complications if left untreated, and their substantial burden on public health. In the diagnosis of STIs, although conventional methods provide high specificity, they exhibit low sensitivity for fastidious pathogens and long turnaround times, whereas realtime multiplex PCR enables the rapid and simultaneous detection of multiple pathogens from a single specimen. The aim of this study was to compare the performance of molecular-based Real-Time Multiplex PCR (RT-qPCR) with conventional culture- and microscopy-based methods in the detection of Gardnerella vaginalis, Mycoplasma hominis, Ureaplasma parvum/urealyticum, Mycoplasma genitalium, Neisseria gonorrhoeae, Streptococcus agalactiae, Chlamydia trachomatis, Herpes Simplex Virus (HSV) type 1 and type 2, Trichomonas vaginalis, Haemophilus ducreyi, and Treponema pallidum in patients presenting with symptoms of vaginitis and/or urethritis. Materials and Methods: This prospective, cross-sectional, and observational study was conducted between June 2024 and October 2025 on 120 patients (79 women and 41 men) aged between 18 and 80 years who presented to the Infectious Diseases Outpatient Clinic of Van Yüzüncü Yıl University Faculty of Medicine Hospital with complaints of vaginal/urethral discharge, dysuria, and pruritus. Swab and urine samples obtained from the patients were simultaneously analyzed using both conventional methods (bacteriological culture, Ureaplasma–Mycoplasma strip test culture, and Gram staining) and the Bio-Speedy® STI RT-qPCR panel. In statistical analyses, multiplex PCR was accepted as the“reference method”(gold standard), and the sensitivity, specificity, positive and negative predictive values (PPV, NPV), and inter-method agreement (Cohen's kappa) of conventional methods were calculated. Results: Among the 120 patients included in the study, at least one pathogen was detected by multiplex PCR in 56.7% (n=68), whereas the positivity rate obtained by conventional methods remained at 30% (n=36). PCR positivity was determined as 63% in women and 44% in men, and this difference was found to be borderline statistically significant (p=0.066). The most frequently detected pathogen was Gardnerella vaginalis with a prevalence of 34.2%, followed by M. hominis (10%), U. parvum/urealyticum (10%), M. genitalium (7.5%), and N. gonorrhoeae (5.8%). Pathogens such as N. gonorrhoeae, C. trachomatis, M. genitalium, T. vaginalis, H. ducreyi, and HSV were detected only by multiplex PCR, and culture methods were insufficient for identifying these pathogens. When multiplex PCR was accepted as the reference method, the overall sensitivity and specificity of conventional methods were calculated as 47.1% and 92.3%, respectively. The kappa coefficient for inter-method agreement was 0.37 (p=0.001), indicating a“weak to moderate”level of agreement. When evaluated on a pathogen-specific basis, the sensitivity of the conventional method (clue cell detection by Gram staining) for G. vaginalis was extremely low at 4.9%, whereas the specificity was 98.7%. The sensitivity of culture was 58.3% for M. hominis and 80% for U. parvum/urealyticum. Although M. genitalium was detected by PCR in nine patients, it could not be detected in any case by culture. Regarding co-infection, multiplex PCR detected more than one pathogen in 18.3% of cases, whereas this rate remained at 8.3% with conventional methods. The rate of co-infection detected by PCR was approximately two-fold higher in women (20.3%) than in men (9.8%). Discussion and Conclusion: This study demonstrated that multiplex PCR has significantly higher sensitivity and diagnostic capacity than conventional methods in the detection of urogenital infection pathogens in symptomatic patients. Although conventional methods have high specificity, they miss approximately half of infected cases (52.9%) due to their low sensitivity. PCR provides superiority particularly in the diagnosis of bacterial vaginosis pathogens such as G. vaginalis and fastidious or noncultivable pathogens such as C. trachomatis, N. gonorrhoeae, and M. genitalium. In addition, the low sensitivity but high specificity of culture for M. hominis and U. urealyticum indicates that conventional methods should be supported by molecular techniques. The detection of co-infection at a two-fold higher rate by multiplex PCR compared with conventional methods highlights the importance of PCR in identifying multiple pathogens. Nevertheless, culture methods remain important in treatment management by enabling antimicrobial susceptibility testing. In conclusion, the use of multiplex PCR as a first-line diagnostic tool in the diagnosis of STIs, combined with culture for antimicrobial resistance surveillance and confirmation, is recommended as the most accurate and rapid diagnostic strategy.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    224481

    İnfertil hastalardan alınan idrar ve sürüntü örneklerinden real-time PCR yöntemi ile chlamydıa trachomatıs ve mycoplasma homınıs etkenlerinin araştırılması.

    Use of real-time PCR for detection of mycoplasma hominis and chlamydia trachomatis in the urine and vaginal swab specimens obtained from infertile patients

    HASAN ERCAN ABASLI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    MikrobiyolojiGata

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. ALİ ALBAY

  2. Tez No

    978566

    Nedeni belirlenemeyen pelvik ağrıda yapılan endoservikal sürüntü örneklerindeki etkenlerin PCR yöntemi ile araştırılması

    Investigation of pathogens in endocervical swab samples inunexplained pelvic pain using PCR method

    ESRA KOŞUCU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Kadın Hastalıkları ve DoğumSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ÜMMÜGÜLSÜM ESENKAYA

  3. Tez No

    1018522

    Vajinal akıntısı olan kadınlarda cinsel yolla bulaşan hastalık ve idrar yolu enfeksiyon etkenlerinin araştırılması

    Investigation of sexually transmitted diseases and urinary tract infections in women with vaginal discharge

    AYŞE MERDEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    MikrobiyolojiBolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATMA AVCIOĞLU

  4. Tez No

    193775

    Zekai Tahir Burak doğumevi cinsel yolla bulaşan hastalıklar (CYBH) polikliniği hastalarında human papilloma virüs (HPV) DNAsının araştırılması ve genotiplendirilmesi

    Detection of HPV dna ve genotype in Zekai Tahir Burak maternity hospital outpatients STD(sexually transmitted diseases) policlinics

    İPEK SAVAŞÇIOĞLU KESKİN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Adli TıpAnkara Üniversitesi

    Adli Tıp Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZER KENDİ

  5. Tez No

    939934

    Öğretmen adaylarının cinsel yolla bulaşan hastalıklar, HPV ve HPV aşısı hakkındaki bilgi durumları ve davranışları

    The knowledge and behaviors of teacher candidates regarding sexually transmitted diseases, HPV, and the HPV vaccine

    HANİFE İNAL

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    Aile HekimliğiPamukkale Üniversitesi

    Aile Hekimliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYSUN ÖZŞAHİN

    PROF. DR. TAMER EDİRNE

Geri Dön